PDB-6fey: Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development fac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fey

タイトル

Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 with Drosophila DILP5 insulin

要素

(Probable insulin-like peptide 5) x 2
Neural/ectodermal development factor IMP-L2

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / insulin / insulin binding protein / Drosophila / imaginal morphogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of entry into reproductive diapause / positive regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / female mating behavior / carbohydrate homeostasis / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / sleep / insulin binding / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.48 Å

データ登録者

Brzozowski, A.M. / Kulahin, N. / Kristensen, O. / Schluckebier, G. / Meyts, P.D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structures of insect Imp-L2 suggest an alternative strategy for regulating the bioavailability of insulin-like hormones.
著者: Nikolaj Kulahin Roed / Cristina M Viola / Ole Kristensen / Gerd Schluckebier / Mathias Norrman / Waseem Sajid / John D Wade / Asser Sloth Andersen / Claus Kristensen / Timothy R Ganderton / ...
要旨: The insulin/insulin-like growth factor signalling axis is an evolutionary ancient and highly conserved hormonal system involved in the regulation of metabolism, growth and lifespan in animals. Human ...

履歴

登録	2018年1月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fey.cif.gz	169.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fey.ent.gz	128.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/6fey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/6fey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDDS8C SASDDT8C 6ff3C 4cbpS 2wfv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c5j-1 1fqk-1 6lgq-d 4ekd-d 7bqo-d 4cbp-d 6q9c-1 2ik8-2 5yye-1 4ir1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (8) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (8) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (7) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (7) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (7) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (8)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (8)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (7)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (7)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (7)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

B: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

D: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

C: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

E: Probable insulin-like peptide 5

F: Probable insulin-like peptide 5

G: Probable insulin-like peptide 5

H: Probable insulin-like peptide 5

I: Probable insulin-like peptide 5

J: Probable insulin-like peptide 5

K: Probable insulin-like peptide 5

L: Probable insulin-like peptide 5

132 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

B: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

G: Probable insulin-like peptide 5

H: Probable insulin-like peptide 5

I: Probable insulin-like peptide 5

J: Probable insulin-like peptide 5

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, SAX did not confirm the dimer nature of Imp-L2:DILP5 complex, gel filtration, Gel filtration did not confirm clearly the dimer of the Imp-L2:DILP5 complex
66.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

C: Neural/ectodermal development factor IMP-L2

E: Probable insulin-like peptide 5

F: Probable insulin-like peptide 5

K: Probable insulin-like peptide 5

L: Probable insulin-like peptide 5

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, SAX did not confirm the dimer nature of Imp-L2:DILP5 complex, gel filtration, Gel filtration did not confirm clearly the dimer of the Imp-L2:DILP5 complex
66.2 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.834, 150.834, 125.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	31 - 238	31 - 238
2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	31 - 238	31 - 238
1	2	TRP	TRP	VAL	VAL	A	A	32 - 237	32 - 237
2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	D	C	32 - 237	32 - 237
1	3	TRP	TRP	VAL	VAL	B	B	32 - 237	32 - 237
2	3	TRP	TRP	VAL	VAL	D	C	32 - 237	32 - 237
1	4	VAL	VAL	CYS	CYS	E	E	5 - 23	5 - 23
2	4	VAL	VAL	CYS	CYS	G	G	5 - 23	5 - 23
1	5	GLY	GLY	TYR	TYR	E	E	4 - 22	4 - 22
2	5	GLY	GLY	TYR	TYR	I	I	4 - 22	4 - 22
1	6	GLY	GLY	TYR	TYR	E	E	4 - 22	4 - 22
2	6	GLY	GLY	TYR	TYR	K	K	4 - 22	4 - 22
1	7	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	5 - 21	5 - 21
2	7	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	5 - 21	5 - 21
1	8	ALA	ALA	ALA	ALA	F	F	5 - 17	5 - 17
2	8	ALA	ALA	ALA	ALA	J	J	5 - 17	5 - 17
1	9	ALA	ALA	ASN	ASN	F	F	5 - 20	5 - 20
2	9	ALA	ALA	ASN	ASN	L	L	5 - 20	5 - 20
1	10	VAL	VAL	TYR	TYR	G	G	5 - 22	5 - 22
2	10	VAL	VAL	TYR	TYR	I	I	5 - 22	5 - 22
1	11	VAL	VAL	TYR	TYR	G	G	5 - 22	5 - 22
2	11	VAL	VAL	TYR	TYR	K	K	5 - 22	5 - 22
1	12	ALA	ALA	ALA	ALA	H	H	5 - 17	5 - 17
2	12	ALA	ALA	ALA	ALA	J	J	5 - 17	5 - 17
1	13	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 20	4 - 20
2	13	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 20	4 - 20
1	14	GLY	GLY	TYR	TYR	I	I	4 - 22	4 - 22
2	14	GLY	GLY	TYR	TYR	K	K	4 - 22	4 - 22
1	15	ALA	ALA	ALA	ALA	J	J	5 - 17	5 - 17
2	15	ALA	ALA	ALA	ALA	L	L	5 - 17	5 - 17

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Neural/ectodermal development factor IMP-L2 / IMAGINAL MORPHOGENESIS PROTEIN-LATE 2 分子量: 27290.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: ImpL2, CG15009 / プラスミド: PVL1392 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q09024
#2: タンパク質・ペプチド	Probable insulin-like peptide 5 / dILP5 / Insulin-related peptide 5 分子量: 2795.097 Da / 分子数: 4 / Mutation: K95N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ilp5, HDC09365, CG33273 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q7KUD5
#3: タンパク質・ペプチド	Probable insulin-like peptide 5 / dILP5 / Insulin-related peptide 5 分子量: 3018.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Ilp5, HDC09365, CG33273 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q7KUD5
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5 PH範囲: 6.8-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.48→29.6 Å / Num. obs: 17857 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.165 / R_pim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 3.48→3.67 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 1.17 / R_pim(I) all: 0.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CBP

4cbp

解像度: 3.48→29.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.887 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.81 / SU B: 41.152 / SU ML: 0.634 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.7

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.34456	971	5.2 %	RANDOM
R_work	0.26141	-	-	-
obs	0.26548	17857	98.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.97 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.48→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5819	0	0	4	5823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5939
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.949	8037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.533	5	812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.844	23.085	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	26.139	15	797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.811	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.335	10.595	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.351	15.867	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.252	10.284	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.092		21444
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9266	0.22
1	2	B	9266	0.22
2	1	A	6446	0.23
2	2	D	6446	0.23
3	1	B	6470	0.23
3	2	D	6470	0.23
4	1	E	652	0.25
4	2	G	652	0.25
5	1	E	620	0.27
5	2	I	620	0.27
6	1	E	644	0.28
6	2	K	644	0.28
7	1	F	592	0.23
7	2	H	592	0.23
8	1	F	418	0.27
8	2	J	418	0.27
9	1	F	570	0.22
9	2	L	570	0.22
10	1	G	534	0.3
10	2	I	534	0.3
11	1	G	576	0.3
11	2	K	576	0.3
12	1	H	440	0.28
12	2	J	440	0.28
13	1	H	618	0.2
13	2	L	618	0.2
14	1	I	500	0.33
14	2	K	500	0.33
15	1	J	426	0.28
15	2	L	426	0.28

LS精密化シェル

解像度: 3.483→3.573 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	81	-
R_work	0.314	1139	-
obs	-	-	88.15 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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