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- PDB-6hiw: Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hiw
タイトルCryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the complete small mitoribosomal subunit in complex with mt-IF-3
要素
  • (Unknown Protein) x 6
  • 9S rRNA
  • bS16m
  • bS18m
  • bS21m
  • bS6m
  • mS22
  • mS23
  • mS26
  • mS29
  • mS33
  • mS34
  • mS35
  • mS37
  • mS38
  • mS41
  • mS42
  • mS43
  • mS47
  • mS48
  • mS49
  • mS50
  • mS51
  • mS52
  • mS53
  • mS54
  • mS55
  • mS56
  • mS57
  • mS58
  • mS59
  • mS60
  • mS61
  • mS62
  • mS63
  • mS64
  • mS65
  • mS66
  • mS67
  • mS68
  • mS69
  • mS70
  • mS71
  • mS72
  • mS73
  • mS74
  • mt-IF-3
  • uS10m
  • uS11m
  • uS12m
  • uS14m
  • uS15m
  • uS17m
  • uS19m
  • uS3m
  • uS5m
  • uS8m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / mitoribosome / translation / Trypanosoma / small ribosomal subunit / 9S rRNA / ribosomal protein / mitochondrial initiation factor IF-3
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / organellar small ribosomal subunit / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / kinetoplast / thiosulfate sulfurtransferase activity / regulation of protein kinase A signaling / quorum sensing ...modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / organellar small ribosomal subunit / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / kinetoplast / thiosulfate sulfurtransferase activity / regulation of protein kinase A signaling / quorum sensing / nuclear lumen / enoyl-CoA hydratase activity / ciliary plasm / mRNA stabilization / mitochondrial small ribosomal subunit / fatty acid beta-oxidation / superoxide dismutase / protein kinase A regulatory subunit binding / superoxide dismutase activity / RNA processing / mitochondrion organization / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid-associated protein YbaB-like domain superfamily / : / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Zinc-ribbon domain / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase ...Nucleoid-associated protein YbaB-like domain superfamily / : / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Zinc-ribbon domain / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Cyclic phosphodiesterase / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Rhodanese-like domain / LysM domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Rhodanese-like domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ubiquitin family / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / A-kinase anchor protein 7-like phosphoesterase domain-containing protein / Uncharacterized protein ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMIDINE / SPERMINE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / A-kinase anchor protein 7-like phosphoesterase domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Probable Zinc-ribbon domain-containing protein / 30S ribosomal protein S8, putative / Small ribosomal subunit protein mS41 / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein uS5 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Trans-sialidase / Uncharacterized protein / 30S Ribosomal protein S17, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Opioid growth factor receptor (OGFr) conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S23 mitochondrial conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / LysM domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Ubiquitin-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Manganese/iron superoxide dismutase C-terminal domain-containing protein / Superoxide dismutase, putative / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Ramrath, D. / Niemann, M. / Leibundgut, M. / Bieri, P. / Prange, C. / Horn, E.K. / Leitner, A. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Evolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes.
著者: David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0230
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
DA: mS48
DD: mS51
DI: mS56
DL: mS59
DM: mS60
DN: mS61
DO: mS62
DP: mS63
DQ: mS64
DR: mS65
DS: mS66
DU: mS68
DZ: mS73
Da: mS74
DB: mS49
DC: mS50
DE: mS52
DF: mS53
DG: mS54
DH: mS55
DJ: mS57
DK: mS58
DT: mS67
DV: mS69
DW: mS70
DX: mS71
DY: mS72
CC: uS3m
CE: uS5m
CF: bS6m
CH: uS8m
CI: uS9m
CJ: uS10m
CK: uS11m
CL: uS12m
CN: uS14m
CO: uS15m
CP: bS16m
CQ: uS17m
CR: bS18m
CS: uS19m
CU: bS21m
CZ: mt-IF-3
Ca: mS22
Cb: mS23
Cd: mS26
Cg: mS29
Ci: mS33
Cj: mS34
Ck: mS35
Cm: mS37
Cn: mS38
Cp: mS41
Cq: mS42
Cr: mS43
Cv: mS47
CA: 9S rRNA
UO: Unknown Protein
UP: Unknown Protein
UQ: Unknown Protein
UR: Unknown Protein
US: Unknown Protein
UT: Unknown Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,844,695113
ポリマ－2,841,69563
非ポリマー3,00050
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 57種, 57分子 DADDDIDLDMDNDODPDQDRDSDUDZDaDBDCDEDFDGDHDJDKDTDVDWDXDYCCCECF...

