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- EMDB-0135: Electron cryo-microscopy of the Type VI secretion "pre-firing" Vg... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0135
タイトルElectron cryo-microscopy of the Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
マップデータThe "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex (PFC)
試料
  • 複合体: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
    • 複合体: Valine-glycine repeat protein 1
      • タンパク質・ペプチド: VgrG1
    • 複合体: Type VI secretion exported 6
    • 複合体: Type VI secretion immunity 6
    • 複合体: Effector associated gene with tse6
    • 複合体: Elongation factor Tu 1
キーワードBacterial Type VI effector complex / T6SS chaperone-effector complex / Tse6-loaded VgrG1 complex / NAD(P)+ Glycohydrolase / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system spike protein VgrG1a
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Quentin D / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council615984 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Mechanism of loading and translocation of type VI secretion system effector Tse6.
著者: Dennis Quentin / Shehryar Ahmad / Premy Shanthamoorthy / Joseph D Mougous / John C Whitney / Stefan Raunser /
要旨: The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular ...The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular machine secretes antibacterial effector proteins by undergoing cycles of extension and contraction; however, how effectors are loaded into the T6SS and subsequently delivered to target bacteria remains poorly understood. Here, using electron cryomicroscopy, we analysed the structures of the Pseudomonas aeruginosa effector Tse6 loaded onto the T6SS spike protein VgrG1 in solution and embedded in lipid nanodiscs. In the absence of membranes, Tse6 stability requires the chaperone EagT6, two dimers of which interact with the hydrophobic transmembrane domains of Tse6. EagT6 is not directly involved in Tse6 delivery but is crucial for its loading onto VgrG1. VgrG1-loaded Tse6 spontaneously enters membranes and its toxin domain translocates across a lipid bilayer, indicating that effector delivery by the T6SS does not require puncturing of the target cell inner membrane by VgrG1. Eag chaperone family members from diverse Proteobacteria are often encoded adjacent to putative toxins with predicted transmembrane domains and we therefore anticipate that our findings will be generalizable to numerous T6SS-exported membrane-associated effectors.
履歴
登録2018年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年9月12日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.053
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.053
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h3l
  • 表面レベル: 0.053
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0135.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex (PFC)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 360 pix.
= 410.4 Å		1.14 Å/pix.
x 360 pix.
= 410.4 Å		1.14 Å/pix.
x 360 pix.
= 410.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.053 / ムービー #1: 0.053
最小 - 最大-0.04401986 - 0.11461051
平均 (標準偏差)0.0002702165 (±0.0034003535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 410.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.400410.400410.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0440.1150.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex

全体名称: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
要素
  • 複合体: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
    • 複合体: Valine-glycine repeat protein 1
      • タンパク質・ペプチド: VgrG1
    • 複合体: Type VI secretion exported 6
    • 複合体: Type VI secretion immunity 6
    • 複合体: Effector associated gene with tse6
    • 複合体: Elongation factor Tu 1

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超分子 #1: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex

超分子名称: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The type VI "pre-firing" complex consists of a single copy of Tse6, EF-Tu, Tsi6 and trimeric VgrG1 as well as two copies of dimeric EagT6.
分子量理論値: 43 KDa

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超分子 #2: Valine-glycine repeat protein 1

超分子名称: Valine-glycine repeat protein 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: VgrG1 forms a trimer - UniProt Identifier: Q9I741
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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超分子 #3: Type VI secretion exported 6

超分子名称: Type VI secretion exported 6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: Tse6 - UniProt identifier: Q9I739
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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超分子 #4: Type VI secretion immunity 6

超分子名称: Type VI secretion immunity 6 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 詳細: Tsi6 - UniProt identifier: Q9I740
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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超分子 #5: Effector associated gene with tse6

超分子名称: Effector associated gene with tse6 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
詳細: EagT6 forms dimers - UniProt identifier: Q9I738. Two dimers are present in the EM map.
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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超分子 #6: Elongation factor Tu 1

超分子名称: Elongation factor Tu 1 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 詳細: EF-Tu - UniProt identifier: P0CE47
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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分子 #1: VgrG1

分子名称: VgrG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
分子量理論値: 72.098375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MQLTRLVQVD CPLGPDVLLL QRMEGREELG RLFAYELHLV SENPNLPLEQ LLGKPMSLSL ELPGGSRRFF HGIVARCSQV AGHGQFAGY QATLRPWPWL LTRTSDCRIF QNQSVPEIIK QVFRNLGFSD FEDALTRPYR EWEYCVQYRE TSFDFISRLM E QEGIYYWF ...文字列:
MQLTRLVQVD CPLGPDVLLL QRMEGREELG RLFAYELHLV SENPNLPLEQ LLGKPMSLSL ELPGGSRRFF HGIVARCSQV AGHGQFAGY QATLRPWPWL LTRTSDCRIF QNQSVPEIIK QVFRNLGFSD FEDALTRPYR EWEYCVQYRE TSFDFISRLM E QEGIYYWF RHEQKRHILV LSDAYGAHRS PGGYASVPYY PPTLGHRERD HFFDWQMARE VQPGSLTLND YDFQRPGARL EV RSNIARP HAAADYPLYD YPGEYVQSQD GEQYARNRIE AIQAQHERVR LRGVVRGIGA GHLFRLSGYP RDDQNREYLV VGA EYRVVQ ELYETGSGGA GSQFESELDC IDASQSFRLL PQTPVPVVRG PQTAVVVGPK GEEIWTDQYG RVKVHFHWDR HDQS NENSS CWIRVSQAWA GKNWGSMQIP RIGQEVIVSF LEGDPDRPII TGRVYNAEQT VPYELPANAT QSGMKSRSSK GGTPA NFNE IRMEDKKGAE QLYIHAERNQ DNLVENDASL SVGHDRNKSI GHDELARIGN NRTRAVKLND TLLVGGAKSD SVTGTY LIE AGAQIRLVCG KSVVEFNADG TINISGSAFN LYASGNGNID TGGRLDLNSG GASEVDAKGK GVQGTIDGQV QAMFPPP AK G

UniProtKB: Type VI secretion system spike protein VgrG1a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTris
300.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs corrected microscope
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 11642 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3113

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / ソフトウェア - 詳細: meridien / 使用した粒子像数: 55000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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