PDB-4a6u: Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a6u

タイトル

Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium violaceum in the apo form, crystallised from PEG 3350

要素

OMEGA TRANSAMINASE

キーワード

TRANSFERASE / PLP-BINDING ENZYME / TRANSAMINASE FOLD TYPE I

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.687 Å

データ登録者

Logan, D.T. / Hakansson, M. / Yengo, K. / Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of the Chromobacterium Violaceum Omega-Transaminase Reveal Major Structural Rearrangements Upon Binding of Coenzyme Plp.
著者: Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Hakansson, M. / Kimbung, Y.R. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P. / Logan, D.T.

履歴

登録	2011年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a6u.cif.gz	328.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a6u.ent.gz	266.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a6u_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a6u_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	4a6u_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	4a6u_validation.cif.gz	51.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/4a6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a6rSC 4a6tC 4a72C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a72-1 4a6r-d 4ba4-d 6hx9-d 5ti8-d 5l6m-2 4aja-1 1ika-1 5l6m-1 2vzs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OMEGA TRANSAMINASE

B: OMEGA TRANSAMINASE

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.170, 61.110, 60.240
Angle α, β, γ (deg.)	109.14, 85.59, 103.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9974, -0.0541, 0.0472), (-0.06423, 0.3787, -0.9233), (0.03207, -0.924, -0.3812)
ベクター: 45.1, -30.41, -48.34)

#1: タンパク質	OMEGA TRANSAMINASE / PROBABLE AMINOTRANSFERASE 分子量: 51279.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア) プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7NWG4, beta-alanine-pyruvate transaminase, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	SODIUM ION (NA): ASSIGNED BASED ON COORDINATION DISTANCE ONLY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 詳細: 200 NL OF PROTEIN AT 12 MG/ML MIXED WITH 200NL OF 20 % W/V PEG 3350, 0.2 M NASCN, 0.1 M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04002
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月6日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR, VERTICALLY FOCUSING
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 78926 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 72.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A6R

