PDB-6fj7: Caldiarchaeum Subterraneum Ubiquitin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fj7

タイトル

Caldiarchaeum Subterraneum Ubiquitin

要素

Ubiquitin-like protein

キーワード

PROTEIN BINDING / ubiquitination / ubiquitylation

機能・相同性

機能・相同性情報

polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Wojtynek, M. / Martin, J. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Rpn11-mediated ubiquitin processing in an ancestral archaeal ubiquitination system.
著者: Fuchs, A.C.D. / Maldoner, L. / Wojtynek, M. / Hartmann, M.D. / Martin, J.

履歴

登録	2018年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fj7.cif.gz	50.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fj7.ent.gz	35.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fj7_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fj7_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	6fj7_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	6fj7_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fjuC 6fjvC 6fnnC 6fnoC 1ubqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g27-d 2mqj-d 6l1c-d 2o6k-2 1yjt-d 4ipy-5 3sd4-2 1ily-d 5w0h-d 4dwf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin-like protein

ヘテロ分子

8.55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.450, 42.800, 51.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-like protein 分子量: 8359.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Caldiarchaeum subterraneum (古細菌) 遺伝子: CSUB_C1474, HGMM_F04B03C03, HGMM_F21D07C21, HGMM_F30C12C33 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6N8B8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.53 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 200 mM lithium sulfate, 50% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→32.9 Å / Num. obs: 30589 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.39
反射シェル	解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 4406 / CC_1/2: 0.862 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq

解像度: 1.05→32.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 0.938 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19512	1530	5 %	RANDOM
R_work	0.1534	-	-	-
obs	0.15544	29058	98.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.05→32.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	569	0	10	76	655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	700
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.337	2.047	978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.689	5	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.238	22.778	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.561	15	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.89	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.627	1.304	362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.571	1.299	360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.006	1.97	460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.02	1.974	461
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.63	1.568	338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.612	1.553	330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.96	2.215	490
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.465	11.525	780
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.368	10.988	753
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.489	3	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	29.21	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.02	5	1478

LS精密化シェル

解像度: 1.049→1.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	94	-
R_work	0.32	1791	-
obs	-	-	83.04 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)