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- PDB-6gau: Extremely 'open' clamp structure of DNA gyrase: role of the Coryn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gau
タイトルExtremely 'open' clamp structure of DNA gyrase: role of the Corynebacteriales GyrB specific insert
要素DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis topoisomerase DNA gyrase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Petrella, S. / Capton, E. / Alzari, P.M. / Aubry, A. / Mayer, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Overall Structures of Mycobacterium tuberculosis DNA Gyrase Reveal the Role of a Corynebacteriales GyrB-Specific Insert in ATPase Activity.
著者: Petrella, S. / Capton, E. / Raynal, B. / Giffard, C. / Thureau, A. / Bonnete, F. / Alzari, P.M. / Aubry, A. / Mayer, C.
履歴
登録2018年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,9606
ポリマ－260,8992
非ポリマー1,0614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area89620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.523, 96.782, 105.791
Angle α, β, γ (deg.)75.640, 64.440, 65.800
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A / Type IIA topoisomerase subunit GyrA


分子量: 130449.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: gyrB, gyrA, Rv0006, MTCY10H4.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6N7X0, UniProt: P9WG47, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Sodium Acetate 100 mM MES pH 6.5 26% PEG 400 25% EG 10 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.35 Å / Num. obs: 44305 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.99 % / Biso Wilson estimate: 86.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Net I/σ(I): 7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IFZ, 3IG0, 3ZKB

3ifz

3ig0

3zkb


解像度: 3.3→48.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.485
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2235 5.05 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.177 44284 98.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 225.03 Å2 / Biso mean: 100 Å2 / Biso min: 28.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8116 Å29.8608 Å20.0306 Å2
2---1.1871 Å217.1963 Å2
3---0.3755 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16808 0 64 0 16872
Biso mean--148.27 --
残基数----2156
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6148SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes470HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2521HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17141HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2264SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19682SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17141HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg23203HARMONIC21.22
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.5
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3086 142 5 %
Rwork0.2469 2696 -
all0.2499 2838 -
obs--85.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65910.13650.30341.13690.33971.41830.09010.2203-0.187-0.2678-0.1177-0.03780.3613-0.16680.0276-0.1977-0.0421-0.0149-0.2378-0.0344-0.0974-44.2611130.2855210.5377
20.6262-0.0496-0.06780.91950.35721.2614-0.0704-0.22540.22860.1133-0.09150.0274-0.1733-0.29480.1619-0.31720.0299-0.1074-0.1933-0.0756-0.0421-44.6575169.1342248.69
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }0
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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