PDB-4a6t: Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a6t

タイトル

Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium violaceum in complex with PLP

要素

OMEGA TRANSAMINASE

キーワード

TRANSFERASE / PLP-BINDING ENZYME / TRANSAMINASE FOLD TYPE I

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Logan, D.T. / Hakansson, M. / Yengo, K. / Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of the Chromobacterium Violaceum Omega-Transaminase Reveal Major Structural Rearrangements Upon Binding of Coenzyme Plp.
著者: Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Hakansson, M. / Kimbung, Y.R. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P. / Logan, D.T.

履歴

登録	2011年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a6t.cif.gz	764.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a6t.ent.gz	641.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a6t_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a6t_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	4a6t_validation.xml.gz	73.6 KB	表示
CIF形式データ	4a6t_validation.cif.gz	106.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a6rSC 4a6uC 4a72C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6snu-2 4a72-2 4ah3-1 6snu-1 4e3q-2 5ghf-d 4brf-d 5kqt-1 4brd-d 3nui-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OMEGA TRANSAMINASE

B: OMEGA TRANSAMINASE

C: OMEGA TRANSAMINASE

D: OMEGA TRANSAMINASE

ヘテロ分子

206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OMEGA TRANSAMINASE

B: OMEGA TRANSAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: OMEGA TRANSAMINASE

D: OMEGA TRANSAMINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.490, 62.320, 119.520
Angle α, β, γ (deg.)	105.44, 90.90, 104.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.09338, -0.9666, -0.2386), (-0.9635, -0.1481, 0.2229), (-0.2508, 0.2091, -0.9452)	-37.54, -22.66, 78.32
2	given	(0.9766, 0.1921, -0.09642), (-0.1948, 0.9806, -0.01924), (0.0908, 0.03757, 0.9952)	6.947, 12.18, -54.2
3	given	(0.265, -0.8908, -0.3691), (-0.9351, -0.3309, 0.127), (-0.2353, 0.3115, -0.9207)	-38.99, -44.25, -18.87

#1: タンパク質	OMEGA TRANSAMINASE / PROBABLE AMINOTRANSFERASE 分子量: 51279.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア) プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7NWG4, beta-alanine-pyruvate transaminase, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 詳細: DROPS OF 200 UL PROTEIN AT 12 MG/ML MIXED WITH 200 UL OF 0.1 M HEPES PH 7.5, 150-300 MM NACL AND 22.5-27.5% PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04002
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR, VERTICALLY FOCUSING
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 210786 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A6R

