PDB-4cbi: Pestivirus NS3 helicase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cbi

タイトル

Pestivirus NS3 helicase

要素

SERINE PROTEASE NS3

キーワード

HYDROLASE / SF2 HELICASES / PESTIVIRUS / FLAVIVIRIDAE NS3 / SAXS

機能・相同性

機能・相同性情報

pestivirus NS3 polyprotein peptidase / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell surface / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: X-Ray Structure of the Pestivirus Ns3 Helicase and its Conformation in Solution.
著者: Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.

履歴

登録	2013年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.3	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.4	2015年10月14日	Group: Refinement description
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cbi.cif.gz	700 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cbi.ent.gz	585 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cbgSC 4cbhC 4cblC 4cbmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cbl-4 5xj1-d 2qqm-d 5yev-3 5xj2-2 4ngd-1 4nh3-1 4i76-1 4cbm-4 4ngb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: SERINE PROTEASE NS3

B: SERINE PROTEASE NS3

C: SERINE PROTEASE NS3

D: SERINE PROTEASE NS3

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.633, 96.303, 97.611
Angle α, β, γ (deg.)	91.23, 110.86, 107.62
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.8215, 0.4069, -0.3995), (-0.4421, -0.01204, 0.8969), (0.3601, 0.9134, 0.1898)	5.337, -55.22, 54.59
3	given	(0.3488, 0.7242, -0.595), (0.7274, -0.6094, -0.3153), (-0.5909, -0.3228, -0.7393)	28.73, 45.13, 120.5
4	given	(-0.8209, -0.4213, 0.3856), (-0.4398, 0.03556, -0.8974), (0.3644, -0.9062, -0.2145)	-41.12, 65.1, 95.97

#1: タンパク質	SERINE PROTEASE NS3 / NON-STRUCTURAL PROTEIN 3 分子量: 58023.031 Da / 分子数: 4 / 断片: HELICASE DOMAIN, RESIDUES 1782-2280 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス) 株: ALFORT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P19712, pestivirus NS3 polyprotein peptidase, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HISTAG N-TERMINAL PLUS TEV CLEAVAGE SITE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 0.6 M NACL, 4% PEG, 1 MM AMPPCP, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→46.83 Å / Num. obs: 40172 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 65.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 68.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CBG

4cbg

解像度: 3→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9033 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8759 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.418

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1980	4.97 %	RANDOM
R_work	0.2098	-	-	-
obs	0.2115	39850	89.79 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.1962 Å²	-2.8447 Å²	1.6314 Å²
2-	-	-18.0852 Å²	9.7855 Å²
3-	-	-	11.8891 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.504 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13710	0	0	17	13727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	14033	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.12	18963	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4982	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		363	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1984	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		14033	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.71
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.12
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1842	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16492	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2594	97	4.68 %
R_work	0.2321	1977	-
all	0.2334	2074	-
obs	-	-	89.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.522	0.8801	0.5508	3.148	1.3203	4.4112	-0.0103	0.4098	-0.0781	0.0969	-0.053	0.2257	0.3714	-0.1375	0.0633	-0.3762	-0.0237	-0.0263	0.2216	0.0146	-0.0198	-26.9501	13.0066	40.2007
2	4.4619	0.5271	-0.4992	3.5721	-0.1328	1.4559	-0.2406	0.1074	-0.1422	-0.601	0.2117	-0.4933	0.5424	-0.314	0.0289	-0.0609	-0.1815	0.1985	-0.0465	0.0025	-0.1253	-1.1676	-8.6793	27.0178
3	5.1721	-0.6443	-1.0625	1.1824	0.2997	3.3005	-0.0278	0.0549	0.2974	0.0948	0.072	-0.2508	-0.2088	0.2966	-0.0442	-0.3591	-0.0665	-0.0361	0.334	-0.0743	0.15	3.8504	20.9209	43.0155
4	4.2416	-1.9378	-1.2751	5.1518	1.6416	3.237	-0.2318	0.4455	-0.6829	-0.3078	0.1364	-0.0177	0.3527	0.27	0.0954	-0.2555	-0.0844	-0.0038	-0.1735	-0.1438	0.1171	-9.1089	-27.5604	71.4004
5	4.3402	1.9496	-1.0185	2.8037	2.2567	4.9347	-0.1605	-0.2194	-0.6776	-0.2734	0.0668	-0.3023	0.4469	-0.2423	0.0937	0.0686	-0.2739	-0.0393	0.1463	0.0857	-0.2464	-23.8117	-26.9866	40.564
6	7.2611	0.9447	2.3055	0.8759	0.6946	3.0772	-0.0387	0.5344	-0.1504	-0.3217	-0.1255	0.4019	-0.0736	-0.4391	0.1642	-0.2433	-0.099	-0.1552	0.2957	-0.0001	0.1028	-36.579	-11.6986	66.8015
7	4.1075	-0.8488	-0.9438	3.7419	1.2966	4.6765	0.045	-0.3352	0.2449	-0.1129	-0.1665	0.2885	-0.32	-0.3431	0.1215	-0.3322	-0.1007	-0.0195	0.3042	0.0391	0.1203	-26.956	2.6864	94.4889
8	2.9412	0.2903	0.8063	3.2302	1.593	4.958	-0.3792	0.1692	0.2786	0.6244	0.2186	-0.2255	-0.6864	-0.1334	0.1607	-0.1651	0.1225	-0.2021	-0.0955	0.0574	-0.1568	-1.603	23.6522	108.036
9	5.6153	1.0987	1.2246	2.2643	0.0231	2.8089	0.0219	-0.1622	-0.2149	-0.0454	0.0409	-0.2642	0.1962	0.4075	-0.0628	-0.4207	0.0157	0.0306	0.2082	-0.0733	-0.0422	3.8815	-5.0814	91.4612
10	3.8366	-0.1986	-0.4204	2.6547	2.567	3.4152	-0.0824	-0.3688	0.7335	0.1828	0.3097	-0.234	-0.4898	0.3743	-0.2273	-0.3001	-0.0647	-0.014	-0.1535	-0.19	0.2463	-9.1388	43.4367	62.8783
11	5.6521	-1.0258	2.7699	-1.2337	-0.1137	7.2605	-0.4551	0.1564	0.4024	0.5971	0.0425	-0.0831	-0.1747	-0.1157	0.4126	0.1751	0.2576	-0.0234	-0.0128	0.0224	-0.0847	-24.2216	38.8561	93.6492
12	4.8752	-1.0698	-1.92	2.5424	1.3753	5.1004	-0.1993	-0.3635	0.2174	0.3645	-0.133	0.5906	0.0731	-0.6308	0.3323	-0.446	-0.0056	0.0879	0.1566	-0.0648	-0.084	-37.1153	28.0576	67.8042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|206 - A\|353}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|364 - A\|476,A\|489 - A\|522}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|477 - A\|488,A\|526 - A\|684}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|206 - B\|351}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|364 - B\|476,B\|489 - B\|525}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|477 - B\|488,B\|526 - B\|683}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{C\|205 - C\|353}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|364 - C\|476,C\|489 - C\|520}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|477 - C\|488,C\|525 - C\|686}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{D\|206 - D\|350}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ D\|368 - D\|476,D\|489 - D\|525}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|477 - D\|488,D\|526 - D\|681}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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