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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h3n | ||||||
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タイトル | Structure of VgrG1 in the Type VI secretion VgrG1-Tse6-EF-Tu complex embedded in lipid nanodiscs | ||||||
![]() | VgrG1 | ||||||
![]() | TOXIN / Bacterial Type VI effector complex / Tse6-loaded VgrG1 complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
![]() | Quentin, D. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of loading and translocation of type VI secretion system effector Tse6. 著者: Dennis Quentin / Shehryar Ahmad / Premy Shanthamoorthy / Joseph D Mougous / John C Whitney / Stefan Raunser / ![]() ![]() ![]() 要旨: The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular ...The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular machine secretes antibacterial effector proteins by undergoing cycles of extension and contraction; however, how effectors are loaded into the T6SS and subsequently delivered to target bacteria remains poorly understood. Here, using electron cryomicroscopy, we analysed the structures of the Pseudomonas aeruginosa effector Tse6 loaded onto the T6SS spike protein VgrG1 in solution and embedded in lipid nanodiscs. In the absence of membranes, Tse6 stability requires the chaperone EagT6, two dimers of which interact with the hydrophobic transmembrane domains of Tse6. EagT6 is not directly involved in Tse6 delivery but is crucial for its loading onto VgrG1. VgrG1-loaded Tse6 spontaneously enters membranes and its toxin domain translocates across a lipid bilayer, indicating that effector delivery by the T6SS does not require puncturing of the target cell inner membrane by VgrG1. Eag chaperone family members from diverse Proteobacteria are often encoded adjacent to putative toxins with predicted transmembrane domains and we therefore anticipate that our findings will be generalizable to numerous T6SS-exported membrane-associated effectors. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 667.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 566.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 674.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 679.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72098.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: vgrG1, PA0091 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: The type VI secretion VgrG1-Tse6-EF-Tu complex embedded in lipid nanodiscs タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 0.01 % Tween-20 was added to improve ice quality. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 0.01 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 91 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1873 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Cs corrected microscope |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 100 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72000 / 対称性のタイプ: POINT |