PDB-1qya: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PROTEIN YDDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qya

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PROTEIN YDDE

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / PUTATIVE PHENAZINE BIOSYNTHESIS PROTEIN / EPIMERASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換） / biosynthetic process / isomerase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Grassick, A. / Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Bourne, Y.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of E. coli yddE protein reveals a striking homology with diaminopimelate epimerase
著者: Grassick, A. / Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Bourne, Y.

履歴

登録	2003年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ	7a9x-d 2fue-1 4rld-5 1qy9-2 4uzd-d 3tej-d 2clp-3 5ha4-d 1uwx-2 1qy9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

B: HYPOTHETICAL PROTEIN yddE

66.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.159, 79.631, 77.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.26, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	VAL	VAL	5	A	A	4 - 24	14 - 34
2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	5	B	B	4 - 24	14 - 34
3	2	ALA	ALA	GLN	GLN	6	A	A	33 - 36	43 - 46
4	2	ALA	ALA	GLN	GLN	6	B	B	33 - 36	43 - 46
5	3	LEU	LEU	GLU	GLU	5	A	A	37 - 41	47 - 51
6	3	LEU	LEU	GLU	GLU	5	B	B	37 - 41	47 - 51
7	4	LEU	LEU	GLU	GLU	6	A	A	42 - 46	52 - 56
8	4	LEU	LEU	GLU	GLU	6	B	B	42 - 46	52 - 56
9	5	THR	THR	PHE	PHE	5	A	A	47 - 49	57 - 59
10	5	THR	THR	PHE	PHE	5	B	B	47 - 49	57 - 59
11	6	TYR	TYR	THR	THR	5	A	A	62 - 66	72 - 76
12	6	TYR	TYR	THR	THR	5	B	B	62 - 66	72 - 76
13	7	ALA	ALA	ALA	ALA	5	A	A	75 - 84	85 - 94
14	7	ALA	ALA	ALA	ALA	5	B	B	75 - 84	85 - 94
15	8	LYS	LYS	GLN	GLN	6	A	A	85 - 96	95 - 106
16	8	LYS	LYS	GLN	GLN	6	B	B	85 - 96	95 - 106
17	9	THR	THR	TYR	TYR	6	A	A	106 - 114	116 - 124
18	9	THR	THR	TYR	TYR	6	B	B	106 - 114	116 - 124
19	10	ARG	ARG	LEU	LEU	6	A	A	115 - 118	125 - 128
20	10	ARG	ARG	LEU	LEU	6	B	B	115 - 118	125 - 128
21	11	GLU	GLU	ASP	ASP	5	A	A	119 - 147	129 - 157
22	11	GLU	GLU	ASP	ASP	5	B	B	119 - 147	129 - 157
23	12	ILE	ILE	THR	THR	5	A	A	148 - 159	158 - 169
24	12	ILE	ILE	THR	THR	5	B	B	148 - 159	158 - 169
25	13	GLY	GLY	VAL	VAL	6	A	A	160 - 164	170 - 174
26	13	GLY	GLY	VAL	VAL	6	B	B	160 - 164	170 - 174
27	14	MET	MET	ILE	ILE	4	A	A	165 - 187	175 - 197
28	14	MET	MET	ILE	ILE	4	B	B	165 - 187	175 - 197
29	15	SER	SER	ASN	ASN	6	A	A	188 - 194	198 - 204
30	15	SER	SER	ASN	ASN	6	B	B	188 - 194	198 - 204
31	16	GLY	GLY	GLY	GLY	5	A	A	195 - 204	205 - 214
32	16	GLY	GLY	GLY	GLY	5	B	B	195 - 204	205 - 214
33	17	LYS	LYS	VAL	VAL	5	A	A	205 - 220	215 - 230
34	17	LYS	LYS	VAL	VAL	5	B	B	205 - 220	215 - 230
35	18	GLU	GLU	LEU	LEU	5	A	A	221 - 236	231 - 246
36	18	GLU	GLU	LEU	LEU	5	B	B	221 - 236	231 - 246
37	19	ASN	ASN	VAL	VAL	6	A	A	240 - 248	250 - 258
38	19	ASN	ASN	VAL	VAL	6	B	B	240 - 248	250 - 258
39	20	LEU	LEU	VAL	VAL	5	A	A	249 - 286	259 - 296
40	20	LEU	LEU	VAL	VAL	5	B	B	249 - 286	259 - 296

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN yddE / ORFB 分子量: 33406.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YDDE / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P37757
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 600, 0.1 M IMIDAZOLE-MALATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9330,0.9340

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.933	1
2	0.934	1

反射

解像度: 2→20 Å / Num. obs: 49349 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: YDDE SOLVED BY SAD ON SE-MET EDGE

