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Yorodumi- PDB-4ndf: Human Aprataxin (Aptx) bound to RNA-DNA, AMP, and Zn - product complex -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ndf | ||||||
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Title | Human Aprataxin (Aptx) bound to RNA-DNA, AMP, and Zn - product complex | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / protein-DNA complex / DNA repair / 5'-DNA end processing / Histidine Triad domain / HIT domain / Zinc finger / 5'-DNA end recognition / DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / polynucleotide 3'-phosphatase activity / phosphoglycolate phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / DNA ligation ...adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / polynucleotide 3'-phosphatase activity / phosphoglycolate phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / DNA ligation / phosphoprotein binding / regulation of protein stability / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.944 Å | ||||||
Authors | Schellenberg, M.J. / Tumbale, P.S. / Williams, R.S. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Aprataxin resolves adenylated RNA-DNA junctions to maintain genome integrity. Authors: Tumbale, P. / Williams, J.S. / Schellenberg, M.J. / Kunkel, T.A. / Williams, R.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ndf.cif.gz | 229.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ndf.ent.gz | 179 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ndf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/4ndf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/4ndf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ndgC 4ndhSC 4ndiC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / DNA/RNA hybrid / DNA chain , 3 types, 6 molecules ABDGEH
#1: Protein | Mass: 21259.756 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: APTX, AXA1 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q7Z2E3 #2: DNA/RNA hybrid | Mass: 3066.014 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: DNA chain | Mass: 3037.031 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically |
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-Non-polymers , 6 types, 564 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NA / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-K / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 200 mM potassium sodium tartrate, 20% w/v PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.944→50 Å / Num. all: 41560 / Num. obs: 41518 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 16.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4NDH Resolution: 1.944→32.409 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.865 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.51 Å2 / Biso mean: 24.6341 Å2 / Biso min: 4.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.944→32.409 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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