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- PDB-4brn: Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form III (closed) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4brn
タイトルLegionella pneumophila NTPDase1 crystal form III (closed) in complex with Mg AMP
要素ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
キーワードHYDROLASE / APYRASE / ATPASE / ADPASE / CD39 / PURINERGIC SIGNALLING / DOMAIN ROTATION / TRANSITION STATE / NTPDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Exopolyphosphatase. Domain 2 / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase I
類似検索 - 構成要素
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Zebisch, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Structure summary
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,63510
ポリマ－83,7612
非ポリマー8748
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-75.1 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-62.5 kcal/mol
Surface area28030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.333, 83.577, 104.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.986, -0.034, -0.165), (0.054, -0.991, -0.119), (-0.159, -0.126, 0.979)
ベクター: 24.444, 0.86, 1.983)

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要素

#1: タンパク質 ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I / NTPDASE1


分子量: 41880.594 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 35-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUA2
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 100MM NAMES PH 4.6 200MM NACL 12% PEG3350 5MM MGCL2 25MM AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 78136 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.69→28.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.448 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23014 1132 1.5 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
obs0.18676 76492 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→28.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5703 0 52 310 6065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.9488216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1625742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.58826305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73415967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8451510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.694→1.738 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 68 -
Rwork0.265 5344 -
obs--94.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61020.2034-0.32170.67990.11621.02020.02350.18020.0134-0.0755-0.041-0.0808-0.0042-0.05830.01750.09410.01790.00310.0299-0.00690.130.1574-5.9617-4.8028
22.9658-0.1012-0.65720.6770.1552.30650.0728-0.13020.06230.0387-0.021-0.1515-0.13470.2813-0.05180.0727-0.0337-0.02190.044-0.00940.104639.4078-4.01510.4126
31.5046-0.5369-0.28081.0326-0.280.61210.1005-0.2190.19370.1556-0.0163-0.1041-0.21680.2002-0.08420.1609-0.0663-0.0010.0799-0.0540.085925.01725.582619.7136
41.58490.25720.32030.85670.07590.74920.01740.26230.0339-0.12690.0010.0876-0.03820.0663-0.01850.10640.01670.01220.05090.02070.0891-4.84547.4893-6.7771
51.6615-0.14740.23310.9652-0.31211.62960.01720.00180.14730.00470.0290.2106-0.0187-0.1534-0.04620.06130.00010.02250.01490.00540.0959-16.4933.71226.2393
60.8831-0.31330.11271.07590.24930.29990.009-0.0688-0.02370.15550.00840.07560.008-0.0448-0.01740.1148-0.00940.02620.0140.01160.0419-3.1783-6.991316.7143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2A156 - 179
3X-RAY DIFFRACTION2A377 - 394
4X-RAY DIFFRACTION3A180 - 376
5X-RAY DIFFRACTION4B34 - 155
6X-RAY DIFFRACTION5B156 - 179
7X-RAY DIFFRACTION5B377 - 394
8X-RAY DIFFRACTION6B180 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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