+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xj1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of spRlmCD | ||||||
Components | Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / 23S rRNA / U747 / methyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information rRNA (uridine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae serotype 4 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.753 Å | ||||||
Authors | Jiang, Y. / Gong, Q. | ||||||
Citation | Journal: PLoS ONE / Year: 2017 Title: Structural insights into substrate selectivity of ribosomal RNA methyltransferase RlmCD Authors: Jiang, Y. / Li, F. / Wu, J. / Shi, Y. / Gong, Q. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xj1.cif.gz | 198 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5xj1.ent.gz | 155.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xj1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xj1_validation.pdf.gz | 670.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5xj1_full_validation.pdf.gz | 675.1 KB | Display | |
Data in XML | 5xj1_validation.xml.gz | 20.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5xj1_validation.cif.gz | 30.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xj1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5xj2C 1uwvS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 51387.031 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-454 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (bacteria) Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: SP_1029 / Plasmid: pET28aSUMO Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21-Gold(DE3)pLysS AG References: UniProt: Q97R12, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-P6G / | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.83 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES.Na, 45% PEG600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9776 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9776 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→40 Å / Num. obs: 51160 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 272825 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UWV Resolution: 1.753→38.587 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 20.86 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.47 Å2 / Biso mean: 29.0451 Å2 / Biso min: 14.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.753→38.587 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|