PDB-4bro: Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form IV (part-open)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bro

タイトル

Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form IV (part-open)

要素

ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

キーワード

HYDROLASE / APYRASE / ATPASE / ADPASE / CD39 / PURINERGIC SIGNALLING / DOMAIN ROTATION / TRANSITION STATE / NTPDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Zebisch, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.

履歴

登録	2013年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bro.cif.gz	285.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bro.ent.gz	234.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/4bro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/4bro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bqzC 4br0C 4br2C 4br4C 4br5C 4br7C 4br9C 4braC 4brcC 4brdC 4breC 4brfC 4brgC 4brhC 4briC 4brkC 4brlC 4brmC 4brnC 4brpC 4brqC 3cj1 3cj7 3cj9 3cja C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4brm-d 4bri-d 4bvo-1 4brf-d 4brp-2 4bre-d 4brd-d 4brq-d 7ccy-d 4brh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

83.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.991, 155.991, 79.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.912, 0.368, 0.18), (0.363, -0.93, 0.058), (0.188, 0.012, -0.982)
ベクター: 4.348, -11.892, -18.825)

#1: タンパク質	ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I / NTPDASE1 分子量: 41880.594 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 35-393 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUA2, apyrase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 100MM HEPES PH 7.5, 1.4 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9181

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9181 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.837
1	1	K, H, -L	2	0.163

反射

解像度: 2→34 Å / Num. obs: 74335 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.9

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→34.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 6.884 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24069	1441	1.9 %	RANDOM
R_work	0.2146	-	-	-
obs	0.21509	72874	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.104 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	10.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→34.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5570	0	0	103	5673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	5781
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.937	7901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.11	5	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.124	26.088	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.604	15	921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.835	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.993→2.045 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	102	-
R_work	0.245	4738	-
obs	-	-	88.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5961	-0.0228	-0.1428	1.5255	-0.3493	1.9225	-0.0018	-0.0676	0.0769	0.0226	-0.0002	0.037	0.139	0.0184	0.0021	0.0883	-0.019	-0.0155	0.0138	-0.0191	0.1829	-81.7397	-13.8472	0.534
2	3.879	-1.0991	-0.0648	2.4754	-0.0295	2.1833	-0.0876	-0.2612	-0.0022	0.2782	-0.0383	-0.0144	0.059	0.1544	0.1259	0.1552	0.0285	-0.0131	0.0455	-0.0191	0.1611	-68.6499	-14.6172	11.1239
3	0.9581	-0.7153	-0.0644	1.8617	0.4474	1.1159	-0.003	-0.1443	0.1298	0.0763	0.0187	-0.1123	0.0314	0.1246	-0.0158	0.0676	0.0157	-0.0197	0.062	0.0129	0.1895	-54.8805	-23.6764	-1.0422
4	1.9613	0.889	-0.4306	1.3237	-0.0044	0.1487	-0.055	0.325	0.1348	-0.2744	0.0594	0.1232	-0.0197	-0.0749	-0.0044	0.2448	0.0156	-0.004	0.1687	0.044	0.2142	-75.5014	-29.4962	-34.2576
5	1.4586	1.0629	-0.5825	2.8069	-0.2	4.1615	-0.1954	0.2188	0.1633	-0.3572	0.0979	0.087	0.2355	-0.277	0.0975	0.2992	0.0133	0.0374	0.2199	0.0703	0.2149	-61.4676	-23.1408	-43.0747
6	0.981	-0.5113	-0.3132	1.6474	0.181	1.3006	0.0157	0.1177	0.0897	-0.1618	-0.0812	-0.1425	-0.0087	0.3205	0.0655	0.1402	0.0068	0.0352	0.1305	0.0883	0.2702	-54.9785	-10.6733	-28.8378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	156 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	377 - 394
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 376
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	34 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	156 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	377 - 394
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	180 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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