[日本語] English
万見
- PDB-4mcj: Crystal structure of a putative nucleoside deoxyribosyltransferas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mcj
タイトルCrystal structure of a putative nucleoside deoxyribosyltransferase (BDI_0649) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.40 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase like PF15891 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase-like / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase like / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BDI_0649) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,20719
ポリマ－181,88810
非ポリマー3199
水10,341574
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4484
ポリマ－36,3782
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4484
ポリマ－36,3782
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4133
ポリマ－36,3782
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
4
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4484
ポリマ－36,3782
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
5
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4484
ポリマ－36,3782
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)323.850, 65.629, 102.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 18188.760 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア)
株: ATCC 8503 / 遺伝子: BDI_0649 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6L9R1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 22-174) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 22-174) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.0100M cobalt chloride, 1.00M 1,6-Hexanediol, 0.00% Ethanol, 0.1M sodium acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979493,0.918401,0.979338
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月17日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9794931
20.9184011
30.9793381
反射解像度: 2.4→29.277 Å / Num. all: 82726 / Num. obs: 82726 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.463.70.9170.82210660240.91797.2
2.46-2.533.70.77312195159330.77397.3
2.53-2.63.70.6591.22122757170.65997.4
2.6-2.683.70.5671.32060455630.56797.5
2.68-2.773.70.4561.72028254690.45697.6
2.77-2.873.70.3931.91936152290.39397.6
2.87-2.983.70.2962.61873150780.29697.7
2.98-3.13.70.2123.61790548680.21297.8
3.1-3.243.70.1814.21724146940.18197.9
3.24-3.393.70.1295.71649044990.12997.9
3.39-3.583.60.1027.21562242850.10298
3.58-3.793.60.0887.91479040830.08898.4
3.79-4.063.60.088.31374338270.0898.2
4.06-4.383.60.06510.61266135590.06598.2
4.38-4.83.50.05911.11139832770.05998.3
4.8-5.373.40.05911.41025230090.05998.4
5.37-6.23.30.0689.9877526290.06898.4
6.2-7.593.70.0679.5845122610.06798.5
7.59-10.733.70.04112.6651317710.04198.8
10.73-29.2773.50.04112.133659510.04193.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.277 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9398 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5.CHLORIDE FROM THE PURIFICATION BUFFER HAS BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2125 4150 5.02 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1864 82697 97.41 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.78 Å2 / Biso mean: 40.0793 Å2 / Biso min: 12.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7442 Å20 Å20.8618 Å2
2---4.9839 Å20 Å2
3---0.2397 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.289 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12082 0 9 574 12665
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5728SINUSOIDAL8
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes319HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1782HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12360HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1552SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13903SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12360HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16728HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion1.86
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 315 5.24 %
Rwork0.2074 5696 -
all0.2087 6011 -
obs--97.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99160.5670.55921.36140.37771.27880.0338-0.01940.30660.0049-0.0889-0.0476-0.0270.04770.055-0.10790.0072-0.0252-0.0664-0.0190.0113123.8576-3.89479.4725
22.0341-0.59310.78992.4522-0.58121.06650.23280.1508-0.22-0.2701-0.13430.11840.2425-0.054-0.0985-0.06220.0115-0.0714-0.0427-0.0816-0.0884110.9908-27.377667.5708
31.9687-0.20291.01511.5155-0.33542.73240.133-0.2473-0.16280.09940.02130.13190.2013-0.3728-0.1543-0.1489-0.0327-0.017-0.06110.0257-0.0044137.264324.549296.3973
41.7929-0.56560.17951.9451-0.57861.29890.06590.20070.2118-0.0446-0.1735-0.2135-0.09730.19760.1077-0.1285-0.0038-0.0248-0.05740.0230.0118157.875138.70681.3422
52.1014-0.3177-0.51960.83490.45440.76310.0406-0.00210.05120.0314-0.0494-0.03330.0086-0.00020.0088-0.06720.0121-0.0385-0.04090.0277-0.0136164.55079.820172.4697
61.8008-0.09860.58341.00860.17222.34180.09840.2448-0.0933-0.1089-0.0296-0.2140.27920.3508-0.0688-0.0920.0618-0.0013-0.05380.0112-0.0341184.762-5.348657.7079
72.92450.0101-0.14641.2573-0.49031.27560.09280.1170.4896-0.0394-0.00510.2015-0.1537-0.0767-0.0878-0.1508-0.0015-0.0029-0.06680.05280.0199199.973931.118674.972
81.9648-0.05680.47681.52760.38281.35660.1312-0.1752-0.19230.129-0.0270.00010.22420.0699-0.1042-0.1235-0.0116-0.0390.02210.0764-0.0736211.29056.692186.7645
93.6368-0.23620.97951.0302-0.02191.21670.17180.70780.3434-0.204-0.11410.08140.0963-0.0625-0.0577-0.13460.0293-0.00990.06080.0776-0.12239.132829.04662.7433
102.85230.14610.52160.6999-0.43641.32880.0778-0.6910.20510.0983-0.0533-0.07420.0769-0.0134-0.0246-0.161-0.0377-0.01080.1059-0.0772-0.1209245.787428.89891.3422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0-174 }0
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|22-173 }0
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|23-174 }0
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|22-174 }0
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|0-173 }0
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|22-173 }0
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|0-174 }0
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|22-173 }0
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|22-174 }0
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|22-174 }0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る