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- PDB-6f59: Crystal structure of human Brachyury (T) G177D variant in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f59
タイトルCrystal structure of human Brachyury (T) G177D variant in complex with DNA
要素
  • Brachyury protein
  • DNA (26-MER)
キーワードTRANSCRIPTION / chordoma / Brachyury / T-box
機能・相同性
機能・相同性情報


primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm ...primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm / mesoderm development / mesoderm formation / somitogenesis / heart morphogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, T-box / Transcription factor, Brachyury / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein ...Transcription factor, T-box / Transcription factor, Brachyury / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / T-box transcription factor T
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Newman, J.A. / Gavard, A.E. / Krojer, T. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into human brachyury DNA recognition and discovery of progressible binders for cancer therapy.
著者: Newman, J.A. / Gavard, A.E. / Imprachim, N. / Aitkenhead, H. / Sheppard, H.E. / Te Poele, R. / Clarke, P.A. / Hossain, M.A. / Temme, L. / Oh, H.J. / Wells, C.I. / Davis-Gilbert, Z.W. / ...著者: Newman, J.A. / Gavard, A.E. / Imprachim, N. / Aitkenhead, H. / Sheppard, H.E. / Te Poele, R. / Clarke, P.A. / Hossain, M.A. / Temme, L. / Oh, H.J. / Wells, C.I. / Davis-Gilbert, Z.W. / Workman, P. / Gileadi, O. / Drewry, D.H.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
A: Brachyury protein
B: Brachyury protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2746
ポリマ－60,1334
非ポリマー1412
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.270, 75.270, 288.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

21B-344-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7986.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Brachyury protein / Protein T


分子量: 22080.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Variant: G177D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15178
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 56% MPD -- 0.1M SPG pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→144.23 Å / Num. obs: 46387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 23.1 % / Rmerge(I) obs: 2.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3687 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.55 / Rrim(I) all: 2.677 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XBR

1xbr


解像度: 2.151→72.831 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 2303 5.03 %
Rwork0.2214 --
obs0.2229 45750 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.151→72.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 1060 9 112 4105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9635911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4922311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1509-2.19770.39271390.35112532X-RAY DIFFRACTION95
2.1977-2.24880.3971360.33562591X-RAY DIFFRACTION97
2.2488-2.3050.37921440.30982625X-RAY DIFFRACTION97
2.305-2.36740.30291240.28762663X-RAY DIFFRACTION98
2.3674-2.4370.30851540.28382635X-RAY DIFFRACTION98
2.437-2.51570.31171490.2832651X-RAY DIFFRACTION98
2.5157-2.60560.33591310.28722693X-RAY DIFFRACTION99
2.6056-2.70990.33481340.28172697X-RAY DIFFRACTION99
2.7099-2.83330.2911380.28822708X-RAY DIFFRACTION99
2.8333-2.98270.31041360.28512740X-RAY DIFFRACTION100
2.9827-3.16950.32991500.27062727X-RAY DIFFRACTION100
3.1695-3.41430.28041440.23892761X-RAY DIFFRACTION100
3.4143-3.75780.25291500.22992760X-RAY DIFFRACTION100
3.7578-4.30150.21971500.18762785X-RAY DIFFRACTION100
4.3015-5.41920.19591700.18072845X-RAY DIFFRACTION100
5.4192-72.87290.21931540.1893034X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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