PDB-6ero: Structure of human TFB2M

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ero

タイトル

Structure of human TFB2M

要素

Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial,Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

キーワード

TRANSCRIPTION / Mitochondria / Initiation / Polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / mitochondrial transcription / rRNA methylation / mitochondrial nucleoid / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hillen, H.S. / Morozov, Y.I. / Sarfallah, A. / Temiakov, D. / Cramer, P.

資金援助

ドイツ,

米国, 6件

組織	認可番号	国
German Research Foundation	SFB860	ドイツ
German Research Foundation	SPP1935	ドイツ
European Research Council	693023	ドイツ
Volkswagen Foundation		ドイツ
National Institutes of Health	RO1 GM104231	米国
Boehringer Ingelheim Fonds	PhD Student Fellowship	ドイツ

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Mitochondrial Transcription Initiation.
著者: Hillen, H.S. / Morozov, Y.I. / Sarfallah, A. / Temiakov, D. / Cramer, P.

履歴

登録	2017年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ero.cif.gz	351.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ero.ent.gz	295.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ero.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ero_validation.pdf.gz	379.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ero_full_validation.pdf.gz	379.6 KB	表示
XML形式データ	6ero_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	6ero_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6ero ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6ero	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6erpC 6erqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w5k-d 3zev-1 6ckw-d 3i7d-d 3w9f-1 6chp-d 6kfd-1 4mcj-5 6cck-d 3syn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial,Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

B: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial,Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

ヘテロ分子

71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial,Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial,Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.950, 165.650, 44.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial,Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 5 / HCV NS5A-transactivated protein 5 / Mitochondrial ...Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 5 / HCV NS5A-transactivated protein 5 / Mitochondrial 12S rRNA dimethylase 2 / Mitochondrial transcription factor B2 / mtTFB2 / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase 2 分子量: 35717.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFB2M, NS5ATP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: Q9H5Q4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NaCl, PEG3350, HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→43.53 Å / Num. obs: 62109 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 20.17
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 4544 / CC_1/2: 0.377 / R_rim(I) all: 2.874 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Truncated model of S.cerevisiae Mtf1

解像度: 1.75→43.525 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	3103	5 %
R_work	0.192	-	-
obs	0.1931	62090	97.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.525 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4627	0	14	297	4938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4744
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.68	6400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.444	2871
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	806

