[日本語] English
万見
- PDB-6hb4: TFAM in Complex with Site-Y -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hb4
タイトルTFAM in Complex with Site-Y
要素
  • DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
  • Transcription factor A, mitochondrial
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HMG-box / Transcription activator / Mitochondrial DNA / mtDNA Control region / DNA Compaction
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial respiratory chain complex assembly / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / heat shock protein binding / response to nutrient / Mitochondrial protein degradation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Rubio-Cosials, A. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Sola, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2015-70645-R スペイン
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: DNA specificities modulate the binding of human transcription factor A to mitochondrial DNA control region.
著者: Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Battistini, F. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Iruela, G. / Ruiz-Lopez, E. / Enciso, Y. / Rubio-Cosials, A. / Prohens, R. / Pons, M. / Alfonso, C. / ...著者: Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Battistini, F. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Iruela, G. / Ruiz-Lopez, E. / Enciso, Y. / Rubio-Cosials, A. / Prohens, R. / Pons, M. / Alfonso, C. / Toth, K. / Rivas, G. / Orozco, M. / Sola, M.
#1: ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2011
タイトル: Human mitochondrial transcription factor A induces a U-turn structure in the light strand promoter.
著者: Rubio-Cosials, A. / Sidow, J.F. / Jimenez-Menendez, N. / Fernandez-Millan, P. / Montoya, J. / Jacobs, H.T. / Coll, M. / Bernado, P. / Sola, M.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
D: Transcription factor A, mitochondrial
E: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
G: Transcription factor A, mitochondrial
H: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
J: Transcription factor A, mitochondrial
K: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,74718
ポリマ－156,60912
非ポリマー1,1376
水00
1
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8137
ポリマ－39,1523
非ポリマー6614
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
2
D: Transcription factor A, mitochondrial
E: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3914
ポリマ－39,1523
非ポリマー2381
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
3
G: Transcription factor A, mitochondrial
H: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3914
ポリマ－39,1523
非ポリマー2381
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA
4
J: Transcription factor A, mitochondrial
K: DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1523
ポリマ－39,1523
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.669, 140.622, 108.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Transcription factor A, mitochondrial / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / ...mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / Transcription factor 6-like 2


分子量: 25651.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFAM, TCF6, TCF6L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00059
#2: DNA鎖
DNA (5'*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*A)-3')


分子量: 6741.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mitochondrial DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 6759.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mitochondrial DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 23-28% PEG 3350, 0.08-0.2M ammonium acetate, and 0.1 M bis-Tris pH 6.5 or Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.93928 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→43.7 Å / Num. obs: 34352 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 81.52 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 3.05→3.14 Å / Num. unique obs: 2796

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TQ6

3tq6


解像度: 3.05→43.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9379 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.384
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2358 1733 5.05 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1924 34312 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1226 Å20 Å2-3.9888 Å2
2---7.8712 Å20 Å2
3---13.9938 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→43.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6551 3793 76 0 10420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01211001HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.5215561HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4824SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes185HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1127HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11001HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1392SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11979SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.14 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 148 5.03 %
Rwork0.2455 2796 -
all0.2475 2944 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53340.73140.29651.1420.99880.6315-0.00170.0460.04830.0464-0.00490.0321-0.0802-0.06140.0066-0.0362-0.04660.0225-0.0395-0.0170.0661-16.12331.9241-40.4039
20.19390.04080.42811.6693-0.14040.5935-0.00630.0033-0.016-0.0077-0.0005-0.00150.0143-0.00040.00680.0129-0.0174-0.0245-0.00830.00990.0143-12.634735.9579-40.8935
30.05481.16720.01021.33640.54271.1727-0.034-0.0056-0.00240.02170.00050.00180.00810.01770.03350.0121-0.0185-0.0304-0.00190.0071-0.0077-14.027535.2511-40.8461
41.94641.01230.35120.4850.36690.3569-0.0303-0.0363-0.01060.09530.11120.00590.12750.0248-0.0809-0.0275-0.07010.03430.0108-0.055-0.0181-5.225716.213-20.0356
50.11760.110.23320.8698-1.04391.11260.0051-0.01120.0182-0.00280.0216-0.01230.00080.0151-0.02670.0448-0.0118-0.0205-0.00610.0088-0.0144-9.08512.1001-22.1108
61.01950.50040.11981.26860.0072-0.39630.00630.00270.005-0.01450.0114-0.00190.0117-0.0126-0.01770.04160.0023-0.0247-0.0030.0232-0.0293-7.405212.6599-20.1678
70.71850.74060.2590.80570.47190.2742-0.00620.0322-0.05350.0095-0.0110.02030.0413-0.0150.01720.04150.01540.00040.012-0.0792-0.0734-40.17715.270312.7854
81.43090.9107-0.63590.590.2644-0.4529-0.01020.02270.00920.00170.0235-0.00840.0167-0.0238-0.01330.0149-0.0494-0.0091-0.0085-0.0781-0.0107-38.87852.53479.9778
91.82111.3744-0.13180.69940.911-0.53330.01480.01390.0051-0.00390.0210.02010.0131-0.0181-0.03580.0289-0.0379-0.0233-0.0074-0.0863-0.014-39.77731.243910.1123
100.17790.13790.14960.06351.07382.4294-0.0324-0.01560.0643-0.00880.04870.0801-0.0145-0.0504-0.0162-0.0872-0.02920.05130.0427-0.08280.008-60.548320.71221.8498
111.0146-1.0939-0.365600.70290.3463-0.01160.0107-0.0012-0.01630.00540.00750.0098-0.01340.00620.0010.00790.0050.008-0.02460.0014-57.489225.16796.1865
12-0.80630.6042-0.72530.00180.66482.7723-0.0188-0.01560.0214-0.01380.0204-0.01120.01090.0007-0.0016-0.02350.00350.00270.0284-0.02020.0073-60.183123.7633.459
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る