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- PDB-6h0t: Crystal structure of native recombinant human bile salt activated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h0t
タイトルCrystal structure of native recombinant human bile salt activated lipase
要素Bile salt-activated lipase
キーワードHYDROLASE / Lipase / alpha-beta hydrolase.
機能・相同性
機能・相同性情報


retinyl-palmitate esterase activity / Digestion of dietary lipid / acetylesterase / ceramide catabolic process / sterol esterase / sterol ester esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / intestinal cholesterol absorption / triacylglycerol lipase ...retinyl-palmitate esterase activity / Digestion of dietary lipid / acetylesterase / ceramide catabolic process / sterol esterase / sterol ester esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / intestinal cholesterol absorption / triacylglycerol lipase / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / triacylglycerol lipase activity / catalytic activity / lipid metabolic process / heparin binding / hydrolase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mucin-like domain / Mucin-like / : / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Mucin-like domain / Mucin-like / : / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Bile salt-activated lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Touvrey, C. / Brazzolotto, X. / Nachon, F.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French Ministry of Armed ForcesPDH-2-NRBC-3-C-3201 フランス
French National Research AgencyASTRID CAT-SCAV フランス
引用ジャーナル: Toxicology / 年: 2019
タイトル: X-ray structures of human bile-salt activated lipase conjugated to nerve agents surrogates.
著者: Touvrey, C. / Courageux, C. / Guillon, V. / Terreux, R. / Nachon, F. / Brazzolotto, X.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile salt-activated lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,59414
ポリマ－60,7431
非ポリマー85213
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.274, 97.676, 109.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bile salt-activated lipase / BAL / Bile salt-stimulated lipase / BSSL / Bucelipase / Carboxyl ester lipase / Cholesterol ...BAL / Bile salt-stimulated lipase / BSSL / Bucelipase / Carboxyl ester lipase / Cholesterol esterase / Pancreatic lysophospholipase / Sterol esterase


分子量: 60742.715 Da / 分子数: 1 / 変異: N186D, A298D, 534STOP / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Crystals with uncleaved tagged enzyme / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEL, BAL
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P19835, sterol esterase, triacylglycerol lipase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, cacodylate, zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.93 Å / Num. obs: 49920 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08457 / Rpim(I) all: 0.04367 / Rrim(I) all: 0.09572 / Net I/σ(I): 8.07
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.231 / Num. unique obs: 4887 / Rpim(I) all: 0.6223 / Rrim(I) all: 1.386 / % possible all: 99.17

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f6w

1f6w


解像度: 1.9→39.93 Å / SU ML: 0.254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5616
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 2389 4.79 %
Rwork0.2099 --
obs0.2117 49846 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 30 112 4161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00774146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84785635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.99962434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.42831300.39012748X-RAY DIFFRACTION99.04
1.94-1.980.39831370.34372743X-RAY DIFFRACTION99.38
1.98-2.030.40561550.3312749X-RAY DIFFRACTION99.38
2.03-2.080.33531340.29072759X-RAY DIFFRACTION99.31
2.08-2.130.29051500.26092752X-RAY DIFFRACTION99.9
2.13-2.20.29941450.24572746X-RAY DIFFRACTION99.76
2.2-2.270.25211380.23912781X-RAY DIFFRACTION99.86
2.27-2.350.29081260.23052767X-RAY DIFFRACTION99.69
2.35-2.440.29911280.22842799X-RAY DIFFRACTION99.69
2.44-2.550.27251330.22262784X-RAY DIFFRACTION99.83
2.55-2.690.26851430.2262773X-RAY DIFFRACTION99.66
2.69-2.860.27551240.23012809X-RAY DIFFRACTION99.86
2.86-3.080.26081560.23532812X-RAY DIFFRACTION99.53
3.08-3.390.24671320.21782801X-RAY DIFFRACTION99.39
3.39-3.880.23891540.18722816X-RAY DIFFRACTION99.4
3.88-4.880.1911520.16022849X-RAY DIFFRACTION99.37
4.88-44.620.19881520.17862969X-RAY DIFFRACTION98.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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