PDB-6g6h: Crystal structure of an antiparallel five-helix coiled coil 5H2L_...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g6h

タイトル

Crystal structure of an antiparallel five-helix coiled coil 5H2L_2.1-I9L

要素

5H2L_2.1-I9L

キーワード

DE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / AB_INITIO / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2018年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g6h.cif.gz	85.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g6h.ent.gz	67.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g6h_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g6h_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	6g6h_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	6g6h_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g65C 6g66C 6g67C 6g68C 6g69C 6g6aC 6g6bC 6g6cC 6g6dC 6g6eC 6g6fC 6g6gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uot-d 5af4-3 6j02-d 2ly0-d 7k3g-d 6yb0-1 3ox6-4 6flk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5H2L_2.1-I9L

B: 5H2L_2.1-I9L

C: 5H2L_2.1-I9L

D: 5H2L_2.1-I9L

E: 5H2L_2.1-I9L

20.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, At the time of publication, solution-phase data indicated a tetrameric species in solution.

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.290, 65.320, 83.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	5H2L_2.1-I9L 分子量: 4134.103 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.54 % / Mosaicity: 0.27 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 mM Potassium phosphate monobasic , 8% w/v PEG 8000 and 10% w/v Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→65.32 Å / Num. obs: 21295 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 219288 / Scaling rejects: 27

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.73	9.9	1.363	1091	0.741	0.471	1.444	98.7
9-65.32	9.4	0.041	188	0.998	0.013	0.043	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: AB_INITIO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
Arcimboldo	4.0.0	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.7→51.417 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2301	1025	4.83 %
R_work	0.1834	-	-
obs	0.1857	21205	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.7 Å² / B_iso mean: 27.2098 Å² / B_iso min: 11.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→51.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1444	0	0	131	1575
B_iso mean	-	-	-	41.63	-
残基数	-	-	-	-	174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.747	1968
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.207	1020

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7896	0.2589	132	0.2056	2797	2929	98
1.7896-1.9018	0.2254	138	0.204	2829	2967	99
1.9018-2.0486	0.2479	155	0.1903	2835	2990	100
2.0486-2.2548	0.2626	160	0.1805	2847	3007	100
2.2548-2.581	0.2321	128	0.182	2894	3022	100
2.581-3.2517	0.2141	152	0.1915	2913	3065	100
3.2517-51.4409	0.2216	160	0.1736	3065	3225	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7895	0.2412	0.1276	0.4768	0.5751	0.6754	0.1237	-0.1839	0.1987	0.5056	-0.1552	0.0702	-0.4448	-0.1049	0.1071	0.1954	-0.0469	-0.013	0.1567	-0.0352	0.1298	-0.0542	-0.9083	14.6436
2	0.5387	0.2372	0.3658	0.9426	0.7901	0.614	0.1547	-0.1118	0.3608	0.1024	-0.1764	0.6831	-0.314	-0.2247	-0.2495	0.1015	-0.0156	0.0591	0.2037	-0.0427	0.2134	-7.7512	-3.1196	9.734
3	0.4033	-0.1254	-0.0341	0.9246	0.501	0.4484	-0.0261	0.109	0.0641	-0.234	0.0052	0.1754	0.212	-0.3032	-0.0316	0.1269	-0.0362	0.0025	0.154	-0.0198	0.15	-5.6233	-10.1154	2.9982
4	0.4462	0.2716	0.6371	0.1517	0.3157	0.7026	-0.1124	-0.0763	-0.137	-0.5008	-0.1152	-0.2804	0.4632	0.1828	0.2072	0.1329	0.0308	0.0589	0.1374	0.0313	0.1634	3.6154	-12.3687	4.3719
5	0.1674	0.0654	0.2695	0.3313	0.5505	0.7847	0.0917	-0.1374	-0.0271	0.2249	-0.3167	-0.435	-0.024	0.4049	-0.0087	0.1182	-0.007	-0.0307	0.2111	0.0687	0.2118	7.288	-7.0782	11.9976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 33 )	A	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 33 )	B	1 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 33 )	C	1 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 33 )	D	1 - 33
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 33 )	E	1 - 33

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)