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- PDB-6g2s: Crystal structure of FimH in complex with a pentaflourinated biph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g2s
タイトルCrystal structure of FimH in complex with a pentaflourinated biphenyl alpha D-mannoside
要素Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
キーワードCELL ADHESION / TYPE I PILUS / CATCH-BOND / LECTIN / UPEC / INFECTION / MANNOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EJN / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Schoenemann, W. / Cramer, J. / Muehlethaler, T. / Daetwyler, P. / Zihlmann, P. / Fiege, B. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Rabbani, S. ...Jakob, R.P. / Schoenemann, W. / Cramer, J. / Muehlethaler, T. / Daetwyler, P. / Zihlmann, P. / Fiege, B. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Rabbani, S. / Eris, D. / Schwardt, O. / Maier, T. / Ernst, B.
引用ジャーナル: Chemmedchem / : 2019
タイトル: Improvement of Aglycone pi-Stacking Yields Nanomolar to Sub-nanomolar FimH Antagonists.
著者: Schonemann, W. / Cramer, J. / Muhlethaler, T. / Fiege, B. / Silbermann, M. / Rabbani, S. / Datwyler, P. / Zihlmann, P. / Jakob, R.P. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Schwardt, O. / Maier, T. / Ernst, B.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
E: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
F: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
G: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
H: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
I: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,91727
ポリマ-152,2519
非ポリマー4,66518
9,260514
1
A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4353
ポリマ-16,9171
非ポリマー5182
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5314
ポリマ-16,9171
非ポリマー6143
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4353
ポリマ-16,9171
非ポリマー5182
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5314
ポリマ-16,9171
非ポリマー6143
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4353
ポリマ-16,9171
非ポリマー5182
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4353
ポリマ-16,9171
非ポリマー5182
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4353
ポリマ-16,9171
非ポリマー5182
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3392
ポリマ-16,9171
非ポリマー4221
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3392
ポリマ-16,9171
非ポリマー4221
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.010, 86.010, 203.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Protein FimH


分子量: 16916.828 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
: K12 / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#2: 化合物
ChemComp-EJN / (2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-6-[4-[2,3,4,5,6-pentakis(fluoranyl)phenyl]phenoxy]oxane-3,4,5-triol


分子量: 422.300 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C18H15F5O6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BisTrisPropane, propionic acid, cacodylate (PCPT buffer) pH 8.0, 0.1 M (NH4)2SO4 and 25 % PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.87287 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.87287 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.005 Å / Num. obs: 85263 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10512 / CC1/2: 0.434 / Rrim(I) all: 1.149 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc1_2801: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X50
解像度: 2.2→43.005 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.65 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 2641 3.1 %
Rwork0.1972 --
obs0.1979 85263 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10764 0 306 515 11585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71215660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7726624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.27111540.27694248X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.28310.28941340.2474405X-RAY DIFFRACTION100
2.2831-2.32970.29471200.23224412X-RAY DIFFRACTION100
2.3297-2.38040.23971380.22254318X-RAY DIFFRACTION100
2.3804-2.43580.2151190.20024352X-RAY DIFFRACTION100
2.4358-2.49670.24761420.20554319X-RAY DIFFRACTION100
2.4967-2.56420.22991480.20314385X-RAY DIFFRACTION100
2.5642-2.63960.22911470.20544310X-RAY DIFFRACTION100
2.6396-2.72480.24081620.20444335X-RAY DIFFRACTION100
2.7248-2.82220.21131460.21024336X-RAY DIFFRACTION100
2.8222-2.93510.22651190.20394394X-RAY DIFFRACTION100
2.9351-3.06870.24031380.20014386X-RAY DIFFRACTION100
3.0687-3.23040.21381430.18984311X-RAY DIFFRACTION100
