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- PDB-6fqs: 3.11A complex of S.Aureus gyrase with imidazopyrazinone T3 and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fqs
タイトル3.11A complex of S.Aureus gyrase with imidazopyrazinone T3 and DNA
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 3
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA gyrase, subunit A / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3E / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Bax, B.D. / Germe, T. / Basque, E. / Maxwell, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking115583
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: A new class of antibacterials, the imidazopyrazinones, reveal structural transitions involved in DNA gyrase poisoning and mechanisms of resistance.
著者: Germe, T. / Voros, J. / Jeannot, F. / Taillier, T. / Stavenger, R.A. / Bacque, E. / Maxwell, A. / Bax, B.D.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
A: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,27020
ポリマ－168,6646
非ポリマー1,60614
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22880 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area58130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.027, 94.027, 420.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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DNA gyrase subunit ... , 3種, 4分子 BDAC

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 22605.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 55537.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#3: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 55617.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 1種, 2分子 EF

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6148.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 126分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-E3E / 5-cyclopropyl-8-fluoranyl-7-pyridin-4-yl-imidazo[1,2-a]quinoxalin-4-one


分子量: 320.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13FN4O
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 / 詳細: 8% PEG 5000 MME, 90 mM bis-tris pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→48 Å / Num. obs: 37639 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.11→3.22 Å / Rmerge(I) obs: 1.572 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3666 / CC1/2: 0.532

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5CDM

5cdm


解像度: 3.11→47.014 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1843 4.91 %
Rwork0.1788 --
obs0.1803 37524 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→47.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10526 809 104 112 11551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31116481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3327378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.19410.33421490.28832716X-RAY DIFFRACTION99
3.1941-3.28810.34481530.2622709X-RAY DIFFRACTION100
3.2881-3.39420.271320.24282784X-RAY DIFFRACTION100
3.3942-3.51540.23331200.23712743X-RAY DIFFRACTION100
3.5154-3.65610.24341630.19492734X-RAY DIFFRACTION100
3.6561-3.82250.21331400.17582731X-RAY DIFFRACTION100
3.8225-4.02390.21031560.16382737X-RAY DIFFRACTION100
4.0239-4.27580.18681620.16372759X-RAY DIFFRACTION100
4.2758-4.60570.17121320.13892730X-RAY DIFFRACTION100
4.6057-5.06870.18681390.14092750X-RAY DIFFRACTION100
5.0687-5.8010.19951350.17372748X-RAY DIFFRACTION100
5.801-7.30420.21741270.19772790X-RAY DIFFRACTION100
7.3042-47.01880.18321350.16792750X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2498-2.34830.62371.8680.29181.2489-0.1444-0.3681-0.1860.75030.0930.75010.2167-0.458601.1527-0.14910.10690.5674-0.14570.633116.167854.194864.1041
20.206-0.0989-0.2548-0.10370.20750.152-0.2188-0.45930.22350.2633-0.0105-0.478-0.02670.341601.0858-0.1021-0.09080.701-0.04650.580735.276848.512960.9185
32.155-0.0163-0.40852.65590.22481.1027-0.02640.0378-0.23650.2245-0.09160.06260.0437-0.0553-00.6282-0.15-0.0170.2861-0.03840.411129.534328.75134.3436
42.1467-0.44140.58410.823500.7919-0.24640.30430.41270.29260.13470.0159-0.6125-0.262900.8435-0.1739-0.0410.480.00960.493729.937256.617214.4408
50.13350.10170.07830.0948-0.10850.02870.08090.043-0.38890.06150.0063-0.2061-0.0814-0.0256-00.7801-0.05-0.02630.41250.08720.723526.431-3.973638.5509
61.52910.4068-0.11660.5719-0.31190.2499-0.2019-0.1063-0.453-0.0274-0.0645-0.22020.04420.0152-00.8678-0.0927-0.03710.31050.02440.574110.485-14.483346.7188
71.35950.1549-0.18970.13350.43930.1221-0.4931.1888-0.0063-0.23941.1434-0.6804-0.00080.7316-01.34-0.05810.11311.24440.76630.6839-3.560353.802817.9581
80.28660.0351-0.09270.1946-0.10340.0145-0.09030.82120.6294-0.2142-0.14090.1622-0.0051-0.168301.0860.0872-0.02941.15340.20040.7572-23.260950.99920.7744
91.9645-0.1723-0.44122.96390.00081.3545-0.00310.0972-0.2881-0.0743-0.1212-0.10030.08240.216800.42720.0369-0.02590.19130.0160.2677-20.449432.56148.8913
101.76690.7630.69360.6040.11391.075-0.2513-0.21990.29720.14980.14960.0519-0.35380.2492-00.89890.021-0.10090.40560.0170.5273-18.520161.713567.2422
110.1789-0.03450.16750.22370.1560.11830.2673-0.52760.6407-0.05590.0255-0.1538-0.08970.1332-00.9474-0.0483-0.02440.3783-0.1290.6498-20.0323-0.475947.0267
121.6578-0.0675-0.27330.81560.15210.4053-0.15090.0451-0.0666-0.1085-0.059-0.06890.1094-0.034400.9357-0.0816-0.03340.3299-0.03080.513-5.2492-13.579639.6206
13-0.1921-0.1922-0.08770.28810.06610.1648-0.2082-0.00240.06910.27210.0920.1944-0.0779-0.05500.8797-0.124-0.00410.438-0.00310.680726.337849.460642.6359
14-0.00880.43440.14020.5532-0.28380.0263-0.11290.070.86640.1099-0.1688-0.6-0.1533-0.191800.84370.1023-0.0280.5460.18260.9838-14.282852.115239.2209
15-0.1380.11280.02520.0008-0.02290.1219-0.24410.0252-0.17010.54420.3281.0598-1.542-0.1757-01.02270.0902-0.03451.0309-0.04511.14344.122552.640940.6715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((chain B and (resid 445:605)))
2X-RAY DIFFRACTION2((chain A and (resid 14:25)) or (chain B and (resid 609:635)))
3X-RAY DIFFRACTION3((chain A and (resid 34:244 or resid 328:369 or resid 458:488)))
4X-RAY DIFFRACTION4((chain A and (resid 245:327)))
5X-RAY DIFFRACTION5((chain A and (resid 370:379 or resid 443:457)))
6X-RAY DIFFRACTION6((chain A and (resid 380:442)))
7X-RAY DIFFRACTION7((chain D and (resid 445:605)) or (chain G and (resid 201:224)))
8X-RAY DIFFRACTION8((chain C and (resid 14:25)) or (chain D and (resid 609:635)))
9X-RAY DIFFRACTION9((chain C and (resid 34:244 or resid 328:369 or resid 458:488)))
10X-RAY DIFFRACTION10((chain C and (resid 245:327)))
11X-RAY DIFFRACTION11((chain C and (resid 370:379 or resid 443:457)))
12X-RAY DIFFRACTION12((chain C and (resid 380:442)))
13X-RAY DIFFRACTION13((chain E and (resid -7:-1)) or (chain F and (resid 5:11)))
14X-RAY DIFFRACTION14((chain E and (resid 5:11)) or (chain F and (resid -7:-1)))
15X-RAY DIFFRACTION15((chain E and (resid 1:4)) or (chain F and (resid 1:4)) or (chain I and (resid 1:201)))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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