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- PDB-6fg1: CRYSTAL STRUCTURE OF FAB OF NATALIZUMAB IN COMPLEX WITH FAB OF NAA32. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fg1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FAB OF NATALIZUMAB IN COMPLEX WITH FAB OF NAA32.
要素
  • (HEAVY CHAIN OF FAB ...) x 2
  • (LIGHT CHAIN OF FAB ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Bertrand, T. / Pouzieux, S.
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2019
タイトル: A single T cell epitope drives the neutralizing anti-drug antibody response to natalizumab in multiple sclerosis patients.
著者: Cassotta, A. / Mikol, V. / Bertrand, T. / Pouzieux, S. / Le Parc, J. / Ferrari, P. / Dumas, J. / Auer, M. / Deisenhammer, F. / Gastaldi, M. / Franciotta, D. / Silacci-Fregni, C. / Fernandez ...著者: Cassotta, A. / Mikol, V. / Bertrand, T. / Pouzieux, S. / Le Parc, J. / Ferrari, P. / Dumas, J. / Auer, M. / Deisenhammer, F. / Gastaldi, M. / Franciotta, D. / Silacci-Fregni, C. / Fernandez Rodriguez, B. / Giacchetto-Sasselli, I. / Foglierini, M. / Jarrossay, D. / Geiger, R. / Sallusto, F. / Lanzavecchia, A. / Piccoli, L.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAVY CHAIN OF FAB NAA32
D: LIGHT CHAIN OF FAB NAA32
H: HEAVY CHAIN OF FAB NATALIZUMAB
L: LIGHT CHAIN OF FAB NATALIZUMAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7797
ポリマ－98,5034
非ポリマー2763
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area38490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.101, 189.101, 87.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 ADHL

#1: 抗体 HEAVY CHAIN OF FAB NAA32


分子量: 26127.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LIGHT CHAIN OF FAB NAA32


分子量: 23368.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 HEAVY CHAIN OF FAB NATALIZUMAB


分子量: 25427.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 LIGHT CHAIN OF FAB NATALIZUMAB


分子量: 23579.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 256分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na2 Malonate 1.7M - pH6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→87.6 Å / Num. obs: 81847 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 37.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IRZ, 4NM4 and 3X3F

4irz

4nm4

3x3f


解像度: 2.03→87.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU R Cruickshank DPI: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.224
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 3195 5.03 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.267 63528 59.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7191 Å20 Å20 Å2
2--0.7191 Å20 Å2
3----1.4382 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→87.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6714 0 18 253 6985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086905HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.089399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2283SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1144HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6905HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion915SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7630SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 -6.79 %
Rwork0.2489 343 -
all0.2492 368 -
obs--4.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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