4a6r

解像度: 1.687→29.473 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1799	3888	4.9 %
R_work	0.1545	-	-
obs	0.1557	78922	93.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.801 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0967 Å²	-0.6546 Å²	-2.1588 Å²
2-	-	-2.7565 Å²	1.0691 Å²
3-	-	-	-0.3402 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.687→29.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6154	0	11	617	6782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6420
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.116	8700
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.356	2367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	922
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6872-1.7078	0.2576	80	0.2899	1434	X-RAY DIFFRACTION	51
1.7078-1.7294	0.2821	140	0.2373	2665	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7294-1.7522	0.2307	132	0.2006	2636	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7522-1.7762	0.1956	137	0.1964	2677	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7762-1.8016	0.2199	139	0.1922	2684	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8016-1.8285	0.2301	133	0.1897	2699	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8285-1.857	0.2279	168	0.1916	2661	X-RAY DIFFRACTION	95
1.857-1.8875	0.2323	147	0.1833	2704	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8875-1.92	0.1685	144	0.1667	2716	X-RAY DIFFRACTION	95
1.92-1.9549	0.1974	123	0.1568	2757	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9549-1.9925	0.2002	141	0.1511	2674	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9925-2.0332	0.1797	139	0.1517	2757	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0332-2.0774	0.1769	133	0.1435	2717	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0774-2.1257	0.1679	141	0.1429	2735	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1257-2.1788	0.1814	125	0.1383	2756	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1788-2.2377	0.1646	122	0.1414	2761	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2377-2.3035	0.1856	154	0.143	2728	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3035-2.3778	0.1545	139	0.1355	2746	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3778-2.4628	0.1772	138	0.1364	2763	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4628-2.5613	0.1641	145	0.1415	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5613-2.6778	0.1743	141	0.1477	2781	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6778-2.8189	0.1651	150	0.1464	2757	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8189-2.9954	0.1974	152	0.1529	2781	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9954-3.2264	0.1965	116	0.1525	2802	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2264-3.5506	0.169	159	0.1548	2766	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5506-4.0632	0.1577	157	0.138	2739	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0632-5.1149	0.1405	148	0.1304	2699	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1149-29.4775	0.1836	145	0.1797	2703	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.327	-0.7998	0.4925	1.4976	-0.1557	1.0333	-0.0833	-0.0851	0.1241	0.1352	0.0405	0.175	-0.082	-0.1011	0.0377	0.0388	0.0096	0.0061	0.0292	-0.0022	0.1459	26.2606	7.9036	-16.7731
2	2.1779	1.1588	1.1595	0.8075	0.727	1.5745	-0.0857	0.3547	-0.0995	-0.1933	0.1008	-0.0076	-0.0701	0.1278	-0.0029	0.0749	-0.0316	0.0222	0.1368	0.0186	0.0755	29.4324	-7.0781	-40.2037
3	0.3994	-0.8038	0.4516	2.7107	-0.6441	0.8291	0.0391	0.093	-0.1716	-0.2451	0.0244	0.0584	0.1937	0.0381	-0.0616	0.0829	0.0146	-0.0111	0.0575	-0.0075	0.0852	34.5557	-22.105	-26.397
4	0.593	0.5008	0.7458	3.1974	1.4677	1.7302	-0.0807	-0.1257	-0.0293	0.1391	-0.0403	0.1599	0.0354	-0.0612	0.0955	0.0655	0.0307	0.039	0.0635	-0.0049	0.0699	40.7543	-24.0126	-4.8761
5	0.3026	-0.4555	0.0566	1.022	-0.4621	0.4996	-0.0217	-0.0249	0.0183	0.0389	-0.0088	0.0033	0.0294	0.055	0.0184	0.0331	0.0317	0.0051	0.0273	-0.0197	0.0994	42.1736	-17.0045	-15.4541
6	2.1171	-1.6305	0.0457	4.0373	-0.1889	0.9207	0.0456	0.2072	-0.2437	-0.2757	-0.0493	0.0969	0.2231	0.1004	0.0076	0.07	0.0285	0.0135	0.0504	-0.0188	0.0753	35.0844	-17.3882	-29.6525
7	0.685	0.0638	0.4099	0.6668	0.0584	1.0903	-0.0269	-0.1172	0.1127	0.1642	0.0428	0.0224	-0.1015	-0.0492	-0.0248	0.0574	0.0115	0.0068	0.0486	-0.0138	0.0755	36.0319	2.5401	-5.0985
8	0.7946	0.5698	0.4369	0.8453	0.328	0.7544	-0.096	0.136	0.1467	-0.1645	0.0705	0.0099	-0.1033	0.0302	-0.0102	0.0459	-0.0065	-0.0147	0.0916	0.0533	0.1024	16.0813	-5.277	-36.4073
9	0.4281	0.8006	-0.5617	1.6669	-1.2214	1.9226	0.1139	-0.2519	-0.0054	0.2254	-0.1638	-0.0735	-0.0362	0.0582	0.0574	0.0851	-0.0298	-0.0117	0.1064	0.0036	0.0818	10.6867	-16.7461	-16.5502
10	0.4303	0.4798	-0.4277	1.3592	-0.4765	0.6516	-0.0099	0.0102	-0.024	0.0435	-0.0287	-0.0374	0.0697	0.0885	0.016	0.0281	0.0003	-0.0079	0.0669	0.0052	0.0326	4.257	-30.7326	-24.1605
11	2.7873	1.1773	-1.7278	2.2558	-1.3805	2.8529	0.1311	-0.3506	0.1698	0.3949	-0.0584	0.1586	-0.1868	0.1357	-0.0508	0.0576	-0.0069	0.0159	0.0919	0.0088	0.0713	10.2937	-11.0156	-20.2437
12	0.5726	0.6887	0.3379	1.1432	0.1114	0.616	-0.1479	0.2489	-0.0184	-0.3951	0.1501	-0.0974	0.0918	0.0621	-0.0234	0.1132	-0.0313	-0.0089	0.1401	0.0045	0.0101	8.8928	-27.1879	-47.6635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 34:68)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 69:105)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 106:137)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 138:215)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 216:291)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 292:325)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 326:459)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 34:105)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 106:137)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 138:291)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 292:325)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 326:459)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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