PDB-3cj1: Structure of Rattus norvegicus NTPDase2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cj1

タイトル

Structure of Rattus norvegicus NTPDase2

要素

Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta protein / Actin-like fold / Alternative splicing / Calcium / Glycoprotein / Magnesium / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate catabolic process / cellular response to interferon-alpha / nucleoside diphosphate phosphatase activity / response to auditory stimulus / cell projection membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zebisch, M. / Strater, N.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
著者: Zebisch, M. / Strater, N.

履歴

登録	2008年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cj1.cif.gz	103.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cj1.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cj1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cj7C 3cj9C 3cjaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4br5-d 6h0t-d 6h19-d 6g21-2 4br0-d 4ja7-d 4br2-d 4icd-d 6icd-d 3cj7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2

50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.346, 69.029, 164.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2 / NTPDase 2 / Ecto-ATPase / CD39 antigen-like 1 分子量: 50611.949 Da / 分子数: 1 断片: Ectodomain, Extracellular domain, UNP residues 29-461 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Entpd2 / プラスミド: pET45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: O35795, apyrase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 2 IN THE DATABASE, ENTP2_RAT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 100mM NaHEPES, 2% PEG 6000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.947 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→34.48 Å / Num. all: 52974 / Num. obs: 52974 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→33.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.473 / SU ML: 0.06 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20385	1086	2.1 %	RANDOM
R_work	0.17507	-	-	-
obs	0.17567	51660	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.785 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3294	0	0	388	3682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.947	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.456	5	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.895	22.961	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.631	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.08	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.096	1.5	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.565	2	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.671	3	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.05	4.5	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	75	-
R_work	0.241	3777	-
obs	-	-	99.69 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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