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- PDB-6gci: Structure of the bongkrekic acid-inhibited mitochondrial ADP/ATP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gci
タイトルStructure of the bongkrekic acid-inhibited mitochondrial ADP/ATP carrier
要素
  • Nanobody
  • mitochondrial ADP/ATP carrier
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transporter / Inhibitor / Mitochondrial / Carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial ADP transmembrane transport / ATP:ADP antiporter activity / mitochondrial ATP transmembrane transport / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
ADP/ATP carrier protein, eukaryotic type / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Bongkrekic acid / CARDIOLIPIN / ADP/ATP translocase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophila
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ruprecht, J.J. / King, M.S. / Pardon, E. / Aleksandrova, A.A. / Zogg, T. / Crichton, P.G. / Steyaert, J. / Kunji, E.R.S.
資金援助 英国, ベルギー, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_00015/1 英国
European UnionInstruct-ERIC/ESFRI ベルギー
Other governmentResearch Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: The Molecular Mechanism of Transport by the Mitochondrial ADP/ATP Carrier.
著者: Ruprecht, J.J. / King, M.S. / Zogg, T. / Aleksandrova, A.A. / Pardon, E. / Crichton, P.G. / Steyaert, J. / Kunji, E.R.S.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mitochondrial ADP/ATP carrier
B: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6549
ポリマ－48,5642
非ポリマー8,0897
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.650, 75.650, 295.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

P6G

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要素

#1: タンパク質 mitochondrial ADP/ATP carrier


分子量: 34042.578 Da / 分子数: 1 / 変異: Q302K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence has Q302K mutation
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2316753 / プラスミド: pYES3 / 詳細 (発現宿主): modified / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): WB12 / 参照: UniProt: G2QNH0
#2: 抗体 Nanobody


分子量: 14521.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Nanobody selected against the BKA-inhibited ADP/ATP carrier
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 化合物 ChemComp-BKC / Bongkrekic acid / Bongkrek acid


分子量: 486.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H38O7 / コメント: 毒素*YM
#4: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.53 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 1% 3-methyl-3-pentanol, 22% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→29.35 Å / Num. obs: 13204 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 111.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.43 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 659 / % possible all: 40.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IMK, 4C9H

5imk

4c9h


解像度: 3.3→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.484 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.487
詳細: (A) Crystal diffracted anisotropically, and data was treated with STARANISO. (B) Fourier map coefficients have been deposited along with the observed data. (C) A PEG molecule lies on a ...詳細: (A) Crystal diffracted anisotropically, and data was treated with STARANISO. (B) Fourier map coefficients have been deposited along with the observed data. (C) A PEG molecule lies on a symmetry axis (special position) and has been modelled with occupancy=0.5. (D) Some cardiolipins molecules have been modelled with partial occupancy, as described in the accompanying paper. (E) Met250-Ser252 and Lys257 lie in very weak electron density. Their position is supported by good electron density obtained from an earlier crystal. (F) There are unmodelled bits of electron density near the N-terminus of the carrier, which are likely to be lipid headgroups/tails. (G) Additional electron density at the C-terminus of the carrier indicates where the C-terminal tail is likely to run, but it is not possible to model this accurately. (H) The structure factor file contains a second data block containing the structure factors from a crystal of BKA-inhibited TtAac grown without the nanobody. This P212121 crystal diffracted to lower resolution and with significant anisotropy, but was used to confirm the domain positions observed in the P3221 crystal of the TtAac-Nb complex. Full details can be found in the primary citation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 628 4.76 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.253 13203 85.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 111.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2107 Å20 Å20 Å2
2--3.2107 Å20 Å2
3----6.4213 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3064 0 182 0 3246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083303HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.874454HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1501SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes561HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3303HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion414SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance19HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3898SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.57 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3013 -4.88 %
Rwork0.2502 1326 -
all0.2526 1394 -
obs--44.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.26051.995-0.06313.84140.27824.5032-0.17760.12510.0523-0.11590.0112-0.0320.2613-0.05220.16640.0992-0.1450.11790.1339-0.09740.0745-20.600529.8784-8.8988
26.65191.8189-2.85375.66222.38716.07780.3457-0.02880.5294-0.0425-0.2184-0.3114-0.13382.1173-0.1273-0.7065-0.28160.05-0.01370.2533-0.947-5.15734.9255-50.1961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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