4a6r

解像度: 1.8→29.339 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2019	7186	5 %
R_work	0.1647	-	-
obs	0.1666	143706	94.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.55 Å² / k_sol: 0.389 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7681 Å²	-0.9275 Å²	0.9118 Å²
2-	-	1.4724 Å²	0.3599 Å²
3-	-	-	-0.7043 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14277	0	60	1111	15448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14719
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	19933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.536	5315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2069
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3448	211	0.3282	4013	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8205-1.8419	0.321	238	0.3043	4530	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8419-1.8644	0.3302	239	0.2869	4535	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8644-1.888	0.2839	241	0.2631	4573	X-RAY DIFFRACTION	93
1.888-1.9128	0.2722	235	0.2444	4469	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9128-1.939	0.2613	240	0.2419	4570	X-RAY DIFFRACTION	94
1.939-1.9667	0.2765	239	0.23	4534	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9667-1.996	0.2825	242	0.2259	4594	X-RAY DIFFRACTION	94
1.996-2.0272	0.2411	239	0.2109	4536	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0272-2.0605	0.2489	240	0.1946	4575	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0605-2.096	0.2142	239	0.1786	4534	X-RAY DIFFRACTION	94
2.096-2.1341	0.2186	240	0.1763	4569	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1341-2.1751	0.2108	240	0.1681	4548	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1751-2.2195	0.2114	243	0.1582	4616	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2195-2.2677	0.2063	239	0.1572	4547	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2677-2.3205	0.1878	241	0.1479	4577	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3205-2.3785	0.194	241	0.1461	4588	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3785-2.4428	0.2008	241	0.1543	4573	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4428-2.5146	0.1923	243	0.1485	4605	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5146-2.5957	0.1747	243	0.146	4632	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5957-2.6884	0.2165	241	0.148	4572	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6884-2.796	0.1687	245	0.1437	4660	X-RAY DIFFRACTION	96
2.796-2.9231	0.1952	243	0.1446	4606	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9231-3.0771	0.1992	244	0.1469	4639	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0771-3.2696	0.191	243	0.1514	4616	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2696-3.5217	0.1944	242	0.1523	4594	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5217-3.8754	0.1739	241	0.1433	4579	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8754-4.4345	0.1534	240	0.1267	4560	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4345-5.5807	0.1651	239	0.1445	4539	X-RAY DIFFRACTION	94
5.5807-29.3426	0.1961	234	0.1717	4437	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4655	0.1781	-0.0871	1.4128	-0.0941	2.7391	0.0525	-0.1231	-0.5095	0.2257	-0.0056	0.2419	0.6065	0.0997	-0.0864	0.328	0.0127	-0.0723	0.2283	0.0486	0.4008	-24.2705	-33.7949	-36.301
2	1.2287	-0.0937	0.8048	1.2825	0.3492	1.6681	0.162	0.1291	-0.3011	-0.0714	0.0007	-0.116	0.3162	0.3201	-0.137	0.2274	0.0966	-0.0198	0.2354	-0.0606	0.2227	-11.9948	-27.6626	-48.2305
3	1.0021	-0.3294	0.2464	1.1744	0.0453	0.8223	0.0039	-0.0261	0.002	0.009	0.0036	-0.2344	-0.0139	0.1683	-0.0115	0.0841	-0.0075	0.0176	0.1684	0.023	0.1254	-21.1342	-4.0088	-46.2493
4	0.8462	0.3074	0.2504	2.4048	0.5519	1.7973	0.0747	0.1236	-0.1001	-0.2617	-0.1379	0.3524	-0.0777	-0.2221	0.0792	0.1295	0.0238	-0.0492	0.2409	0.0056	0.1662	-43.0031	-6.5462	-59.2558
5	1.0461	-0.4699	0.2676	0.8418	-0.0192	0.8846	0.06	0.1817	0.0358	-0.1059	-0.0165	-0.1044	-0.0776	0.1564	-0.0487	0.1225	0.0028	0.0112	0.1935	0.0108	0.0999	-21.7608	-7.4869	-54.8527
6	1.2689	-0.1126	-0.1003	0.8999	0.0309	1.3512	0.0062	0.4414	-0.3535	-0.2732	0.0186	0.2346	0.3618	0.0811	0.0007	0.3118	0.0724	-0.113	0.2473	-0.1367	0.2778	-30.2373	-27.6993	-64.7522
7	2.6234	-0.8158	-0.2466	2.4889	0.171	1.7505	-0.1055	-0.1438	-0.2566	0.1895	-0.0332	0.0937	0.2544	-0.2269	0.1042	0.2749	-0.1085	-0.0522	0.2423	0.0092	0.4604	-44.3029	-29.5487	-51.9504
8	0.3857	-0.3572	-0.0211	0.7741	-0.1081	1.1385	0.1261	0.1555	-0.4014	0.1256	0.0318	0.3728	0.5433	-0.1112	-0.0937	0.3685	-0.0059	-0.1345	0.1857	-0.0922	0.4721	-33.9109	-34.7326	-55.8204
9	0.5119	-0.1515	0.7865	1.0986	-0.7724	1.5106	0.0341	0.3536	0.2408	-0.2924	0.0047	-0.2364	-0.0222	0.3466	-0.0379	0.2288	-0.0169	0.0769	0.4948	0.0011	0.2742	1.5371	-2.4936	-45.0723
10	1.197	0.1143	0.4617	0.9551	0.7473	1.302	0.0479	0.1858	-0.2032	-0.1009	0.0432	-0.1934	0.0599	0.2928	-0.0705	0.1328	0.0705	0.0183	0.308	-0.0405	0.1966	-0.4641	-17.7444	-35.4977
11	0.9456	-0.4226	-0.2326	1.0797	0.2411	0.9772	-0.0137	-0.0483	-0.2583	-0.0481	0.0493	0.1033	0.2218	-0.0268	-0.0242	0.147	-0.0001	0.0057	0.1404	0.0065	0.1747	-23.6755	-20.7658	-30.6708
