PDB-6g9p: Structural basis for the inhibition of E. coli PBP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g9p

タイトル

Structural basis for the inhibition of E. coli PBP2

要素

Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / penicillin binding protein / HYDROLASE-ANTIBIOTIC COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Ruff, M. / Levy, N.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for E. coli Penicillin Binding Protein (PBP) 2 Inhibition, a Platform for Drug Design.
著者: Levy, N. / Bruneau, J.M. / Le Rouzic, E. / Bonnard, D. / Le Strat, F. / Caravano, A. / Chevreuil, F. / Barbion, J. / Chasset, S. / Ledoussal, B. / Moreau, F. / Ruff, M.

履歴

登録	2018年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g9p.cif.gz	130.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g9p.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/6g9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g9/6g9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g9fC 6g9sSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2jg5-d 6g9s-d 1oph-d 4wej-d 6hr9-d 3zwk-d 6hzr-d 6hr4-d 3eqr-1 6y6u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.190, 182.064, 75.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-702- HOH
2	1	A-705- HOH
3	1	A-839- HOH
4	1	A-912- HOH
5	1	A-1049- HOH

#1: タンパク質	Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2 分子量: 65075.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: PBP2 Eco Apo (50-637) from limited proteolysis by Endoproteinase GluC 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mrdA, pbpA, b0635, JW0630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P0AD65, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2

分子量: 65075.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PBP2 Eco Apo (50-637) from limited proteolysis by Endoproteinase GluC
由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mrdA, pbpA, b0635, JW0630 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P0AD65, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TrisBase / Bicine pH 8,5 ; 0.1 M Carboxylic acids mix (0.02 M Sodium formate ; 0.02 M Ammonium acetate ; 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate ; 0.02 M Sodium potassium tartrate ...詳細: 0.1 M TrisBase / Bicine pH 8,5 ; 0.1 M Carboxylic acids mix (0.02 M Sodium formate ; 0.02 M Ammonium acetate ; 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate ; 0.02 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate ; 0.02 M Sodium oxamate) ; 24 % Glycerol ; 12 % PEG 4000

結晶

マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.72 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TrisBase / Bicine pH 8,5 ; 0.1 M Carboxylic acids mix (0.02 M Sodium formate ; 0.02 M Ammonium acetate ; 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate ; 0.02 M Sodium potassium tartrate ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.52 Å / Num. obs: 50209 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.92
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 4904 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G9S

6g9s

解像度: 2.101→45.516 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	3728	3.97 %
R_work	0.1993	-	-
obs	0.2008	49696	96.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→45.516 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4254	0	0	359	4613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	5927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.138	2603
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	770

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1006-2.1272	0.4012	84	0.4173	1912	X-RAY DIFFRACTION	55
2.1272-2.1551	0.4528	115	0.3785	3110	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1551-2.1847	0.4429	135	0.3646	3125	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1847-2.2159	0.3764	129	0.36	3292	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2159-2.249	0.3574	139	0.3299	3302	X-RAY DIFFRACTION	96
2.249-2.2841	0.32	137	0.3366	3335	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2841-2.3215	0.3648	135	0.3223	3360	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3215-2.3616	0.3316	144	0.3155	3451	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3616-2.4045	0.3574	136	0.2935	3362	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4045-2.4508	0.2913	139	0.2764	3457	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4508-2.5008	0.279	140	0.2714	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5008-2.5551	0.349	146	0.27	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5551-2.6146	0.2948	145	0.2662	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6146-2.68	0.2903	144	0.2504	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.7524	0.3403	139	0.243	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7524-2.8334	0.2462	145	0.2409	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8334-2.9248	0.2678	146	0.2229	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9248-3.0293	0.2998	144	0.2154	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0293-3.1506	0.2642	145	0.2113	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1506-3.294	0.2767	141	0.1944	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.294-3.4676	0.1948	140	0.1816	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4676-3.6847	0.2161	150	0.1633	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6847-3.9691	0.2092	142	0.1483	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9691-4.3682	0.1401	141	0.1336	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3682-4.9996	0.1652	143	0.1274	3384	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9996-6.2963	0.194	142	0.1624	3403	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2963-45.5267	0.1875	142	0.1716	3412	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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