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- PDB-6fia: Structure of the human LINE-1 ORF1p coiled coil domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fia
タイトルStructure of the human LINE-1 ORF1p coiled coil domain
要素LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / coiled coil / genome evolution / nucleic acid chaperone / retrotransposition / RNP
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposition / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / single-stranded DNA binding / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / nucleolus / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L1 transposable element, trimerization domain / L1 transposable element trimerization domain / Transposase, L1 / L1 transposable element, dsRBD-like domain / L1 transposable element, C-terminal domain / L1 transposable element, RRM domain / L1 transposable element RBD-like domain / L1 transposable element dsRBD-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Khazina, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Human LINE-1 retrotransposition requires a metastable coiled coil and a positively charged N-terminus in L1ORF1p.
著者: Khazina, E. / Weichenrieder, O.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
B: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
C: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
D: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
E: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
F: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,72510
ポリマ－75,5836
非ポリマー1424
水1,15364
1
A: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
B: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
C: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8635
ポリマ－37,7923
非ポリマー712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
E: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
F: LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8635
ポリマ－37,7923
非ポリマー712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.160, 250.610, 33.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein / L1ORF1p / LINE retrotransposable element 1 / LINE1 retrotransposable element 1


分子量: 12597.237 Da / 分子数: 6 / 変異: M121A, M125I, M128I / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first four amino acids GPHM remain from the purification tag. Engineered mutations, M121A, M125I, M128I.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L1RE1, LRE1 / プラスミド: pnEA / 詳細 (発現宿主): pH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9UN81
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 12% PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日 / 詳細: dynamically bendable mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→125.31 Å / Num. obs: 23830 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 71.15 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1688 / Rsym value: 0.813 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ykp

2ykp


解像度: 2.65→125.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9372 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / SU R Cruickshank DPI: 0.599 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.662 / SU Rfree Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.285
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2377 1225 5.14 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2096 23830 99.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.359 Å20 Å20 Å2
2--16.403 Å20 Å2
3----1.044 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.374 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→125.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4851 0 4 64 4919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014878HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.826476HARMONIC3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2042SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes660HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4878HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion627SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5385SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2882 147 5.26 %
Rwork0.2475 2649 -
all0.2496 2796 -
obs--98.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86111.9179-0.94749.6333-4.97135.5084-0.03380.11810.12590.4005-0.4345-1.2326-0.20110.70010.46830.2816-0.024-0.06350.09840.13820.299717.373422.5391-5.9734
20.60581.0966-0.84886.1118-4.91265.0791-0.03190.0314-0.111-0.14060.35360.26230.1414-0.4305-0.3217-0.0518-0.06710.0017-0.05770.0446-0.02820.946876.9714-55.37
33.9165-1.48040.60744.73251.0474.7520.1103-0.20930.32080.3519-0.06470.4852-0.1034-0.3873-0.04560.12770.0560.29760.34080.44720.5908-0.485186.9833-51.7932
41.4440.1865-0.50834.6346-2.76892.93680.02070.41010.33920.1719-0.1201-0.4817-0.03930.04430.0994-0.05360.0591-0.0434-0.02690.0442-0.1167-5.061833.2339-13.4104
52.2994-3.47771.39630.00364.07493.44520.01730.1591-0.0961-0.04440.09730.36750.0125-0.4669-0.11460.4775-0.157-0.04390.13350.16090.093520.2577111.684-53.8518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|50 - A|91 B|53 - B|91 C|63 - C|91 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|92 - A|152 B|92 - B|152 C|92 - C|151 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|65 - D|91 E|65 - E|91 F|65 - F|91 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|92 - D|152 E|92 - E|152 F|92 - F|152 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ D|49 - D|64 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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