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7501-1.7774	0.378	140	0.3601	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7774-1.8065	0.3569	138	0.3514	2663	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8065-1.8377	0.3638	138	0.3336	2628	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8377-1.8711	0.3359	133	0.3098	2520	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8711-1.9071	0.2997	142	0.3022	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9071-1.946	0.3588	142	0.3009	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
1.946-1.9883	0.3283	140	0.2828	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9883-2.0346	0.3202	142	0.2613	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0346-2.0855	0.2753	143	0.2372	2703	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0855-2.1419	0.2458	141	0.2282	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1419-2.2049	0.2023	142	0.2152	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2049-2.276	0.2276	141	0.2007	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
2.276-2.3574	0.2278	144	0.2004	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3574-2.4518	0.2307	142	0.1913	2701	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4518-2.5633	0.2312	141	0.1966	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5633-2.6985	0.2127	134	0.192	2536	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6985-2.8675	0.2297	143	0.1944	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8675-3.0889	0.2083	145	0.1932	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0889-3.3996	0.2237	145	0.181	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3996-3.8912	0.2225	143	0.168	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8912-4.9015	0.1445	142	0.1508	2699	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9015-43.5388	0.1941	142	0.1888	2697	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3602	-0.091	0.5189	1.8414	0.8311	1.3518	0.1001	-0.1141	-0.3345	0.0613	-0.1449	-0.1641	0.4023	0.3187	0.0001	0.4267	0.0149	0.0057	0.4378	0.0162	0.5217	2.0993	44.6102	35.4769
2	1.1864	-0.6119	0.6133	0.7789	0.0979	0.5865	0.0512	0.3345	-0.4909	-0.5603	-0.3622	0.1457	0.7772	0.0191	0.0002	0.5045	0.0074	0.001	0.4608	-0.0033	0.576	-1.4889	39.1558	32.7881
3	2.306	-0.391	0.9485	2.3278	-0.1449	0.468	0.7313	0.5146	-0.8669	-1.3203	-0.4831	0.7265	0.8404	0.2203	0.0286	0.6267	0.0507	-0.1135	0.4281	-0.0906	0.6144	-2.7584	37.0068	26.1474
4	1.1084	-1.2056	-0.0389	1.8308	0.1578	0.3283	0.5128	1.1858	0.2824	-1.4118	-0.2505	-0.9594	-0.0981	0.5685	-0.0006	0.9235	0.0869	-0.1017	0.7152	-0.0717	0.5967	-11.2217	50.8432	14.966
5	0.459	-0.4125	0.1428	0.7109	-0.4773	0.4281	-0.0021	-0.0278	-0.588	-0.1463	0.0427	0.6642	0.4086	-0.5502	0.0013	0.4753	-0.0514	-0.0554	0.558	-0.0353	0.9095	-18.8433	48.2217	31.112
6	0.7453	-0.8752	0.5102	1.568	-0.5819	1.2687	0.0055	0.337	-0.1852	-0.3164	-0.1654	-0.2436	0.1347	0.3045	0	0.3299	-0.0077	0.0172	0.4308	-0.032	0.3767	-4.1447	58.6012	26.1244
7	2.7856	-1.592	0.8792	3.4951	-0.6267	1.5598	-0.1156	-0.0561	-0.0201	0.0605	0.0431	-0.2725	-0.0555	0.0815	-0.0001	0.2408	-0.0037	-0.0053	0.3551	-0.0115	0.3065	-2.3072	61.7822	34.2134
8	2.5336	-1.0815	0.0709	3.502	-1.2979	2.2487	0.0115	0.0303	0.3629	0.1052	-0.009	-0.0444	-0.464	-0.0012	0.0001	0.3008	0.0242	-0.0036	0.3422	-0.0452	0.2426	-13.8262	79.6704	30.4706
9	0.5583	-0.8366	0.8983	1.081	-1.0453	1.5348	-0.1738	-0.0164	-0.4734	-0.1957	-0.0056	0.0719	0.0111	-0.116	0.0002	0.4885	0.0291	-0.0049	0.6286	0.0169	0.5047	-18.7133	78.7666	21.5793
10	1.6641	0.9619	0.042	2.7942	0.9438	1.7974	-0.1123	0.0609	0.3899	-0.2641	0.067	0.1834	-0.0866	0.1547	0.0002	0.6058	-0.0018	0.0655	0.4229	0.0114	0.5775	19.9597	107.2509	46.7693
11	1.5832	2.0838	-0.3791	6.1299	-0.6909	2.1705	0.2937	-0.1894	0.7335	0.232	-0.0622	1.022	-0.3718	-0.132	-0.0036	0.485	0.0307	0.1379	0.4515	-0.0469	0.6628	11.3992	101.662	54.7954
12	1.9813	2.157	-1.0984	6.1375	-0.6188	2.3021	0.0132	-0.0221	0.0863	-0.4495	0.0267	-0.0189	0.2052	-0.0976	0.0002	0.4152	-0.019	-0.0034	0.3724	-0.0131	0.2805	14.6926	83.9312	49.7229
13	0.8444	-0.461	-0.0818	1.0724	-0.1351	1.2198	0.3043	0.0698	-0.8183	0.0835	0.0248	-0.6745	1.419	0.2675	0.0258	0.8114	-0.113	0.0184	0.5836	0.0052	0.548	9.3604	61.1	53.6232
14	1.5224	0.1281	1.3351	3.0913	-1.2616	2.3088	0.1633	-0.0205	-0.5259	-0.6225	0.0605	0.3888	0.3285	-0.3648	-0.0006	0.6433	-0.1261	-0.1176	0.4369	0.0383	0.47	6.3536	67.0339	51.8246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 93 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 94 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 130 through 152 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 153 through 220 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 221 through 295 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 296 through 313 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 66 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 67 through 152 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 153 through 247 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 248 through 271 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 272 through 307 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)