PDB-6foe: BaxB01 Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6foe

タイトル

BaxB01 Fab fragment

要素

Fab BaxB01 heavy chain
Fab BaxB01 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG derived Fab / macrophage migration inhibitory factor / oxMIF form / PEPTIDE BINDING PROTEIN

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hollerweger, J. / Schinagl, A. / Kerschbaumer, R.J. / Scheiflinger, F. / Thiele, M. / Goettig, P. / Brandstetter, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Role of the Cysteine 81 Residue of Macrophage Migration Inhibitory Factor as a Molecular Redox Switch.
著者: Schinagl, A. / Kerschbaumer, R.J. / Sabarth, N. / Douillard, P. / Scholz, P. / Voelkel, D. / Hollerweger, J.C. / Goettig, P. / Brandstetter, H. / Scheiflinger, F. / Thiele, M.

履歴

登録	2018年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6foe.cif.gz	351.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6foe.ent.gz	288 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6foe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6foe_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6foe_full_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示
XML形式データ	6foe_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	6foe_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6foe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6foe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q9qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cdm-1 5mvj-1 5mp1-4 5mv4-4 6b5n-d 5mp3-1 3inu-1 6ell-2 6b5m-d 4kuz-d 6wx2-2 1bln-1 5mp5-3 3o41-2 2r2e-d 4odt-d 5mx3-2 5mv3-3 1aif-2 6bzw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab BaxB01 heavy chain

B: Fab BaxB01 light chain

H: Fab BaxB01 heavy chain

L: Fab BaxB01 light chain

94.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Fab BaxB01 heavy chain

B: Fab BaxB01 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.3 kDa, 2 ポリマー
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2

H: Fab BaxB01 heavy chain

L: Fab BaxB01 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.700, 102.700, 188.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	Fab BaxB01 heavy chain 分子量: 23759.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: engineered Fab binds oxidized macrophage migration inhibitory factor (MIF) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab BaxB01 light chain 分子量: 23545.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: engineered Fab light chain binds oxidized macrophage migration inhibitory factor (MIF) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 100 mM Tris/HCl, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日 / 詳細: CRLs + KB mirror

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→72.62 Å / Num. obs: 31799 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.4 % / B_iso Wilson estimate: 52.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.204 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.211 / Net I/av σ(I): 2.8 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.6-2.74	16.4	1.96	0.4	4522	0.63	0.48	2.022	1.96	99.3
2.74-2.91	16.3	1.297	0.6	4292		0.318	1.339	1.297	99.3
2.91-3.11	15.9	0.738	1.1	4046		0.184	0.763	0.738	99.5
3.11-3.36	15	0.413	1.9	3795		0.108	0.428	0.413	100
3.36-3.68	15.1	0.256	3	3528		0.067	0.265	0.256	100
3.68-4.11	17.7	0.184	3.9	3213		0.044	0.189	0.184	100
4.11-4.75	21.4	0.136	4.9	2836		0.03	0.139	0.136	100
4.75-5.81	20.7	0.131	5	2458		0.029	0.134	0.131	100
5.81-8.22	19.7	0.122	5.1	1940		0.028	0.126	0.122	100
8.22-72.62	21.9	0.091	4.8	1169		0.02	0.093	0.091	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.7 Å	70.75 Å
Translation	2.7 Å	70.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Version May 1, 2016	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
PHENIX	1.11.1-2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q9Q

4q9q

解像度: 2.6→69.478 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2625	1537	4.85 %
R_work	0.2136	-	-
obs	0.216	31694	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 236.65 Å² / B_iso mean: 64.2259 Å² / B_iso min: 22.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→69.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6646	0	0	81	6727
B_iso mean	-	-	-	46.03	-
残基数	-	-	-	-	878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.675	9258
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.438	2462

