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- PDB-5swv: Dehydroquinate dehydratase and shikimate dehydrogenase from S. po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5swv
タイトルDehydroquinate dehydratase and shikimate dehydrogenase from S. pombe AroM
要素Pentafunctional AROM polypeptide
キーワードLYASE / enzyme / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / shikimate kinase / shikimate kinase activity / shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity ...3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / shikimate kinase / shikimate kinase activity / shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pentafunctional AroM protein / Shikimate dehydrogenase, AroM-type / 3-dehydroquinate synthase AroB / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase N-terminal / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase ...Pentafunctional AroM protein / Shikimate dehydrogenase, AroM-type / 3-dehydroquinate synthase AroB / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase N-terminal / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Pentafunctional AROM polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Light, S.H. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dehydroquinate dehydratase and shikimate dehydrogenase from S. pombe AroM
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Anderson, W.F.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Pentafunctional AROM polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7193
ポリマ－59,4191
非ポリマー3002
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.797, 121.797, 191.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1781-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pentafunctional AROM polypeptide


分子量: 59419.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1043-1573 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: aro1, SPAC1834.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9P7R0, 3-dehydroquinate synthase, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, shikimate kinase, 3-dehydroquinate dehydratase, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 6.0 mg/ml, 10 mM Tris (pH 8.3), 1 mM TCEP Crystallization condition 0.2 M Potassium thiocynate and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 24880 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.778 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 22.791 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.428 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23279 1247 5 %RANDOM
Rwork0.19442 ---
obs0.19632 23620 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.259 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20.61 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----3.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4172 0 20 93 4285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9745808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91239562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2495529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.61624.066182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4715739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5621525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2673.5212118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2663.522117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2875.282647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2875.2822648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2523.7112162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.253.7112162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2555.4833162
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.78827.2774641
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.78827.2844642
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.653→2.722 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 92 -
Rwork0.325 1631 -
obs--95.19 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.2442 Å / Origin y: 54.3232 Å / Origin z: 103.2401 Å
111213212223313233
T0.1072 Å20.0162 Å2-0.0024 Å2-0.1423 Å2-0.0043 Å2--0.0006 Å2
L0.3685 °2-0.0223 °2-0.2118 °2-0.0318 °2-0.0347 °2--0.2653 °2
S0.0002 Å °-0.0564 Å °0.0107 Å °-0.0254 Å °0.0105 Å °0.002 Å °-0.0356 Å °0.0237 Å °-0.0107 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1044 - 1289
2X-RAY DIFFRACTION1C1290 - 1414
3X-RAY DIFFRACTION1C1415 - 1525
4X-RAY DIFFRACTION1C1526 - 1573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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