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- PDB-4mne: Crystal structure of the BRAF:MEK1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mne
タイトルCrystal structure of the BRAF:MEK1 complex
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / RAF / MAPK / kinase domain / ATP-binding / ERK / RAS / PAK / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of endodermal cell differentiation / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / Golgi inheritance / placenta blood vessel development / MAP-kinase scaffold activity / positive regulation of muscle contraction / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / labyrinthine layer development / regulation of axon regeneration / cerebellar cortex formation / melanosome transport / type B pancreatic cell proliferation / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / central nervous system neuron differentiation / endothelial cell apoptotic process / Signaling by MAP2K mutants / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / vesicle transport along microtubule / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / triglyceride homeostasis / regulation of T cell differentiation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / endodermal cell differentiation / face development / MAP kinase kinase activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / Bergmann glial cell differentiation / Uptake and function of anthrax toxins / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / protein kinase activator activity / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to axon injury / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Schwann cell development / response to cAMP / keratinocyte differentiation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / positive regulation of stress fiber assembly / neuron projection morphogenesis / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / positive regulation of autophagy / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / dendrite cytoplasm / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to calcium ion / response to glucocorticoid / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / thymus development / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / animal organ morphogenesis / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity
類似検索 - 分子機能
: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...: / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-573 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase B-raf / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8483 Å
データ登録者Sudhamsu, J. / Haling, J.R. / Morales, T. / Brandhuber, B. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2014
タイトル: Structure of the BRAF-MEK Complex Reveals a Kinase Activity Independent Role for BRAF in MAPK Signaling.
著者: Haling, J.R. / Sudhamsu, J. / Yen, I. / Sideris, S. / Sandoval, W. / Phung, W. / Bravo, B.J. / Giannetti, A.M. / Peck, A. / Masselot, A. / Morales, T. / Smith, D. / Brandhuber, B.J. / Hymowitz, S.G. / Malek, S.
履歴
登録2013年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
E: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
F: Serine/threonine-protein kinase B-raf
G: Serine/threonine-protein kinase B-raf
H: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,70922
ポリマ－293,1108
非ポリマー4,60014
水2,180121
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,59210
ポリマ－146,5554
非ポリマー2,0376
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
F: Serine/threonine-protein kinase B-raf
G: Serine/threonine-protein kinase B-raf
H: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,11712
ポリマ－146,5554
非ポリマー2,5628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.498, 135.657, 256.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ADEHBCFG

#1: タンパク質
Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MAP kinase kinase 1 / MAPKK 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 37930.609 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 62-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase B-raf / BRAF / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 35346.812 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain (UNP residues 432-726) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 135分子

#3: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-573 / 7-fluoro-3-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-{[(2S)-2-hydroxypropyl]oxy}furo[3,2-c]pyridine-2-carboxamide


分子量: 489.212 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14F2IN3O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.42 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG8000, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8483→39.59 Å / Num. all: 79897 / Num. obs: 79897 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.8483→3 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.721 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
autoXDSデータ削減
autoXDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3PP1 AND 3Q4C

3pp1

3q4c


解像度: 2.8483→39.586 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / σ(I): 2.8 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2402 1999 2.5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1864 79897 99.64 %-
all-79897 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8483→39.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17251 0 264 121 17636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00917968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26424312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6856777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8483-2.91950.35961370.28475317X-RAY DIFFRACTION97
2.9195-2.99840.37611410.25355503X-RAY DIFFRACTION100
2.9984-3.08660.28751420.23825558X-RAY DIFFRACTION100
3.0866-3.18620.3141410.22935498X-RAY DIFFRACTION100
3.1862-3.30010.31731420.23265524X-RAY DIFFRACTION100
3.3001-3.43210.30561410.21315529X-RAY DIFFRACTION100
3.4321-3.58820.28461420.20095530X-RAY DIFFRACTION100
3.5882-3.77730.23511430.17915565X-RAY DIFFRACTION100
3.7773-4.01370.251430.17555557X-RAY DIFFRACTION100
4.0137-4.32330.19321420.1475543X-RAY DIFFRACTION100
4.3233-4.75770.20091440.1415604X-RAY DIFFRACTION100
4.7577-5.44460.20281440.15485635X-RAY DIFFRACTION100
5.4446-6.85380.21231470.1895665X-RAY DIFFRACTION100
6.8538-39.58950.2031500.18065870X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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