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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h3u | |||||||||
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タイトル | Schmallenberg Virus Glycoprotein Gc Head Domain in Complex with scFv 4B6 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Envelope Glycoprotein / scFv Antibody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation by virus of host process / host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Bovine Schmallenberg virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.168 Å | |||||||||
データ登録者 | Hellert, J. / Aebischer, A. / Wernike, K. / Haouz, A. / Brocchi, E. / Reiche, S. / Guardado-Calvo, P. / Beer, M. / Rey, F.A. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Orthobunyavirus spike architecture and recognition by neutralizing antibodies. 著者: Hellert, J. / Aebischer, A. / Wernike, K. / Haouz, A. / Brocchi, E. / Reiche, S. / Guardado-Calvo, P. / Beer, M. / Rey, F.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h3u.cif.gz | 413.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h3u.ent.gz | 343.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h3u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 15066.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #2: 抗体 | 分子量: 12906.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #3: タンパク質 | 分子量: 28379.520 Da / 分子数: 2 / Fragment: Glycoprotein Gc Head Domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bovine Schmallenberg virus (ウイルス) 遺伝子: GP 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: H2AM12 #4: 多糖 | #5: 多糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.51 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.75 uL of a 22.8 mg/mL solution of the GPC-purified complex in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl were added to 0.75 uL of reservoir solution containing 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 3.5 M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980097 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980097 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.168→48.554 Å / Num. obs: 27774 / % possible obs: 59.1 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 20.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.17→3.61 Å / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 1.78 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1391 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.41 / Rrim(I) all: 1.82 / % possible all: 9.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6H3T along with a Phyre2-generated model of the scFv 4B6 antibody fragment 解像度: 3.168→48.554 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 240.86 Å2 / Biso mean: 113.1078 Å2 / Biso min: 47.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.168→48.554 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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