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万見
- PDB-4br0: rat NTPDase2 in complex with Ca AMPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4br0
タイトルrat NTPDase2 in complex with Ca AMPNP
要素ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
キーワードHYDROLASE / APYRASE / ATPASE / ADPASE / PURINERGIC SIGNALLING / DOMAIN ROTATION / TRANSITION STATE / NTPDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / cellular response to interferon-alpha / cell projection membrane / response to auditory stimulus ...purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / cellular response to interferon-alpha / cell projection membrane / response to auditory stimulus / cellular response to interleukin-6 / basement membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / platelet activation / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / cellular response to tumor necrosis factor / cell body / cellular response to lipopolysaccharide / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GDA1/CD39 family of nucleoside phosphatases signature. / Exopolyphosphatase. Domain 2 / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AU1 / Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zebisch, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.
履歴
登録2013年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Structure summary
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6268
ポリマ－50,6991
非ポリマー9277
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.170, 69.130, 164.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2 / NTPDASE 2 / CD39 ANTIGEN-LIKE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 2 / ECTO-ATPDASE 2 / ECTO-ATPASE 2 / NTPDASE2


分子量: 50699.027 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 28-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O35795, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, apyrase
#2: 化合物 ChemComp-AU1 / 5'-O-[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]adenosine / Adenosine 5-(alpha,beta-imido)diphosphate / アデノシン5′-[α,β-イミド]二りん酸


分子量: 426.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O9P2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細(3S)-3-HYDROXY-1-METHYL-2,3-DIHYDRO-1H-INDOLE-5,6-DIONE (AU1): AMPNP ADP ANALOG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM HEPES/NAOH PH 7.3, 2% PEG6000, 3MM NAN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→36.7 Å / Num. obs: 30057 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→19.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.92 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21847 1071 3.6 %RANDOM
Rwork0.16904 ---
obs0.17077 28937 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.044 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 58 189 3518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9871.9624651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.145421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55423.046151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.51415529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0261524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 70 -
Rwork0.232 2074 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1301-0.176-0.64231.69590.9421.83380.12560.1250.2043-0.3821-0.007-0.0472-0.570.0037-0.11850.1923-0.00010.02780.06710.01420.074620.251840.38169.6928
20.9028-0.0897-0.51081.5550.48951.56860.0220.14610.0621-0.24220.0339-0.054-0.11320.1615-0.0560.0442-0.00790.02340.1453-0.02740.078525.094926.48059.7885
32.324-2.1478-3.8635.40384.65936.7744-0.13470.1914-0.07960.1027-0.02070.22770.2014-0.28120.15540.0511-0.01220.01310.221-0.05550.130126.082511.0428-3.9238
40.6427-0.14520.05511.11010.66871.7604-0.0685-0.06-0.0420.14230.0672-0.08120.20780.12870.00130.03630.0312-0.00090.1224-0.00260.084124.529622.427730.1007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 162
2X-RAY DIFFRACTION1A436 - 461
3X-RAY DIFFRACTION2A163 - 179
4X-RAY DIFFRACTION2A427 - 435
5X-RAY DIFFRACTION3A180 - 195
6X-RAY DIFFRACTION4A196 - 426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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