12	1.6383	-0.4157	0.1444	1.0705	0.3065	2.0913	0.0814	0.4377	0.1729	-0.1028	-0.0351	-0.0006	-0.2381	0.0013	-0.0401	0.0992	0.015	0.0137	0.1789	0.0501	0.1244	-25.7881	0.6431	-29.3743
13	1.767	0.2981	-0.034	0.978	0.0831	1.2088	0.036	0.0168	0.1429	0.0812	-0.0196	0.0229	-0.1246	0.0026	-0.0021	0.1392	0.0149	0.0178	0.1063	0.0115	0.09	-20.8917	3.6107	-14.7601
14	0.4778	-0.0094	0.0638	0.5443	0.1458	0.8383	0.0183	0.0482	-0.0842	0.0794	0.0235	-0.0289	0.0748	0.1221	-0.0378	0.1033	0.018	0.0099	0.1428	0.0171	0.1183	-12.5343	-11.6203	-20.9896
15	3.4729	-1.6275	-1.0292	3.0169	0.7925	2.8058	0.0924	0.4067	0.3224	-0.1276	-0.0065	-0.038	-0.5151	0.0698	-0.084	0.3452	-0.0446	0.0781	0.2606	0.0641	0.2267	-0.5172	12.4922	-24.4577
16	1.4599	-0.2856	-0.1547	2.4096	-0.0733	1.174	0.0705	0.1373	0.2007	0.0118	0.0326	-0.3062	-0.2522	0.3398	-0.0639	0.1173	-0.0643	0.0232	0.3056	0.0191	0.1806	6.0495	2.7123	-23.9864
17	0.2333	-0.1434	0.1946	1.0445	-0.2825	2.2754	-0.0855	-0.2203	-0.1779	0.3246	0.078	0.0691	0.393	0.1597	0.0065	0.2382	0.011	-0.0008	0.1356	0.0504	0.1472	-19.8381	-50.549	21.795
18	0.5671	0.2074	0.1507	1.0271	0.2674	0.6162	-0.0237	0.0282	0.1161	-0.0877	0.0718	-0.1986	-0.0471	0.1305	-0.0435	0.098	0.0053	0.0389	0.0822	0.0077	0.1661	-8.5021	-33.7538	8.5773
19	0.7884	0.0342	0.0646	1.2281	0.1552	0.7656	0.0246	0.0061	0.0543	-0.176	-0.0616	0.0759	-0.1098	-0.0812	0.0275	0.1114	0.0192	0.0006	0.0553	0.0239	0.071	-35.1635	-23.9691	7.0211
20	0.4585	-0.0967	0.0799	0.5211	0.0659	0.4445	0.0328	0.03	0.1028	-0.2142	-0.0015	-0.1027	-0.1566	-0.0101	-0.0062	0.1914	0.0022	0.0313	0.0716	0.0451	0.1195	-22.1328	-24.5094	2.3402
21	1.6917	0.0219	-0.1147	0.8914	0.142	0.8558	0.0197	0.0083	-0.1788	-0.0158	-0.0699	0.1651	0.1223	-0.1255	0.021	0.0927	-0.0227	0.0064	0.0458	-0.0092	0.0923	-32.925	-50.4129	0.9086
22	0.9172	-0.12	0.4887	0.8056	-0.477	1.4534	0.0134	0.1882	0.2975	-0.1939	0.0186	-0.3054	-0.1049	0.2688	-0.0184	0.1811	-0.0516	0.0948	0.1482	-0.0093	0.3125	-1.9791	-15.0649	9.5564
23	0.8241	0.3363	0.0808	0.895	0.4563	0.9372	-0.0033	-0.0701	0.0357	0.1127	0.1025	-0.2081	0.1391	0.159	-0.0821	0.1118	0.039	-0.0174	0.1126	0.0047	0.2036	-6.4067	-35.7079	21.0495
24	1.5502	-0.1168	-0.2193	1.1936	0.3617	1.0278	0.0085	-0.025	0.0883	0.0933	-0.0041	0.0364	0.0155	-0.0388	-0.0072	0.1344	-0.0121	0.0133	0.1137	0.011	0.0899	-26.4961	-23.935	28.9567
25	0.8209	0.1699	-0.0007	0.8982	-0.1078	1.2009	0.0633	-0.3184	0.3119	0.3347	0.0154	-0.1253	-0.1947	0.0915	-0.0438	0.2297	-0.0135	-0.0155	0.1658	-0.0856	0.1647	-22.1123	-12.3351	41.9579
26	0.6267	-0.2962	-0.2398	0.6958	0.4037	1.0415	-0.0617	-0.1916	-0.0096	0.2527	0.1165	-0.0734	0.1684	0.003	-0.0469	0.16	0.0231	-0.026	0.1152	0.0122	0.0862	-17.2046	-30.608	33.5714
27	0.3455	-0.2542	-0.0297	0.6713	-0.0486	0.2251	0.0487	-0.1879	0.2412	0.1816	0.0336	-0.2544	0.0006	0.1201	0.0394	0.1922	0.0107	-0.1633	0.2994	-0.1796	0.4954	1.5683	-15.0355	39.2335
28	2.5949	-0.9065	-0.8178	2.5704	0.8154	1.9809	-0.0733	0.0103	0.2069	0.0457	0.0548	0.0685	-0.2015	-0.0309	0.0285	0.2465	-0.0602	0.0783	0.1425	-0.0904	0.5064	-4.6427	0.1461	29.9382
29	0.872	0.3303	-0.195	0.6574	0.2089	0.5244	0.0746	-0.0063	0.2367	0.026	0.111	-0.2322	-0.1333	0.2043	0.1242	0.1407	-0.0698	-0.0193	0.216	-0.1442	0.4929	3.4373	-8.1553	29.8855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 5:46)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 47:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 83:179)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 180:215)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 216:341)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 342:383)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 384:410)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 411:458)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 5:46)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 47:82)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 83:137)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 138:179)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 180:240)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 241:383)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 384:411)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 412:458)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 5:46)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESSEQ 47:106)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESSEQ 107:238)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESSEQ 239:341)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESSEQ 342:458)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESSEQ 5:46)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 47:106)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESSEQ 107:179)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESSEQ 180:240)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN D AND (RESSEQ 241:341)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN D AND (RESSEQ 342:383)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND (RESSEQ 384:411)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN D AND (RESSEQ 412:458)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)