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Yorodumi- PDB-4a6t: Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4a6t | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium violaceum in complex with PLP | ||||||
Components | OMEGA TRANSAMINASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PLP-BINDING ENZYME / TRANSAMINASE FOLD TYPE I | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationadenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Logan, D.T. / Hakansson, M. / Yengo, K. / Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2012Title: Crystal Structures of the Chromobacterium Violaceum Omega-Transaminase Reveal Major Structural Rearrangements Upon Binding of Coenzyme Plp. Authors: Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Hakansson, M. / Kimbung, Y.R. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P. / Logan, D.T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4a6t.cif.gz | 764.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4a6t.ent.gz | 641.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4a6t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4a6t_validation.pdf.gz | 468.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4a6t_full_validation.pdf.gz | 483.1 KB | Display | |
| Data in XML | 4a6t_validation.xml.gz | 73.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 4a6t_validation.cif.gz | 106.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6t | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4a6rSC ![]() 4a6uC ![]() 4a72C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 51279.293 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (bacteria) / Plasmid: PET28A / Production host: ![]() References: UniProt: Q7NWG4, beta-alanine-pyruvate transaminase, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase #2: Chemical | ChemComp-PLP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.4 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 7.4 Details: DROPS OF 200 UL PROTEIN AT 12 MG/ML MIXED WITH 200 UL OF 0.1 M HEPES PH 7.5, 150-300 MM NACL AND 22.5-27.5% PEG 4000. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-2 / Wavelength: 1.04002 |
| Detector | Type: MARRESEARCH SX-165 / Detector: CCD / Date: May 6, 2011 / Details: MULTILAYER MIRROR, VERTICALLY FOCUSING |
| Radiation | Monochromator: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.04002 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→30 Å / Num. obs: 210786 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 20.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 83.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 4A6R Resolution: 1.8→29.339 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.18 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.55 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→29.339 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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