3.2304-3.43270.21891340.19634375X-RAY DIFFRACTION100
3.4327-3.69760.20421530.18854305X-RAY DIFFRACTION100
3.6976-4.06950.19711390.1824392X-RAY DIFFRACTION100
4.0695-4.65770.19811340.17114314X-RAY DIFFRACTION100
4.6577-5.86590.20671330.16964377X-RAY DIFFRACTION100
5.8659-43.01320.25021380.22534349X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04560.10440.02110.1910.14320.17340.1064-0.160.1048-0.0898-0.09070.0860.04180.216-0.00010.20720.0108-0.00650.19280.0260.189945.7065-20.48147.7863
21.0240.14530.04070.1804-0.11330.8823-0.0932-0.01090.0297-0.08070.09830.03120.0205-0.03750.00010.2155-0.0098-0.00240.20570.00580.203639.362-16.12112.2279
30.5470.2740.40650.3110.31230.2635-0.09660.03260.0173-0.12880.04020.0328-0.00010.1112-0.00020.2342-0.00430.01110.20190.01030.236244.9853-18.65510.0075
40.61920.5212-0.05390.3029-0.04970.13840.13080.0627-0.0164-0.1345-0.1056-0.156-0.1196-0.113600.21240.0267-0.02360.20280.02240.21261.75714.5542-14.5151
50.66780.17460.05440.76810.02380.62180.0737-0.0171-0.01660.0769-0.0706-0.0676-0.03680.0022-00.2262-0.0091-0.00680.18180.0050.19457.11332.3996-8.1922
60.02890.07690.1309-0.0090.00330.1383-0.09850.0301-0.0676-0.0116-0.02370.00030.1312-0.1964-0.02560.2446-0.0376-0.00840.20330.01980.2417-15.9916-0.585519.99
7-0.03510.0077-0.0419-0.15760.15180.0778-0.04010.0804-0.0914-0.02790.1426-0.0431-0.10950.1235-00.275-0.05410.0140.2687-0.010.238-14.8629-5.96489.1948
80.1099-0.0705-0.00870.0190.01570.0213-0.22010.04950.0182-0.24740.00860.152-0.33310.1719-0.01680.2671-0.0245-0.00320.2057-0.00410.1947-10.01545.67939.1595
90.3267-0.2256-0.27650.3283-0.06860.5115-0.09860.0853-0.0743-0.0110.1971-0.09410.04450.25770.00020.2093-0.03350.01370.207-0.0180.215-6.68670.615712.2116
100.05850.084-0.07830.092-0.06320.04860.0807-0.14660.35850.26460.10310.1189-0.02710.26960.00020.315-0.0430.01760.3067-0.08190.3569-0.78584.136726.3394
110.57840.337-0.13310.57080.2020.2852-0.08750.0415-0.0396-0.03360.09350.0965-0.11290.03940.02130.1506-0.0097-0.00110.13660.0180.1619-13.77674.663416.7575
12-0.0346-0.0267-0.3060.22530.01320.4345-0.03730.0048-0.07530.21450.08110.0388-0.0088-0.037200.2232-0.00780.01690.1818-0.00680.19174.822936.0933-26.0613
13-0.0056-0.0043-0.01790.0178-0.01940.0152-0.2278-0.719-0.48260.51260.0450.39040.3583-0.14-0.00010.4052-0.03510.07670.32880.06680.30231.538928.6698-2.5785
140.0218-0.0052-0.08910.0039-0.03310.041-0.0056-0.1718-0.04720.1715-0.1044-0.34360.10730.1895-0.00010.3664-0.03870.04360.2236-0.00660.23629.121343.6302-16.1628
150.3667-0.23770.21060.69010.19520.43120.04230.0037-0.07020.3130.04660.1357-0.1235-0.16830.00010.29660.00680.05560.15490.01690.21752.962644.2729-19.1013
160.05230.05750.00140.0780.09690.0752-0.0569-0.19740.0710.0420.1879-0.0186-0.0805-0.43740.00020.30750.00010.01940.24860.00460.27243.328550.9219-33.3074
170.07230.252-0.16550.412-0.12690.315-0.00130.0139-0.00830.1532-0.0698-0.0271-0.11320.082-0.02120.21810.0119-0.020.1529-0.01460.13410.068940.0664-23.4378
180.3661-0.0393-0.34780.23590.15690.3361-0.2138-0.12980.1509-0.0810.06660.2252-0.018-0.2037-0.14920.2166-0.0801-0.00990.18460.04570.2737-27.927220.08115.5416
190.4289-0.2182-0.05560.6534-0.47790.3849-0.0420.0176-0.0252-0.16770.10430.056-0.0787-0.009100.1517-0.0288-0.01040.18430.01910.1678-19.300425.761211.5295
200.5408-0.35440.1540.229-0.03190.2363-0.2412-0.1105-0.2542-0.22010.52270.69450.2804-0.34770.16710.3615-0.2009-0.15540.27420.12140.4673-33.240316.56611.3157
210.2766-0.371-0.14710.8671-0.0890.45040.0957-0.1103-0.01880.01720.06740.09670.0646-0.04680.05220.1952-0.02730.00740.19840.05190.2022-20.364418.901713.3735
220.429-0.0798-0.47190.3340.20660.42490.06010.0807-0.1906-0.0164-0.1641-0.28770.0760.2154-0.00030.2754-0.0196-0.0790.1863-0.00220.281130.384435.4867-21.6922
230.23950.32760.22440.2839-0.75020.15830.15030.0176-0.04730.0745-0.11360.0238-0.08540.03140.01290.2753-0.0224-0.01820.156200.178431.187245.0834-17.1917
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260.2335-0.1883-0.15780.11540.03840.27530.2952-0.16450.21310.4436-0.12330.49650.16730.0092-0.00010.3504-0.0584-0.06880.3110.06320.3786-8.158-31.13648.3512
270.09470.019-0.11830.1597-0.03540.0106-0.0556-0.07830.1274-0.2551-0.01890.08850.06-0.014400.3914-0.014-0.06310.33540.0180.38681.1023-25.38220.974
280.0340.0149-0.0195-0.0009-0.02030.0123-0.1243-0.07890.1130.24860.0778-0.11020.1478-0.08470.00010.3044-0.0075-0.05930.28920.04730.376519.0849-14.33813.9855
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350.01380.03630.040.07620.08910.076-0.03870.09170.1546-0.0316-0.00890.248-0.0351-0.389700.3998-0.02570.04530.4971-0.04680.4415-6.404517.4839-37.0295
