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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hb4 | ||||||
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Title | TFAM in Complex with Site-Y | ||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / HMG-box / Transcription activator / Mitochondrial DNA / mtDNA Control region / DNA Compaction | ||||||
Function / homology | ![]() Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding / response to nutrient / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / mitochondrial matrix / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Rubio-Cosials, A. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Sola, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: DNA specificities modulate the binding of human transcription factor A to mitochondrial DNA control region. Authors: Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Battistini, F. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Iruela, G. / Ruiz-Lopez, E. / Enciso, Y. / Rubio-Cosials, A. / Prohens, R. / Pons, M. / Alfonso, C. / ...Authors: Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Battistini, F. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Iruela, G. / Ruiz-Lopez, E. / Enciso, Y. / Rubio-Cosials, A. / Prohens, R. / Pons, M. / Alfonso, C. / Toth, K. / Rivas, G. / Orozco, M. / Sola, M. #1: ![]() Title: Human mitochondrial transcription factor A induces a U-turn structure in the light strand promoter. Authors: Rubio-Cosials, A. / Sidow, J.F. / Jimenez-Menendez, N. / Fernandez-Millan, P. / Montoya, J. / Jacobs, H.T. / Coll, M. / Bernado, P. / Sola, M. | ||||||
History |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hc3C ![]() 3tq6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25651.559 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 6741.376 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: mitochondrial DNA / Source: (synth.) ![]() #3: DNA chain | Mass: 6759.404 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: mitochondrial DNA / Source: (synth.) ![]() #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-1PE / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 23-28% PEG 3350, 0.08-0.2M ammonium acetate, and 0.1 M bis-Tris pH 6.5 or Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 10, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.93928 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.05→43.7 Å / Num. obs: 34352 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 81.52 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 19.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.05→3.14 Å / Num. unique obs: 2796 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3TQ6 Resolution: 3.05→43.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9379 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9037 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.384
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Displacement parameters | Biso mean: 88.24 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.57 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.05→43.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.05→3.14 Å / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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