#1: タンパク質 mS48


分子量: 201811.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UJ2
#2: タンパク質 mS51


分子量: 95080.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q385L8
#3: タンパク質 mS56


分子量: 47306.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q587C2
#4: タンパク質 mS59


分子量: 35395.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38BS2
#5: タンパク質 mS60


分子量: 34546.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57XL2
#6: タンパク質 mS61


分子量: 33482.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38D60
#7: タンパク質 mS62


分子量: 32068.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q383D1
#8: タンパク質 mS63


分子量: 31922.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38F25
#9: タンパク質 mS64


分子量: 30742.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q382E8
#10: タンパク質 mS65


分子量: 30617.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UA2
#11: タンパク質 mS66


分子量: 29960.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q388L7
#12: タンパク質 mS68


分子量: 26472.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q582T9
#13: タンパク質 mS73


分子量: 11360.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q587C4
#14: タンパク質 mS74


分子量: 8203.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#15: タンパク質 mS49


分子量: 137234.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q586P5
#16: タンパク質 mS50


分子量: 131719.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57YB5
#17: タンパク質 mS52


分子量: 85012.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q386Q7
#18: タンパク質 mS53


分子量: 75338.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38ET1
#19: タンパク質 mS54


分子量: 72046.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57ZP8
#20: タンパク質 mS55


分子量: 66676.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q580V1
#21: タンパク質 mS57


分子量: 45956.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q584U8
#22: タンパク質 mS58


分子量: 35623.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38BP1
#23: タンパク質 mS67


分子量: 30096.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q586G5
#24: タンパク質 mS69


分子量: 21589.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UZ6
#25: タンパク質 mS70


分子量: 21247.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q383N9
#26: タンパク質 mS71


分子量: 20093.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q383G5
#27: タンパク質 mS72


分子量: 19317.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57YD4
#28: タンパク質 uS3m


分子量: 9070.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: mitochondrial gene for uS3m (MURF-5)
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#29: タンパク質 uS5m


分子量: 50147.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38AX6
#30: タンパク質 bS6m


分子量: 18861.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 105-114 built as polyalanines
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38BW5
#31: タンパク質 uS8m


分子量: 32766.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q388R7
#32: タンパク質 uS9m


分子量: 50201.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57W62
#33: タンパク質 uS10m


分子量: 94351.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57Z45
#34: タンパク質 uS11m


分子量: 37925.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q389T7
#35: タンパク質 uS12m


分子量: 10421.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Mitochondrial gene subject to RNA editingalternative start codon
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#36: タンパク質 uS14m


分子量: 19900.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q580I0
#37: タンパク質 uS15m


分子量: 50401.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q4GZ99
#38: タンパク質 bS16m


分子量: 22077.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q384N9
#39: タンパク質 uS17m


分子量: 35632.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38DP8
#40: タンパク質 bS18m


分子量: 36988.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38AS2
#41: タンパク質 uS19m


分子量: 28364.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q584T8
#42: タンパク質 bS21m


分子量: 23087.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q580M9
#43: タンパク質 mt-IF-3


分子量: 41086.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 294-304 built as polyalanines
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57WU2
#44: タンパク質 mS22


分子量: 73064.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 20-37 built as polyalanines
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38DR3
#45: タンパク質 mS23


分子量: 36855.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57VB2
#46: タンパク質 mS26


分子量: 51164.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 221-248 built as polyalanines
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38DK6
#47: タンパク質 mS29


分子量: 57048.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q585C2
#48: タンパク質 mS33


分子量: 21244.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57WW0
#49: タンパク質 mS34


分子量: 28728.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57UK0
#50: タンパク質 mS35


分子量: 98377.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q387C7
#51: タンパク質 mS37


分子量: 24757.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q38C96
#52: タンパク質 mS38


分子量: 28240.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q57VQ9
#53: タンパク質 mS41


分子量: 22421.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q389L3
#54: タンパク質 mS42


分子量: 29748.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q586A1, superoxide dismutase
#55: タンパク質 mS43


分子量: 48590.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 27-35 built as polyalanines
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q585I1
#56: タンパク質 mS47


分子量: 137928.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: UniProt: Q383R4
#62: タンパク質 Unknown Protein


分子量: 4613.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 CA

#57: RNA鎖 9S rRNA


分子量: 198442.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: post-transcriptional addition of 7 U residues at the 3' end
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427 / 参照: GenBank: 343546

-
タンパク質・ペプチド , 5種, 5分子 UOUPUQURUT

#58: タンパク質・ペプチド Unknown Protein


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues built as UNK
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#59: タンパク質・ペプチド Unknown Protein


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues built as UNK
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#60: タンパク質・ペプチド Unknown Protein


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues built as UNK
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#61: タンパク質・ペプチド Unknown Protein


分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues built as UNK
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427
#63: タンパク質・ペプチド Unknown Protein


分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
Variant: Lister 427

-
非ポリマー , 7種, 53分子

#64: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#65: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#66: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#67: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#68: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#69: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#70: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: small subunit of the T. brucei mitoribosome in complex with mt-IF-3
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#63 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister 427
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
13Cootモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31911 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 46.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL
詳細: We used Coot and O for initial model building and refined the structure using PHENIX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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