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- PDB-6h3s: Schmallenberg Virus Glycoprotein Gc Head/Stalk Domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h3s
タイトルSchmallenberg Virus Glycoprotein Gc Head/Stalk Domains
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus nonstructural protein NSm / Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus glycoprotein G1 / Bunyavirus glycoprotein G1
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine Schmallenberg virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.023 Å
データ登録者Hellert, J. / Aebischer, A. / Wernike, K. / Haouz, A. / Brocchi, E. / Reiche, S. / Guardado-Calvo, P. / Beer, M. / Rey, F.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115760
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Orthobunyavirus spike architecture and recognition by neutralizing antibodies.
著者: Hellert, J. / Aebischer, A. / Wernike, K. / Haouz, A. / Brocchi, E. / Reiche, S. / Guardado-Calvo, P. / Beer, M. / Rey, F.A.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Envelopment polyprotein
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,85822
ポリマ－95,7392
非ポリマー2,11920
水5,513306
1
B: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,93412
ポリマ－47,8701
非ポリマー1,06511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,92410
ポリマ－47,8701
非ポリマー1,0549
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.226, 95.226, 204.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 47869.551 Da / 分子数: 2 / 断片: Glycoprotein Gc Head/Stalk Domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine Schmallenberg virus (ウイルス)
遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: H2AM12
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5 uL of 12.3 mg/mL EndoH/EndoD-deglycosylated SBV Gc(465-874) in 17.6 mM Tris-Cl pH 8.0, 132 mM NaCl, 0.5 M ammonium sulfate were added to 0.75 uL of reservoir solution containing 0.1 M MES ...詳細: 0.5 uL of 12.3 mg/mL EndoH/EndoD-deglycosylated SBV Gc(465-874) in 17.6 mM Tris-Cl pH 8.0, 132 mM NaCl, 0.5 M ammonium sulfate were added to 0.75 uL of reservoir solution containing 0.1 M MES pH6.5, 5%w/v PEG 400, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91908 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→47.93 Å / Num. obs: 38793 / % possible obs: 60.9 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 45.58 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.01→2.28 Å / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 1.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1940 / CC1/2: 0.66 / Rpim(I) all: 0.49 / Rrim(I) all: 1.97 / % possible all: 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
STARANISOデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.023→47.613 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 2283 5.89 %
Rwork0.2095 --
obs0.2113 38789 62.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.93 Å2 / Biso mean: 64.8412 Å2 / Biso min: 26.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.023→47.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6474 0 116 306 6896
Biso mean--79.88 55.93 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5619144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9154124
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0225-2.06650.88320.750456582
2.0665-2.11460.6054110.49961801915
2.1146-2.16750.5617230.437236238510
2.1675-2.22610.4826380.386259763517
2.2261-2.29160.3736500.332280385322
2.2916-2.36550.3478660.3271046111229
2.3655-2.45010.3321910.31831460155140
2.4501-2.54820.35151540.31842432258668
2.5482-2.66410.34612130.30683463367694
2.6641-2.80460.3232290.29736493878100
2.8046-2.98030.27732280.288836503878100
2.9803-3.21030.27442300.247736613891100
3.2103-3.53330.2582310.21137043935100
3.5333-4.04440.23932320.175537103942100
4.0444-5.09450.16272360.149337613997100
5.0945-47.62620.20862490.178139724221100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0760.42190.24971.2409-0.15672.75340.0586-0.12460.03350.1577-0.12310.2466-0.1788-1.0319-0.0090.17240.00180.05280.6585-0.12080.2649-7.498831.191617.6869
29.42580.7737-1.58673.1336-1.78595.0754-0.4299-1.8601-0.80021.2552-0.16110.63160.967-0.47320.34311.1788-0.23780.21671.11190.05050.4905-6.869622.266545.6109
30.94960.1801-0.98950.6867-0.54851.43990.1661-0.1171-0.6714-0.079-0.11240.64940.7053-0.0265-0.09490.8123-0.40740.09561.2234-0.04080.7774-18.29719.361226.6717
44.50030.6364-0.22532.7763-0.40890.2013-0.2701-0.4572-0.98690.1640.5264-0.02281.4583-0.91640.17460.839-0.48710.19351.04190.15940.7003-2.09375.276634.6743
55.4139-1.0356-1.11592.34530.50182.0253-0.1752-0.2630.41730.58560.01220.2210.5592-0.28310.16380.5205-0.12510.13350.3506-0.14410.82920.603110.810819.0514
61.8899-0.11611.39181.72010.81273.8433-0.2540.28280.3746-0.18530.0999-0.0723-0.58790.81330.11010.2992-0.09890.02660.29760.0330.380445.890518.581613.2302
74.67052.64322.13974.76433.56657.3421-0.0742-1.0628-0.47992.22010.5405-1.15750.53210.4797-0.40851.14830.159-0.17840.5105-0.00680.528144.97179.551341.3863
81.2721-0.5023-0.12651.5722-1.1051.4197-0.32450.06220.78220.38640.5712-0.5713-1.04240.4315-0.27330.8411-0.2771-0.19190.9038-0.11521.02856.75430.682233.5951
95.3008-0.6506-0.02742.1587-0.00991.7555-0.609-0.23650.51081.15070.5029-0.4260.36970.5570.12330.66680.1686-0.2290.4125-0.13310.416940.420629.066143.1733
102.5077-0.38090.78251.95060.26813.6260.03690.2224-0.28390.1945-0.1662-0.28550.18550.38860.12020.3088-0.0018-0.05230.3011-0.05620.337617.643333.576427.5028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 467:498) or (resseq 522:687))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 499:521))A499 - 521
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 688:712))A688 - 712
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 713:799))A713 - 799
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 800:874))A800 - 874
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resseq 467:498) or (resseq 522:687))B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and ((resseq 499:521))B499 - 521
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and ((resseq 688:712))B688 - 712
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and ((resseq 713:799))B713 - 799
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and ((resseq 800:874))B800 - 874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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