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- PDB-4ndg: Human Aprataxin (Aptx) bound to RNA-DNA and Zn - adenosine vanada... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ndg | ||||||
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Title | Human Aprataxin (Aptx) bound to RNA-DNA and Zn - adenosine vanadate transition state mimic complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / protein-DNA complex / DNA repair / 5'-DNA end processing / Histidine Triad domain / HIT domain / Zinc finger / 5'-DNA end recognition / DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / polynucleotide 3'-phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / phosphoglycolate phosphatase activity / single strand break repair / mismatched DNA binding / DNA ligation ...adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / polynucleotide 3'-phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / phosphoglycolate phosphatase activity / single strand break repair / mismatched DNA binding / DNA ligation / phosphoprotein binding / regulation of protein stability / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schellenberg, M.J. / Tumbale, P.S. / Williams, R.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Aprataxin resolves adenylated RNA-DNA junctions to maintain genome integrity. Authors: Tumbale, P. / Williams, J.S. / Schellenberg, M.J. / Kunkel, T.A. / Williams, R.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 168.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 947.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ndfC ![]() 4ndhSC ![]() 4ndiC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA/RNA hybrid / DNA chain , 3 types, 6 molecules ABDGEH
#1: Protein | Mass: 21259.756 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA/RNA hybrid | Mass: 3066.014 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: DNA chain | Mass: 3037.031 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically |
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-Non-polymers , 3 types, 29 molecules ![](data/chem/img/V5A.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 100 mM sodium formate, 20% w/v PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 2, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.541→50 Å / Num. all: 19773 / Num. obs: 19635 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 61.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4NDH Resolution: 2.541→39.063 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7468 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.37 / Phase error: 30.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 214.61 Å2 / Biso mean: 88.5488 Å2 / Biso min: 37.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.541→39.063 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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