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- PDB-4cbp: Crystal structure of neural ectodermal development factor IMP-L2. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cbp
タイトルCrystal structure of neural ectodermal development factor IMP-L2.
要素NEURAL/ECTODERMAL DEVELOPMENT FACTOR IMP-L2
キーワードCELL ADHESION / IMAGINAL MORPHOGENESIS PROTEIN-LATE 2 / INSULIN BINDING / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / DEVELOPMENTAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of entry into reproductive diapause / response to insect / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / insulin binding / response to starvation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of lipid storage / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of insulin receptor signaling pathway ...positive regulation of entry into reproductive diapause / response to insect / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / insulin binding / response to starvation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of lipid storage / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / axon guidance / determination of adult lifespan / axon / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural/ectodermal development factor IMP-L2
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kulahin, N. / Kristensen, O. / Brzozowski, M. / Schluckebier, G. / Meyts, P.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of Imp-L2 Function
著者: Kulahin, N. / Watson, C.J. / Turkenburg, J.P. / Kristensen, O. / Norrman, M. / Sajid, W. / Schluckebier, G. / Meyts, P.D. / Brzozowski, M.
履歴
登録2013年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAL/ECTODERMAL DEVELOPMENT FACTOR IMP-L2
B: NEURAL/ECTODERMAL DEVELOPMENT FACTOR IMP-L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8354
ポリマ－60,6512
非ポリマー1842
水8,233457
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-5.4 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.856, 99.732, 56.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.9872, -0.157, 0.0295), (-0.1518, 0.9794, 0.1329), (-0.0497, 0.1267, -0.9907)7.294, -10.722, 118.3484

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要素

#1: タンパク質 NEURAL/ECTODERMAL DEVELOPMENT FACTOR IMP-L2 / NEURAL ECTODERMAL DEVELOPMENT FACTOR IMP-L2


分子量: 30325.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PVL1392 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09024
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: HANGING-DROP EXPERIMENTS BY MIXING 1 UL PROTEIN (5.5. MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.4, 20 MM NACL) AND 1 UL RESERVOIR SOLUTION (17% PEG-6000, 0.1 M TRIS HYDROCHLORIDE, PH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→56.25 Å / Num. obs: 70546 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 71.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
MOSFLMデータ削減
xia2データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→29.542 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: REFINED AGAINST ANOMALOUS DATA
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 3844 2.8 %
Rwork0.1562 --
obs0.1571 69600 94.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3270 0 12 457 3739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0864762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7821321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62910.2821330.23694669X-RAY DIFFRACTION65
1.6291-1.66040.26381700.21995512X-RAY DIFFRACTION74
1.6604-1.69430.2451730.20645908X-RAY DIFFRACTION82
1.6943-1.73120.2182000.18556518X-RAY DIFFRACTION89
1.7312-1.77140.23151980.16836992X-RAY DIFFRACTION95
1.7714-1.81570.20192080.16217303X-RAY DIFFRACTION100
1.8157-1.86480.16782250.15077219X-RAY DIFFRACTION100
1.8648-1.91970.19242130.14027327X-RAY DIFFRACTION100
1.9197-1.98160.1652100.1337258X-RAY DIFFRACTION100
1.9816-2.05240.17762100.13157291X-RAY DIFFRACTION100
2.0524-2.13460.182100.13437284X-RAY DIFFRACTION100
2.1346-2.23170.15622000.13237351X-RAY DIFFRACTION100
2.2317-2.34930.19262070.1397335X-RAY DIFFRACTION100
2.3493-2.49640.1672200.15437290X-RAY DIFFRACTION100
2.4964-2.68910.22382110.15977316X-RAY DIFFRACTION100
2.6891-2.95950.20542160.16317320X-RAY DIFFRACTION100
2.9595-3.38720.18342040.15737286X-RAY DIFFRACTION100
3.3872-4.26540.16632160.15537304X-RAY DIFFRACTION100
4.2654-29.54740.19532200.16847113X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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