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380.61030.1835-0.550.5182-0.36560.4451-0.18930.36520.2470.0636-0.04150.04010.14940.2582-0.0120.29140.01120.0120.3262-0.04850.29537.75421.9858-41.2446
390.115-0.1793-0.09580.07010.04810.1382-0.0753-0.29710.12650.07140.149-0.02710.0064-0.2446-0.00010.3559-0.0605-0.00070.40410.05880.4119-38.416217.740924.877
400.1311-0.0179-0.1550.01030.01310.1346-0.3412-0.33470.1236-0.08090.3906-0.18120.3517-0.37690.00010.4001-0.0173-0.03160.45270.07610.469-38.257420.500730.4073
410.0681-0.0794-0.04760.02650.02020.0462-0.16860.2819-0.06240.25550.04010.5053-0.1543-0.2808-0.00010.4642-0.01220.050.49020.03280.6588-52.492425.194929.0359
420.05370.0328-0.03150.016-0.0183-0.00480.0869-0.4186-0.21550.0844-0.11780.0231-0.2859-0.133500.548-0.00010.03690.43330.08770.6298-40.33267.161634.53
430.0793-0.02250.16850.0340.01420.1798-0.0801-0.4643-0.12310.09480.32240.292-0.18410.13220.00010.53610.12050.0980.49030.12510.5483-49.979917.009537.1007
440.27260.0840.02640.02810.11730.2767-0.07510.1258-0.12410.3228-0.01920.08790.0047-0.1498-0.00010.43250.01360.01390.41710.05260.5412-38.158914.46431.3306
450.0413-0.0079-0.12790.04760.03360.3221-0.3876-0.25970.08510.46780.2942-0.02850.11-0.1475-00.35170.0120.05510.4460.01590.5281-46.135616.411426.1392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 124 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 125 through 158 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 32 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 158 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 32 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 33 through 53 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 54 through 64 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 65 through 104 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 105 through 116 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 117 through 158 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 45 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 46 through 53 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 54 through 64 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 65 through 104 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 105 through 116 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 117 through 158 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 32 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 33 through 104 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 105 through 124 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 125 through 158 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 1 through 32 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 33 through 111 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 112 through 158 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 1 through 45 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 46 through 64 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 65 through 111 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 112 through 124 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 125 through 158 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 1 through 45 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 46 through 53 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 54 through 64 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 65 through 77 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 78 through 95 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 96 through 104 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 105 through 124 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 125 through 135 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 136 through 158 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'I' and (resid 1 through 32 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'I' and (resid 33 through 45 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'I' and (resid 46 through 64 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'I' and (resid 65 through 77 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'I' and (resid 78 through 95 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'I' and (resid 96 through 124 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'I' and (resid 125 through 158 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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