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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fti | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome | ||||||||||||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / Protein translocon of the endoplasmic reticulum | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() oligosaccharyltransferase III complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex ...oligosaccharyltransferase III complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / protein N-linked glycosylation via asparagine / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / protein glycosylation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / cellular response to actinomycin D / rough endoplasmic reticulum / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-translational protein modification / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / cellular response to gamma radiation / phospholipid binding / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / synapse / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Braunger, K. / Becker, T. / Beckmann, R. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for coupling protein transport and N-glycosylation at the mammalian endoplasmic reticulum. 著者: Katharina Braunger / Stefan Pfeffer / Shiteshu Shrimal / Reid Gilmore / Otto Berninghausen / Elisabet C Mandon / Thomas Becker / Friedrich Förster / Roland Beckmann / ![]() ![]() ![]() 要旨: Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and ...Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and oligosaccharyltransferase (OST). Here we used different cryo-electron microscopy approaches to determine structures of native and solubilized ribosome-Sec61-OST complexes. A molecular model for the catalytic OST subunit STT3A (staurosporine and temperature sensitive 3A) revealed how it is integrated into the OST and how STT3-paralog specificity for translocon-associated OST is achieved. The OST subunit DC2 was placed at the interface between Sec61 and STT3A, where it acts as a versatile module for recruitment of STT3A-containing OST to the ribosome-Sec61 complex. This detailed structural view on the molecular architecture of the cotranslational machinery for N-glycosylation provides the basis for a mechanistic understanding of glycoprotein biogenesis at the endoplasmic reticulum. | ||||||||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 251.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 434.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4316MC ![]() 4306C ![]() 4307C ![]() 4308C ![]() 4309C ![]() 4310C ![]() 4311C ![]() 4312C ![]() 4313C ![]() 4314C ![]() 4315C ![]() 4317C ![]() 6ftgC ![]() 6ftjC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 31種, 31分子 ABFGHLOPQRSTUVXacdefghkmors2368
-Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 CIJMNWYjpt
#3: タンパク質 | 分子量: 41115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 7512.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 17689.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-60S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 DEZbin
#4: タンパク質 | 分子量: 34006.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 28529.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 8706.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3213.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 l70
#37: タンパク質・ペプチド | 分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#58: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#60: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 quvw
#45: RNA鎖 | 分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#46: RNA鎖 | 分子量: 1186579.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 xyz
#49: タンパク質 | 分子量: 50758.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#50: タンパク質 | 分子量: 7019.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3265.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 3種, 3分子 145
#52: タンパク質 | 分子量: 12552.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#55: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3809.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#56: タンパク質 | 分子量: 80657.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F1PJP5, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
-糖 , 1種, 1分子
#61: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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-非ポリマー , 3種, 165分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/9UB.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/9UB.gif)
#62: 化合物 | ChemComp-MG / #63: 化合物 | ChemComp-ZN / #64: 化合物 | ChemComp-9UB / [( | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188900 / 対称性のタイプ: POINT |