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万見
- PDB-1uwx: P1.2 serosubtype antigen derived from N. meningitidis PorA in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uwx
タイトルP1.2 serosubtype antigen derived from N. meningitidis PorA in complex with Fab fragment
要素
  • (ANTIBODY) x 2
  • CLASS 1 OUTER MEMBRANE PROTEIN VARIABLE REGION 2
  • PROTEIN G-PRIME
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY-COMPLEX / FAB / IMMUNOGLOBULIN / PROTEIN G / PORA / ANTIBODY / IGB
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / IgG binding / IgG immunoglobulin complex / porin activity / pore complex / B cell differentiation / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / : / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain ...Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / : / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Porin domain superfamily / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / : / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin G-binding protein G / Class 1 outer membrane protein variable region 2 / Protein G' / Major outer membrane protein IA
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS SP. (バクテリア)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tzitzilonis, C. / Prince, S.M. / Collins, R.F. / Maiden, M.C.J. / Feavers, I.M. / Derrick, J.P.
引用ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2005
タイトル: Structural Variation and Immune Recognition of the P1.2 Subtype Meningococcal Antigen.
著者: Tzitzilonis, C. / Prince, S.M. / Collins, R.F. / Achtman, M. / Feavers, I.M. / Maiden, M.C.J. / Derrick, J.P.
履歴
登録2004年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN G-PRIME
B: PROTEIN G-PRIME
H: ANTIBODY
K: ANTIBODY
L: ANTIBODY
M: ANTIBODY
P: CLASS 1 OUTER MEMBRANE PROTEIN VARIABLE REGION 2
Q: CLASS 1 OUTER MEMBRANE PROTEIN VARIABLE REGION 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2718
ポリマ－112,2718
非ポリマー00
水7,116395
1
A: PROTEIN G-PRIME
H: ANTIBODY
L: ANTIBODY
P: CLASS 1 OUTER MEMBRANE PROTEIN VARIABLE REGION 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1354
ポリマ－56,1354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-52.4 kcal/mol
Surface area28310 Å2
手法PISA
2
B: PROTEIN G-PRIME
K: ANTIBODY
M: ANTIBODY
Q: CLASS 1 OUTER MEMBRANE PROTEIN VARIABLE REGION 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1354
ポリマ－56,1354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-52.6 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.426, 110.568, 138.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21K
12H
22M
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112L1 - 213
2112K1 - 213
1121H1 - 104
2121M1 - 104
1221H2 - 223
2221M2 - 223
1132A5 - 62
2132B5 - 62

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN G-PRIME


分子量: 6881.566 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 56-118 (DOMAIN II) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS SP. (バクテリア) / 解説: HYBRIDOMA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54181, UniProt: P19909*PLUS
#2: 抗体 ANTIBODY


分子量: 24522.346 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-215 (FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体 ANTIBODY


分子量: 23218.730 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 3-214 (FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド CLASS 1 OUTER MEMBRANE PROTEIN VARIABLE REGION 2


分子量: 1512.706 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 16-28 / 由来タイプ: 合成
詳細: RAISED AGAINST THE P1.2 SEROSUBTYPE ANTIGEN SEQUENCE FROM THE PORA PROTEIN FROM NEISSERI MENINGITIDIS
由来: (合成) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌) / 参照: UniProt: Q51220, UniProt: Q9JPT2*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 50717 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QKZ

1qkz


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2782 5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 53115 87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.47 Å20 Å20 Å2
2---2.14 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7725 0 0 395 8120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0217926
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9410785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8155991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3110.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3090.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.54980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02828067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64832946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5384.52718
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1L1616tight positional0.060.05
2H2492tight positional0.070.05
3A440tight positional0.110.05
1L1616tight thermal0.130.5
2H2492tight thermal0.110.5
3A440tight thermal0.170.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.407 107
Rwork0.313 1991
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1078-3.83534.12737.063-3.49439.38170.27040.0861-0.453-0.356-0.12040.51251.6278-0.2052-0.150.4077-0.02070.02230.2104-0.06320.156530.4412.965-4.401
21.4565-0.40921.41832.5482.327511.1804-0.2495-0.08160.22450.0366-0.13620.0918-0.7326-0.62580.38570.17020.1087-0.08230.2086-0.05440.15328.36524.525-2.98
30.9491.2240.63543.86870.52621.22680.0233-0.1126-0.04050.03890.02880.03370.02430-0.0520.0120.03910.00770.12940.0110.119343.13715.03730.601
41.3206-1.2524.02175.3013-0.816210.4880.3153-0.1046-0.00260.6566-0.1890.17672.3444-0.4157-0.12630.9007-0.07580.0590.304-0.06720.153669.20888.867-3.902
52.1746-0.51621.60582.3561.99519.5234-0.345-0.14870.4260.2498-0.2534-0.0446-0.5763-0.56490.59850.27490.0928-0.07940.3108-0.08390.292168.444110.654-3.252
61.50971.03520.39095.28050.31471.1414-0.0409-0.07850.1346-0.37190.02180.45990.0769-0.11740.01910.14260.0432-0.06020.14810.03320.211983.381101.40630.564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L3 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2H2 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3L108 - 213
4X-RAY DIFFRACTION3H123 - 215
5X-RAY DIFFRACTION3A5 - 62
6X-RAY DIFFRACTION4K3 - 107
7X-RAY DIFFRACTION5M2 - 122
8X-RAY DIFFRACTION6K108 - 213
9X-RAY DIFFRACTION6M123 - 215
10X-RAY DIFFRACTION6B5 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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