PDB-6g66: Crystal structure of a parallel seven-helix coiled coil CC-Type2-IV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g66

タイトル

Crystal structure of a parallel seven-helix coiled coil CC-Type2-IV

要素

CC-Type2-IV

キーワード

DE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies.
著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2018年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g66.cif.gz	93.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g66.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g66_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g66_full_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示
XML形式データ	6g66_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	6g66_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g65C 6g67C 6g68C 6g69C 6g6aC 6g6bC 6g6cC 6g6dC 6g6eC 6g6fC 6g6gC 6g6hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eza-d 6g69-1 5ezc-d 4pna-d 7baw-d 2hy6-d 6g65-2 4kvt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-IV

B: CC-Type2-IV

C: CC-Type2-IV

D: CC-Type2-IV

E: CC-Type2-IV

F: CC-Type2-IV

G: CC-Type2-IV

ヘテロ分子

22.4 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.240, 48.350, 130.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-138- HOH
2	1	E-122- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	0 - 30
2	1	1	chain B	B	0 - 30
3	1	1	chain C	C	0 - 31
4	1	1	chain D	D	0 - 31
5	1	1	chain E	E	0 - 30
6	1	1	chain F	F	0 - 30
7	1	1	chain G	G	0 - 30

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-IV 分子量: 3178.763 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.46 % / Mosaicity: 1.1 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50 mM HEPES and 8% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→48.34 Å / Num. obs: 35569 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.04 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.226 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.238 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.58	10.7	1.42	1721	0.775	0.447	1.492	98.1
8.49-48.34	10.2	0.205	282	0.977	0.067	0.216	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.55 Å	45.31 Å
Translation	5.57 Å	45.31 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		データ削減
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→45.318 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	1661	5.14 %
R_work	0.2036	-	-
obs	0.2053	32335	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.19 Å² / B_iso mean: 28.3835 Å² / B_iso min: 12.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→45.318 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1570	0	12	203	1785
B_iso mean	-	-	63.34	42.63	-
残基数	-	-	-	-	219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1671
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	2255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	274
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.147	641

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	856	X-RAY DIFFRACTION	6.593	TORSIONAL
1	2	B	856	X-RAY DIFFRACTION	6.593	TORSIONAL
1	3	C	856	X-RAY DIFFRACTION	6.593	TORSIONAL
1	4	D	856	X-RAY DIFFRACTION	6.593	TORSIONAL
1	5	E	856	X-RAY DIFFRACTION	6.593	TORSIONAL
1	6	F	856	X-RAY DIFFRACTION	6.593	TORSIONAL
1	7	G	856	X-RAY DIFFRACTION	6.593	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6471	0.2662	145	0.2185	2450	2595	98
1.6471-1.7002	0.2789	132	0.2239	2494	2626	98
1.7002-1.761	0.2177	150	0.2119	2499	2649	98
1.761-1.8315	0.2511	145	0.2079	2483	2628	98
1.8315-1.9149	0.2536	149	0.189	2517	2666	99
1.9149-2.0158	0.2845	134	0.2236	2547	2681	99
2.0158-2.1421	0.2689	139	0.1965	2539	2678	99
2.1421-2.3075	0.2275	141	0.1812	2564	2705	99
2.3075-2.5397	0.2346	122	0.1826	2584	2706	99
2.5397-2.9072	0.2112	134	0.1908	2594	2728	100
2.9072-3.6625	0.2272	133	0.201	2643	2776	100
3.6625-45.3357	0.2536	137	0.2242	2760	2897	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1623	-0.2833	0.1968	1.1	-1.3981	2.6835	-0.1163	-0.0844	0.1466	0.2673	0.051	-0.0598	-1.2803	0.0242	0.1908	0.2229	-0.0105	-0.044	0.1236	-0.0383	0.2534	8.2568	32.8995	23.9661
2	1.1172	0.0356	-0.716	1.1219	-0.7204	2.4047	-0.0764	-0.0141	-0.1653	0.0623	-0.0278	-0.0475	1.0043	-0.2875	0.1479	0.2064	-0.0396	-0.0028	0.1158	0.0242	0.2233	6.3774	12.7131	22.8919
3	0.8942	-0.1539	-0.0226	1.0025	-0.2578	6.0513	-0.0713	-0.0405	0.0898	0.2353	-0.0259	-0.1735	-0.7605	0.6198	0.1021	0.1863	-0.0779	-0.0598	0.1733	0.0196	0.2188	16.401	30.4453	22.7899
4	0.9827	-0.0817	0.516	1.556	-2.0725	3.4267	0.1225	0.0455	-0.0795	0.0592	-0.0669	-0.1271	-0.0097	1.1283	-0.0621	0.1446	0.0052	-0.0406	0.2625	0.0226	0.2701	19.5745	21.6781	23.2064
5	1.2073	0.1379	0.1861	1.6969	-0.9955	7.0624	0.0535	-0.114	-0.1746	0.0272	0.0055	-0.1754	0.8648	0.6335	0.0142	0.1653	0.0572	-0.0361	0.1394	0.0212	0.2412	15.0955	14.0849	23.2319
6	0.9041	0.0757	-0.7928	1.6575	0.0993	2.1525	0.1126	-0.0432	0.0663	0.2491	0.0639	0.034	-0.3285	-0.3328	-0.1103	0.1604	0.0124	0.011	0.1788	-0.0348	0.2108	0.616	27.8379	24.1016
7	1.4014	0.2245	-0.1517	1.1859	0.5741	2.2548	0.0787	-0.0651	-0.0042	0.125	-0.0192	0.0403	0.2556	-0.7902	-0.0322	0.135	-0.0261	-0.0137	0.1985	0.0153	0.2093	-0.1174	19.0214	22.4196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )	A	1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 1 through 30 )	D	1 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'G' and (resid 1 through 30 )	G	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 1 through 30 )	F	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 1 through 30 )	E	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 30 )	B	1 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 30 )	C	1 - 30

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