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.684	0.3981	124	0.3091	2688	2812	99
2.684-2.7799	0.4177	130	0.3039	2652	2782	98
2.7799-2.8912	0.3478	120	0.3398	2680	2800	99
2.8912-3.0228	0.3929	142	0.3006	2708	2850	99
3.0228-3.1821	0.3488	149	0.282	2690	2839	100
3.1821-3.3815	0.3366	116	0.2714	2745	2861	100
3.3815-3.6426	0.3046	161	0.2415	2713	2874	100
3.6426-4.0091	0.2964	148	0.2096	2722	2870	100
4.0091-4.5891	0.1922	141	0.1576	2775	2916	100
4.5891-5.7814	0.1928	156	0.1529	2809	2965	100
5.7814-69.503	0.1923	150	0.1746	2975	3125	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0748	-0.1983	-0.0489	4.5127	0.3404	2.5204	0.0376	0.4363	-0.649	-0.2464	-0.3871	0.7629	0.1334	-0.7728	0.3023	0.349	-0.0223	0.0538	0.6523	-0.1647	0.5827	8.8411	-1.6482	-17.317
2	3.6133	-2.2638	0.8121	3.8172	-1.9257	3.3956	-0.4594	0.6263	-1.5407	0.1623	-0.1234	-0.1633	0.203	0.3341	0.4521	0.6812	-0.0528	0.3452	0.5475	-0.1308	1.2423	29.9315	-26.5722	-14.1921
3	4.0013	-0.9955	0.8685	3.5319	0.7542	3.5316	-0.0124	-0.3622	-0.224	0.4421	-0.3717	0.9714	0.6047	-0.579	0.3668	0.5365	-0.0672	0.2475	0.4954	-0.1343	0.8602	30.1326	-22.2258	-10.2785
4	8.2158	-0.5915	5.2533	4.3862	-3.1574	8.6064	0.9833	-0.2675	-2.1926	-0.0797	-0.684	0.1687	1.7781	0.4146	-0.2134	0.9886	0.0155	0.2595	0.7061	0.1048	1.1709	29.0488	-32.3121	-7.125
5	4.191	-1.0006	-1.2296	3.3998	0.1726	2.7089	-0.0161	0.0873	-0.1219	-0.1926	-0.0801	0.0753	-0.138	-0.0836	0.0862	0.2937	0.0227	0.0587	0.3863	-0.0102	0.2331	26.4359	10.4783	-18.8976
6	0.9245	-1.6522	0.3755	4.3146	-0.7352	1.2576	0.0236	0.4314	-0.6661	0.1352	-0.3278	-0.1622	0.1805	-0.2896	0.3421	0.4886	0.063	0.2819	0.4932	-0.0171	0.7756	39.3737	-19.9563	-15.8977
7	0.6631	1.0424	1.0211	2.0311	-0.1988	2.0589	-0.1876	0.6463	-0.481	-0.886	-0.0594	-0.3778	0.2643	0.2853	0.2693	0.6127	0.0135	0.3082	0.5682	-0.0185	0.8187	42.5745	-20.6374	-20.7818
8	0.6085	-0.8549	0.6705	6.0368	1.4765	2.4847	-0.2088	0.3448	-0.4686	-0.2247	-0.248	0.2454	0.3954	0.3401	0.4508	0.4551	0.0812	0.2502	0.7149	0.0684	0.7245	40.0987	-17.8242	-20.5302
9	1.9995	-1.7239	0.0035	1.5289	0.3791	2.1841	-0.3584	0.1638	-1.045	-1.3971	-0.1777	-0.3505	0.4838	0.3689	0.3183	0.8385	0.1452	0.3472	0.6325	-0.0492	1.0407	41.3383	-33.0471	-22.7883
10	3.8173	1.84	1.9656	9.1167	3.9623	3.0081	0.2362	0.451	-0.3059	1.0262	-0.0119	-1.2655	0.4322	0.2475	-0.3007	0.6592	0.2684	0.3155	0.6873	0.1178	0.9233	49.7697	-27.1673	-17.6524
11	2.3329	-0.407	-0.7851	3.9781	0.5781	3.024	-0.1146	-0.2541	0.1733	0.0679	0.1638	-0.3651	-0.22	0.7423	-0.079	0.3034	-0.0368	-0.0398	0.5426	-0.0127	0.311	19.7873	38.2802	-14.7207
12	4.2855	-1.7467	0.5327	3.0682	1.7889	1.7234	-0.2059	0.4769	0.715	-0.4777	0.4951	-0.1468	-0.3795	1.1809	-0.2669	0.5424	-0.2206	-0.053	0.7445	-0.0384	0.3617	17.5153	46.3066	-17.7633
13	0.9926	-1.0514	-0.3942	1.1832	0.9197	2.8449	-0.1298	-0.1583	0.1134	0.0558	0.2994	-0.1379	-0.438	0.722	-0.0964	0.4082	-0.0418	-0.0634	0.552	-0.012	0.2701	13.0487	47.3305	-9.3631
14	8.9756	1.8009	-2.1871	7.4111	-1.0583	7.6275	0.4261	-0.87	1.3974	0.3831	0.0915	0.8591	-1.3515	-0.0182	-0.6068	0.8611	0.0347	-0.1437	0.4522	-0.0237	0.4905	-1.893	64.705	6.8007
15	4.2347	1.5802	1.2305	2.6238	0.6983	3.5294	-0.4741	0.3036	0.2794	-0.1592	0.3284	-0.0068	-0.5008	0.4191	0.0482	0.5195	-0.0534	-0.1109	0.3746	-0.0129	0.346	6.4261	58.2697	2.8878
16	0.0822	-0.3504	-0.1023	1.235	0.3475	0.0908	-0.199	-1.5056	1.6584	0.6351	-0.6608	1.0114	-2.8007	-0.9524	0.8313	2.0314	0.0635	-0.1222	1.3634	-0.8872	1.2442	-0.496	74.9622	16.9056
17	4.9624	-1.5601	-0.1186	2.4393	0.157	2.24	-0.0695	-0.2277	-0.0103	0.0942	0.067	0.0035	0.1976	0.1029	0.0209	0.3033	0.0071	-0.0653	0.274	0.0083	0.2429	-2.2392	34.6655	-19.6619
18	1.2762	0.2517	0.1038	3.1859	1.5655	3.1931	-0.2445	0.0109	0.6388	-0.3771	-0.0287	0.2843	-1.2231	-0.111	0.2668	0.7956	0.0837	-0.2181	0.4283	-0.033	0.5831	-4.8609	66.3884	-4.3879
19	8.1065	3.6905	-0.4686	8.3179	0.3467	2.2801	0.7121	-0.2141	1.0437	1.0947	-0.3699	0.3491	-0.7205	-0.1423	-0.3363	1.3176	0.2812	-0.2176	0.5554	-0.1555	0.8816	-11.2908	74.3864	0.2005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 117 )	A	4 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 142 )	A	118 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 143 through 207 )	A	143 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 208 through 228 )	A	208 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 101 )	B	1 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 102 through 128 )	B	102 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 129 through 150 )	B	129 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 151 through 174 )	B	151 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 175 through 197 )	B	175 - 197
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 198 through 214 )	B	198 - 214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 4 through 86 )	H	4 - 86
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 87 through 102 )	H	87 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 103 through 132 )	H	103 - 132
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 133 through 153 )	H	133 - 153
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 154 through 218 )	H	154 - 218
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 219 through 228 )	H	219 - 228
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 1 through 101 )	L	1 - 101
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 102 through 188 )	L	102 - 188
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 189 through 214 )	L	189 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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