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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c9h | ||||||
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タイトル | Structure of yeast mitochondrial ADP/ATP carrier isoform 2 inhibited by carboxyatractyloside (P212121 crystal form) | ||||||
要素 | ADP, ATP CARRIER PROTEIN 2アデノシン二リン酸 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MITOCHONDRIAL CARRIER / ADP/ATP CARRIER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / ATP:ADP antiporter activity / ADP transport / mitochondrial ADP transmembrane transport / ATP transport / Mitochondrial protein import / mitochondrial ATP transmembrane transport / heme transport / 嫌気呼吸 / mitochondrial transport ...Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / ATP:ADP antiporter activity / ADP transport / mitochondrial ADP transmembrane transport / ATP transport / Mitochondrial protein import / mitochondrial ATP transmembrane transport / heme transport / 嫌気呼吸 / mitochondrial transport / 細胞呼吸 / transmembrane transport / ミトコンドリア内膜 / apoptotic process / ミトコンドリア / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ruprecht, J.J. / Hellawell, A.M. / Harding, M. / Crichton, P.G. / McCoy, A.J. / Kunji, E.R.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Structures of Yeast Mitochondrial Adp/ATP Carriers Support a Domain-Based Alternating-Access Transport Mechanism 著者: Ruprecht, J.J. / Hellawell, A.M. / Harding, M. / Crichton, P.G. / Mccoy, A.J. / Kunji, E.R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c9h.cif.gz | 128.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4c9h.ent.gz | 96.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c9h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9944, -0.1053, 0.0018), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34468.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PYES3 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): WB12 / 参照: UniProt: P18239 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CDL / #4: 化合物 | ChemComp-CM5 / | 非ポリマーの詳細 | CARDIOLIPI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.1M TRIS PH 8.5, 10MM SODIUM CITRATE, 50MM AMMONIUM SULFATE, 8% T-BUTANOL, 23.5% PEG600. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→19.84 Å / Num. obs: 11939 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.46 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4C9G 解像度: 3.2→19.839 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.839 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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