PDB-6hga: Crystal Structure of the human IL-17RC D2-D3-D4 domains in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hga

タイトル

Crystal Structure of the human IL-17RC D2-D3-D4 domains in complex with an anti-APP tag Fab

要素

Interleukin-17 receptor C
anti-APP-tag Fab heavy-chain
anti-APP-tag Fab light-chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / FnIII domains / Fab complex

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-17 receptor activity / granulocyte chemotaxis / Interleukin-17 signaling / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / defense response to fungus / coreceptor activity / positive regulation of interleukin-6 production / inflammatory response / signaling receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rondeau, J.M. / Goepfert, A.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis Reveals that the Cytokine IL-17F Forms a Homodimeric Complex with Receptor IL-17RC to Drive IL-17RA-Independent Signaling.
著者: Goepfert, A. / Lehmann, S. / Blank, J. / Kolbinger, F. / Rondeau, J.M.

履歴

登録	2018年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hga.cif.gz	295 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hga.ent.gz	239.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hga_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hga_full_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示
XML形式データ	6hga_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	6hga_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hg4C 6hg9C 6hgoC 6hguC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kll-d 7cze-2 3e59-d 7cze-1 7ec2-d 5lp4-d 7cze-3 7m7w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Interleukin-17 receptor C

H: anti-APP-tag Fab heavy-chain

L: anti-APP-tag Fab light-chain

ヘテロ分子

78 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	250.910, 250.910, 78.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質

Interleukin-17 receptor C / IL-17RC / Interleukin-17 receptor homolog / IL17Rhom / Interleukin-17 receptor-like protein / IL- ...

分子量: 29792.088 Da / 分子数: 1 / 断片: IL-17RC D2-D3-D4 domains / 変異: N263Q,Q307R,N349Q,N372Q,N406Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17RC, UNQ6118/PRO20040/PRO38901 / プラスミド: pCI-derived / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnTi- / 参照: UniProt: Q8NAC3

#2: 抗体

anti-APP-tag Fab heavy-chain / 6E10A5 Fab

分子量: 23832.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主:

Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: 抗体

anti-APP-tag Fab light-chain / 6E10A5 Fab

分子量: 24150.826 Da / 分子数: 1 / 断片: anti-APP-tag Fab heavy-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主:

Mus musculus (ハツカネズミ)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.22 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 30% Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月8日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→82.13 Å / Num. obs: 45204 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.973 % / B_iso Wilson estimate: 79.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.168 / R_rim(I) all: 0.173 / Χ²: 0.947 / Net I/σ(I): 17.99

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	18.748	3.364	1	3300	0.528	3.458	100
2.67-2.74	19.499	2.631	1.36	3204	0.661	2.701	99.9
2.74-2.82	21.003	1.908	1.95	3120	0.794	1.955	100
2.82-2.91	20.935	1.428	2.58	3018	0.864	1.463	100
2.91-3	20.726	1.06	3.45	2944	0.936	1.086	100
3-3.11	20.611	0.826	4.39	2837	0.952	0.847	100
3.11-3.22	20.432	0.571	6.35	2756	0.974	0.585	100
3.22-3.36	19.94	0.41	8.51	2654	0.987	0.421	99.9
3.36-3.51	18.639	0.312	10.7	2568	0.99	0.321	100
3.51-3.68	20.229	0.259	13.36	2418	0.993	0.265	100
3.68-3.88	21.066	0.196	17.5	2347	0.997	0.201	100
3.88-4.11	20.77	0.135	24.47	2220	0.998	0.139	100
4.11-4.39	20.411	0.091	33.84	2087	0.999	0.093	100
4.39-4.75	19.898	0.077	38.88	1939	0.999	0.079	100
4.75-5.2	18.096	0.065	42.82	1806	0.999	0.067	100
5.2-5.81	19.968	0.065	44.94	1646	0.999	0.066	100
5.81-6.71	20.232	0.067	44.94	1470	0.999	0.069	100
6.71-8.22	19.297	0.048	57.91	1261	0.999	0.049	100
8.22-11.63	17.086	0.029	79.71	1001	1	0.03	100
11.63-82.13	17.84	0.025	94.66	608	1	0.026	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Oct. 15, 2015	データ削減
XSCALE	Oct. 15, 2015	データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER	2.11.7	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→82.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.259 / SU R_free Blow DPI: 0.208 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.211

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	2261	5 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.206	45204	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 205.76 Å² / B_iso mean: 87.62 Å² / B_iso min: 34.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.3042 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.3042 Å²	0 Å²
3-	-	-	20.6083 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→82.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5463	0	14	74	5551
B_iso mean	-	-	157.37	63.8	-
残基数	-	-	-	-	704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1863	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	131	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	807	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	5640	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	740	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	5908	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	5640	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	7723	HARMONIC	2	1.19
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.52
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	165	5 %
R_work	0.2655	3133	-
all	0.266	3298	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8438	0.6772	-1.1166	5.0527	-3.6682	3.4276	-0.006	0.0174	-0.1147	-0.149	-0.1936	-0.5426	0.0096	0.6288	0.1995	-0.2836	-0.1872	-0.0381	0.2836	-0.1461	-0.2196	-25.6907	106.8625	-12.0953
2	3.3129	-0.3463	-0.1554	1.7996	0.1636	2.3505	0.1526	0.2739	-0.4282	-0.0297	0.0025	-0.2031	0.3724	0.3145	-0.1551	-0.1312	-0.1696	-0.1062	0.2532	-0.1012	-0.1056	-41.5511	94.4354	-3.6764
3	8.5242	-1.379	2.9451	3.3952	-0.6921	6.0116	-0.0976	0.0851	0.0728	0.3345	-0.2649	0.1782	0.1579	-0.1699	0.3626	-0.2836	-0.1872	-0.1611	0.2836	0.0825	-0.101	6.4679	94.0498	27.8835
4	3.1494	-0.6848	-2.3579	1.6926	1.9993	5.0718	0.119	0.0536	0.4809	0.1345	0.1987	0.0015	-0.4126	0.3722	-0.3177	-0.0204	-0.3392	0.1061	0.0204	-0.0356	-0.1967	-47.0189	135.2449	-3.9856
5	1.7704	-0.3665	0.035	2.5262	0.5191	2.454	0.2209	0.2879	0.2578	-0.0854	0.0508	0.2579	-0.5799	-0.082	-0.2717	-0.092	-0.2712	0.1075	0.1228	0.0125	-0.1418	-59.152	127.5748	-10.3628
6	7.6322	0.4275	1.8867	7.288	0.3982	0.9051	-0.0534	0.0844	-0.4059	-0.0214	-0.1335	0.3049	0.3464	-0.2984	0.187	-0.2357	-0.0175	-0.2076	0.1355	0.0556	-0.106	31.9592	76.6861	41.5258
7	3.4747	-0.6483	2.5589	-0.8192	-0.0277	3.4062	0.2759	-0.1329	0.4031	-0.228	-0.5296	-0.3879	-0.2562	0.1148	0.2537	-0.2796	-0.1333	-0.1648	0.2253	-0.0185	0.0683	-7.8674	102.4403	12.8058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	1 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	300 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	113 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	120 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	209 - 299
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	393 - 501

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