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- PDB-6g9s: Structural basis for the inhibition of E. coli PBP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9s
タイトルStructural basis for the inhibition of E. coli PBP2
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / penicillin binding protein / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2 / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Penicillin-binding protein 2 / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ET5 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Ruff, M. / Levy, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for E. coli Penicillin Binding Protein (PBP) 2 Inhibition, a Platform for Drug Design.
著者: Levy, N. / Bruneau, J.M. / Le Rouzic, E. / Bonnard, D. / Le Strat, F. / Caravano, A. / Chevreuil, F. / Barbion, J. / Chasset, S. / Ledoussal, B. / Moreau, F. / Ruff, M.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4102
ポリマ－65,0761
非ポリマー3341
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.303, 182.806, 75.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-963-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2


分子量: 65075.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Serine 330 covalently modified with ligand / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mrdA, pbpA, b0635, JW0630 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P0AD65, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ET5 / (3~{R},6~{S})-6-(aminomethyl)-4-(1,3-oxazol-5-yl)-3-(sulfooxyamino)-3,6-dihydro-2~{H}-pyridine-1-carboxylic acid


分子量: 334.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TrisBase / Bicine pH 8,5 ; 0.1 M Carboxylic acids mix (0.02 M Sodium formate ; 0.02 M Ammonium acetate ; 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate ; 0.02 M Sodium potassium tartrate ...詳細: 0.1 M TrisBase / Bicine pH 8,5 ; 0.1 M Carboxylic acids mix (0.02 M Sodium formate ; 0.02 M Ammonium acetate ; 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate ; 0.02 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate ; 0.02 M Sodium oxamate) ; 24 % Glycerol ; 12 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.7 Å / Num. obs: 59191 / % possible obs: 92.84 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.05733 / Rrim(I) all: 0.1985 / Net I/σ(I): 8.32
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 3.254 / Num. unique obs: 4729 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 1.054 / Rrim(I) all: 3.424 / % possible all: 80.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ensemble of models was used: 5e31, 5dvy, 1vqq, 3ocl, 4ool, 4wek, 4wej, 4mnr, 1xkw

5e31

5dvy

1vqq

3ocl

4ool

4wek

4wej

4mnr

1xkw


解像度: 2.001→44.405 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1860 3.38 %
Rwork0.2159 --
obs0.2173 55067 92.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→44.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4275 0 0 364 4639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9445961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1342618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0009-2.0550.47931180.46283479X-RAY DIFFRACTION79
2.055-2.11550.44211210.41653662X-RAY DIFFRACTION84
2.1155-2.18380.41671290.38433752X-RAY DIFFRACTION86
2.1838-2.26180.37281360.33934011X-RAY DIFFRACTION91
2.2618-2.35240.38731390.31693990X-RAY DIFFRACTION91
2.3524-2.45940.32541450.28573984X-RAY DIFFRACTION91
2.4594-2.58910.30341480.25864100X-RAY DIFFRACTION94
2.5891-2.75130.32291500.23814178X-RAY DIFFRACTION95
2.7513-2.96370.27941480.21344264X-RAY DIFFRACTION97
2.9637-3.26180.25641520.20844321X-RAY DIFFRACTION98
3.2618-3.73360.22261560.18264401X-RAY DIFFRACTION99
3.7336-4.70310.21461550.14094438X-RAY DIFFRACTION99
4.7031-44.41590.16161630.15224627X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.2097 Å / Origin y: 55.0645 Å / Origin z: 38.9349 Å
111213212223313233
T0.1922 Å2-0.0501 Å2-0.0185 Å2-0.19 Å20.0112 Å2--0.1258 Å2
L1.0753 °20.8641 °20.1593 °2-1.1735 °20.0056 °2---0.0022 °2
S-0.0057 Å °0.0202 Å °0.0222 Å °-0.0116 Å °0.0105 Å °-0.0029 Å °0.0404 Å °-0.0255 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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