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- PDB-3g27: Structure of a putative bacteriophage protein from Escherichia co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g27
タイトルStructure of a putative bacteriophage protein from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
要素82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO
キーワードPROTEIN BINDING / E.coli / prophage-associated / Zinc-binding / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
prophage-derive protein ybcO / Putative nuclease YbcO / Putative nuclease YbcO / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative nuclease YbcO
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of a putative bacteriophage protein from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
著者: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6254
ポリマ－10,4581
非ポリマー1683
水79344
1
A: 82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO
ヘテロ分子

A: 82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2518
ポリマ－20,9162
非ポリマー3356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.311, 71.311, 32.333
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO


分子量: 10457.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: predicted prophage protein / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: b0549, JW0537, ybcO / プラスミド: modified p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68661
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M CaCl2, 20%PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月24日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.9 % / Av σ(I) over netI: 48.64 / 数: 59799 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.62 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 6049 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.055098.210.0574.2819.5
4.015.0599.310.0482.7459.9
3.514.0199.510.0491.9310.9
3.183.5110010.0581.63811.1
2.963.1810010.0741.56411.1
2.782.9610010.081.40111.4
2.642.7810010.111.25311.3
2.532.6410010.1191.1811.2
2.432.5310010.1231.07811.1
2.352.4310010.1721.09610.3
2.272.3510010.1851.1339.6
2.212.2799.710.1811.1358.8
2.152.2199.510.2461.0837.5
2.12.1595.310.1771.0347.7
2.052.187.710.2261.0696.1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 6049 / Num. obs: 6049 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.616 / Net I/σ(I): 48.638
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Num. unique all: 341 / Χ2: 1.069 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.1→30.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.26 / WRfactor Rwork: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.873 / SU B: 8.773 / SU ML: 0.12 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / SU Rfree: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.185
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 260 4.6 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.188 5697 --
obs0.188 5697 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.59 Å2 / Biso mean: 36.079 Å2 / Biso min: 21.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.22 Å21.11 Å20 Å2
2--2.22 Å20 Å2
3----3.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数597 0 6 44 647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.948841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.931019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.625581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40322.30826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8211597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.801157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7951.5407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1421.5165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5012649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2853214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8044.5192
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 16 -
Rwork0.22 391 -
all-407 -
obs--95.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.4003 Å / Origin y: 28.9214 Å / Origin z: 4.7353 Å
111213212223313233
T0.1704 Å20.0615 Å20.0533 Å2-0.1128 Å20.0098 Å2--0.0275 Å2
L3.1005 °2-0.9572 °2-0.6178 °2-4.7295 °20.8007 °2--3.5165 °2
S-0.1553 Å °0.1396 Å °-0.2245 Å °0.1838 Å °-0.0502 Å °0.0898 Å °0.5656 Å °0.2408 Å °0.2055 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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