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- PDB-6q9j: Crystal structure of reduced Aquifex aeolicus NADH-quinone oxidor... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q9j | ||||||
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Title | Crystal structure of reduced Aquifex aeolicus NADH-quinone oxidoreductase subunits NuoE G129S and NuoF bound to NADH | ||||||
![]() | (NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / respiratory chain / complex I / NADH ubiquinone oxidoreductase / Fe-S clusters | ||||||
Function / homology | ![]() : / Translocases; Catalysing the translocation of protons; Linked to oxidoreductase reactions / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Gnandt, E. / Friedrich, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A mechanism to prevent production of reactive oxygen species by Escherichia coli respiratory complex I. Authors: Schulte, M. / Frick, K. / Gnandt, E. / Jurkovic, S. / Burschel, S. / Labatzke, R. / Aierstock, K. / Fiegen, D. / Wohlwend, D. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Friedrich, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 489.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 399.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hl2C ![]() 6hl3C ![]() 6hl4C ![]() 6hlaC ![]() 6hliC ![]() 6hljC ![]() 6hlmC ![]() 6q9cC ![]() 6q9gC ![]() 6q9kC ![]() 6r7pC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 18603.646 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G129S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: VF5 / Gene: nuoE, aq_574 / Plasmid: pETBlue-1 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 48523.301 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: VF5 / Gene: nuoF, aq_573 / Plasmid: pETBlue-1 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 1000 molecules ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Chemical | ChemComp-NA / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.72 % / Mosaicity: 0.13 ° |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: evaporation / pH: 6.75 Details: (NH4)2SO4, BisTris, NaCl, cryo-protection with glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2018 / Details: Rh coated meridionally focussing mirror | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Fixed-exit LN2 cooled Double Si (111) Crystal Monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→48.15 Å / Num. obs: 124614 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.83→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.297 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.109 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.01 Å2 / Biso mean: 28.416 Å2 / Biso min: 16.77 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.83→48.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.83→1.878 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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