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- PDB-6gxx: Fab fragment of an antibody selective for alpha-1-antitrypsin in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gxx
タイトルFab fragment of an antibody selective for alpha-1-antitrypsin in the native conformation
要素
  • FAB 1D9 heavy chain
  • FAB 1D9 light chain
キーワードPROTEIN BINDING / Antibody fragment / Antitrypsin binding / Diagnostic / Monoclonal / conformationally-selective
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Elliston, E.L.K. / Miranda, E. / Perez, J. / Lomas, D.A. / Irving, J.A.
資金援助 英国, 米国, 5件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N024842/1 英国
Wellcome TrustWellcome Trust 4-year PhD Interdisciplinary Programme in Structural, Computational and Chemical Biology 英国
Other privateAlpha-1 Foundation project grant to James Irving 米国
Other privateAlpha-1 Foundation pilot grant to Elena Miranda 米国
Other governmentUCLH/NIHR Biomedical Research Centre 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterisation of a monoclonal antibody conformationally-selective for native alpha-1-antitrypsin
著者: Elliston, E.L.K. / Miranda, E. / Perez, J. / Irving, J.A. / Lomas, D.A.
履歴
登録2018年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB 1D9 heavy chain
L: FAB 1D9 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0453
ポリマ－48,0202
非ポリマー241
水10,521584
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.103, 85.257, 89.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-586-

HOH

21L-492-

HOH

31L-510-

HOH

41L-569-

HOH

51L-687-

HOH

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要素

#1: 抗体 FAB 1D9 heavy chain


分子量: 24161.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 器官: Spleen / Variant: BALB/c
#2: 抗体 FAB 1D9 light chain


分子量: 23859.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 器官: Spleen / Variant: BALB/c
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 % / 解説: Tabular
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Hepes, 0.05M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月11日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→29.81 Å / Num. obs: 34148 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 19.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.85-1.8911.7421160.9350.2270.78398.1
9.08-29.8110.531.93560.9990.020.06997.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDS20171218データ削減
Aimlessv0.6.2データスケーリング
PHASERv2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1mf2

1mf2


解像度: 1.85→27.08 Å / SU ML: 0.2351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4849
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 1718 5.05 %Random
Rwork0.186 ---
obs0.1878 34004 94.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3246 0 1 584 3831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63734649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8671203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.910.3751540.30062737X-RAY DIFFRACTION98.17
1.91-1.970.3027850.23871758X-RAY DIFFRACTION63.31
1.97-2.040.24031590.20062798X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.120.26981590.19572784X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.220.23291590.19672799X-RAY DIFFRACTION99.7
2.22-2.330.27831110.24532226X-RAY DIFFRACTION78.63
2.33-2.480.24661510.19552811X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.670.25111530.19142821X-RAY DIFFRACTION99.97
2.67-2.940.21971370.18482869X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.360.2061460.16782870X-RAY DIFFRACTION100
3.36-4.240.16691470.16062779X-RAY DIFFRACTION96.19
4.24-27.090.1971570.16673034X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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