[日本語] English
万見
- PDB-4a04: Structure of the DNA-bound T-box domain of human TBX1, a transcri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a04
タイトルStructure of the DNA-bound T-box domain of human TBX1, a transcription factor associated with the DiGeorge syndrome
要素
  • DNA
  • T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX1
キーワードTRANSCRIPTION / T-BOX PROTEINS / PROTEIN-DNA INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of animal organ morphogenesis / positive regulation of tongue muscle cell differentiation / tongue morphogenesis / muscle cell fate commitment / vagus nerve morphogenesis / soft palate development / semicircular canal morphogenesis / ear morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / muscle organ morphogenesis ...regulation of animal organ morphogenesis / positive regulation of tongue muscle cell differentiation / tongue morphogenesis / muscle cell fate commitment / vagus nerve morphogenesis / soft palate development / semicircular canal morphogenesis / ear morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / muscle organ morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / parathyroid gland development / cochlea morphogenesis / aorta morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / enamel mineralization / mesenchymal cell apoptotic process / lymph vessel development / pharyngeal system development / pattern specification process / coronary artery morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / embryonic cranial skeleton morphogenesis / outer ear morphogenesis / determination of left/right symmetry / Cardiogenesis / cell fate specification / neural crest cell migration / face morphogenesis / blood vessel morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / middle ear morphogenesis / artery morphogenesis / inner ear morphogenesis / muscle organ development / blood vessel development / social behavior / mesoderm development / odontogenesis of dentin-containing tooth / outflow tract morphogenesis / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / negative regulation of cell differentiation / heart morphogenesis / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / epithelial cell differentiation / thymus development / positive regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of sound / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of protein phosphorylation / heart development / angiogenesis / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box ...Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / T-box transcription factor TBX1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者El Omari, K. / De Mesmaeker, J. / Karia, D. / Ginn, H. / Bhattacharya, S. / Mancini, E.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Structure of the DNA-Bound T-Box Domain of Human Tbx1, a Transcription Factor Associated with the Digeorge Syndrome
著者: El Omari, K. / De Mesmaeker, J. / Karia, D. / Ginn, H. / Bhattacharya, S. / Mancini, E.J.
履歴
登録2011年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Structure summary
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32012年4月18日Group: Other
改定 1.42012年9月12日Group: Refinement description
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX1
B: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX1
D: DNA
E: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4044
ポリマ－62,4044
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-47.1 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.420, 92.740, 101.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX1 / TBX1 / T-BOX PROTEIN 1 / TESTIS-SPECIFIC T-BOX PROTEIN


分子量: 23834.170 Da / 分子数: 2 / 断片: TBOX DOMAIN, RESIDUES 109-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O43435
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 7367.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 5% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 100 MM CITRATE PH 5

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→71.4 Å / Num. obs: 21470 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 79.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.58→2.64 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XBR

1xbr


解像度: 2.58→68.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9288 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9222 / SU R Cruickshank DPI: 0.468 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.496 / SU Rfree Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.254 / 詳細: RESIDUES 250-257 DISORDERED IN CHAIN A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 1100 5.12 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2076 21470 98.83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.395 Å20 Å20 Å2
2---16.8065 Å20 Å2
3---4.4115 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.444 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→68.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3039 957 0 66 4062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074198HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.065875HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1634SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes73HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes500HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4198HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion525SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4055SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.71 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3036 135 4.81 %
Rwork0.2533 2674 -
all0.2558 2809 -
obs--98.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5445-0.710.38171.3381-0.6223.7838-0.0009-0.10840.25750.01560.017-0.1326-0.02430.1905-0.0161-0.16360.00520.04290.00780.0037-0.0195-23.831441.0857-6.2341
22.6765-0.0460.19761.06990.30264.5990.0045-0.2464-0.1797-0.0630.0675-0.07980.1001-0.2905-0.0721-0.1530.0077-0.0466-0.0093-0.0161-0.0543-11.70484.1416-10.4055
31.4678-1.7212-0.66892.52080.65430.6701-0.0360.14260.0294-0.10340.0056-0.0467-0.0324-0.00680.0304-0.09210.1843-0.00550.1172-0.0219-0.0322-18.326725.6331-27.9328
41.8731-1.6124-0.42462.63590.78450.6296-0.02550.1028-0.0244-0.06830.0031-0.01170.0095-0.17520.0223-0.18020.20340.09360.12780.0605-0.0193-18.353724.4595-27.6744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN D
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN E

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る