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.419 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22761	2407	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18626	-	-	-
obs	0.18838	44289	94.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	-1.69 Å²
2-	-	1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4610	0	0	270	4880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	4766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.201	1.945	6499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.767	3	10119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.117	5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.082	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.271	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.058	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.52	1.5	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.953	2	4893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.457	3	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.453	4.5	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2750	medium positional	0.33	0.5
790	loose positional	0.7	5
2750	medium thermal	0.4	2
790	loose thermal	1.47	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.311	159
R_work	0.284	3007

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8043	-0.6076	1.6401	3.9158	-1.0281	7.3617	0.3105	0.0337	-0.3604	-0.5243	0.0079	0.3499	1.2172	-0.3426	-0.3183	0.2827	-0.0287	-0.0411	0.1351	0.0214	0.2223	49.3925	-1.8132	19.8612
2	2.3963	-1.3084	0.8247	6.0914	-7.149	6.4586	0.0673	-0.11	-0.286	-0.5247	-0.1465	0.0464	0.8566	0.1749	0.0791	0.2639	-0.0515	-0.0334	0.1879	0.0085	0.2289	52.6608	-7.0501	29.7446
3	32.1632	-9.2218	-11.4322	4.5664	2.9441	7.4138	0.156	-0.508	-0.0448	-0.1438	0.2043	0.1421	-0.3611	-0.1274	-0.3603	0.1566	-0.0892	-0.0111	0.0888	0.0369	0.1411	59.159	-5.4597	34.5628
4	2.1946	-0.4655	-0.179	4.5568	0.4283	2.6172	0.0461	0.096	0.4268	-0.1808	0.01	-0.4002	-0.2331	0.3988	-0.0562	0.0561	-0.0863	0.0349	0.1542	-0.0306	0.272	81.427	4.9452	24.0259
5	2.6169	-0.863	0.2969	3.1372	-1.2307	2.5288	-0.0386	-0.1556	0.112	0.1272	0.0515	0.0374	-0.0769	0.0437	-0.013	0.0638	-0.0581	0.0085	0.0857	-0.0684	0.1723	71.1632	1.2895	33.1886
6	7.9775	-1.6801	6.697	1.9207	-3.0592	8.791	0.2536	0.3064	-0.3806	-0.5208	0.2297	0.2737	0.8348	-0.2762	-0.4833	0.1879	-0.068	0.0181	0.2246	0.0336	0.1979	43.1879	4.0582	21.7259
7	10.284	-11.1414	-2.3146	12.9085	0.0364	8.2984	-0.0887	0.0001	-0.4806	0.2252	0.1207	0.7041	0.3648	-0.9587	-0.032	0.11	-0.0512	0.0203	0.2863	-0.0134	0.1923	27.752	22.9271	21.0063
8	2.0266	-0.3227	0.4109	2.1009	-0.2222	2.7428	-0.017	-0.1379	0.1186	-0.0455	0.0516	-0.069	-0.1172	-0.069	-0.0346	0.0963	-0.0116	0.043	0.1359	0.0178	0.138	44.011	19.9825	16.4188
9	5.4069	-0.3513	1.2233	2.1464	-0.6143	2.6183	-0.0085	0.6335	0.396	-0.3761	0.0037	0.0538	-0.2635	-0.2163	0.0048	0.1901	0.0397	0.029	0.2494	0.0118	0.1705	37.4767	24.9196	8.2428
10	24.8367	18.2297	-14.5988	15.3501	-12.9793	12.7615	-0.144	-0.0694	0.0994	-0.4292	0.2751	0.3179	0.1648	-0.5143	-0.1311	0.1748	0.0435	-0.0099	0.2373	-0.0246	0.125	37.8685	24.303	-0.2454
11	2.9597	0.1253	0.4158	6.8466	-0.6713	3.2583	-0.0136	0.1658	-0.1863	-0.1626	-0.2706	-0.9512	0.2876	0.6931	0.2842	0.1191	0.0422	0.0422	0.277	0.0747	0.2663	61.2233	19.9222	-12.8457
12	2.8562	-0.3545	-0.4835	4.4097	-2.089	3.2838	-0.0371	0.0469	0.0185	0.1744	-0.0416	0.0513	0.1686	-0.1362	0.0787	0.1372	-0.0294	0.0041	0.1678	-0.045	0.0761	47.288	20.446	-9.4739
13	2.7683	-1.1824	1.8716	1.9017	-1.9433	8.4013	-0.0122	-0.3999	-0.0162	0.0683	0.1315	-0.0177	-0.0487	-0.3289	-0.1193	0.0645	-0.0448	0.0273	0.2083	0.0218	0.173	40.4791	12.4469	19.1274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 65	11 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	66 - 111	76 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	112 - 124	122 - 134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	125 - 192	135 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	193 - 282	203 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	283 - 297	293 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	-8 - 0	2 - 10
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	1 - 65	11 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	66 - 111	76 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	112 - 124	122 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	125 - 192	135 - 202
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	193 - 282	203 - 292
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	283 - 297	293 - 307

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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