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- PDB-3uom: Ca2+ complex of Human skeletal calsequestrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uom
タイトルCa2+ complex of Human skeletal calsequestrin
要素Calsequestrin-1
キーワードcalcium-binding protein / Thioredoxin-like fold / Calcium binding / Sarcoplasmic Reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


terminal cisterna lumen / positive regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of store-operated calcium entry / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / smooth endoplasmic reticulum ...terminal cisterna lumen / positive regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of store-operated calcium entry / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / smooth endoplasmic reticulum / skeletal muscle tissue development / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / T-tubule / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / Stimuli-sensing channels / Z disc / response to heat / mitochondrial matrix / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Calsequestrin / Calsequestrin, conserved site / Calsequestrin, middle TRX-fold domain / Calsequestrin, N-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin, C-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin / Calsequestrin signature 1. / Calsequestrin signature 2. / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Calsequestrin / Calsequestrin, conserved site / Calsequestrin, middle TRX-fold domain / Calsequestrin, N-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin, C-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin / Calsequestrin signature 1. / Calsequestrin signature 2. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Sanchez, E.J. / Lewis, K.M. / Danna, B.R. / Nissen, M.S. / Kang, C.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: High-capacity Ca2+ Binding of Human Skeletal Calsequestrin.
著者: Sanchez, E.J. / Lewis, K.M. / Danna, B.R. / Kang, C.
履歴
登録2011年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calsequestrin-1
B: Calsequestrin-1
C: Calsequestrin-1
D: Calsequestrin-1
E: Calsequestrin-1
F: Calsequestrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,745134
ポリマ－250,3356
非ポリマー8,410128
水21,8701214
1
A: Calsequestrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,11122
ポリマ－41,7231
非ポリマー1,38821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Calsequestrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,15123
ポリマ－41,7231
非ポリマー1,42822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Calsequestrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,15123
ポリマ－41,7231
非ポリマー1,42822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Calsequestrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,15123
ポリマ－41,7231
非ポリマー1,42822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Calsequestrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,95320
ポリマ－41,7231
非ポリマー1,23019
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Calsequestrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,22923
ポリマ－41,7231
非ポリマー1,50622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.799, 89.793, 119.161
Angle α, β, γ (deg.)90.13, 89.90, 60.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Calsequestrin-1 / Calmitin / Calsequestrin / skeletal muscle isoform


分子量: 41722.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21 / 参照: UniProt: P31415
#2: 化合物...
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50 mM Bis-tris propane, 50 mM CaCl2, 40% MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.015→50 Å / Num. obs: 195624 / % possible obs: 95.8 %

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.1_357) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1A8Y

1a8y


解像度: 2.02→38.9 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 1906 0.97 %
Rwork0.182 --
obs0.182 195624 91.8 %
all-204132 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.36 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6043 Å20.4821 Å2-0.4783 Å2
2--2.0518 Å2-0.0848 Å2
3----4.6561 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17062 0 422 1214 18698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03324586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9696768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.015-2.06490.3354900.23659316X-RAY DIFFRACTION62
2.0649-2.12080.21711170.217912364X-RAY DIFFRACTION82
2.1208-2.18320.25641310.202713330X-RAY DIFFRACTION88
2.1832-2.25360.28031500.193913689X-RAY DIFFRACTION91
2.2536-2.33420.18291390.188613825X-RAY DIFFRACTION92
2.3342-2.42760.30461360.187814073X-RAY DIFFRACTION93
2.4276-2.53810.2171400.192514157X-RAY DIFFRACTION94
2.5381-2.67180.23271370.188814320X-RAY DIFFRACTION95
2.6718-2.83920.17571420.186714562X-RAY DIFFRACTION96
2.8392-3.05830.24921500.185814682X-RAY DIFFRACTION97
3.0583-3.36590.2071430.177214737X-RAY DIFFRACTION98
3.3659-3.85260.20111350.162414875X-RAY DIFFRACTION98
3.8526-4.85240.16311380.150314905X-RAY DIFFRACTION99
4.8524-38.91150.21341580.196214883X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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