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- PDB-6ejx: The metal ion-dependent adhesion site (MIDAS) of the alphaMbeta2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ejx
タイトルThe metal ion-dependent adhesion site (MIDAS) of the alphaMbeta2 integrin Mac-1 I-domain promiscuously and competitively binds multiple ligands in the regulation of Leukocyte function
要素Platelet glycoprotein Ib alpha chain
キーワードBLOOD CLOTTING / Gp1balpha / Mac-1
機能・相同性
機能・相同性情報


GP1b-IX-V activation signalling / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Platelet Adhesion to exposed collagen / glycoprotein Ib-IX-V complex / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / blood coagulation, intrinsic pathway / hemostasis / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development ...GP1b-IX-V activation signalling / Platelet Aggregation (Plug Formation) / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Platelet Adhesion to exposed collagen / glycoprotein Ib-IX-V complex / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / blood coagulation, intrinsic pathway / hemostasis / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / fibrinolysis / release of sequestered calcium ion into cytosol / extracellular matrix / cell morphogenesis / blood coagulation / cell adhesion / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...: / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-PROPANOL / Platelet glycoprotein Ib alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Emsley, J. / Saleem, M.
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2019
タイトル: Structural basis of the leukocyte integrin Mac-1 I-domain interactions with the platelet glycoprotein Ib.
著者: Morgan, J. / Saleem, M. / Ng, R. / Armstrong, C. / Wong, S.S. / Caulton, S.G. / Fickling, A. / Williams, H.E.L. / Munday, A.D. / Lopez, J.A. / Searle, M.S. / Emsley, J.
履歴
登録2017年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Platelet glycoprotein Ib alpha chain
A: Platelet glycoprotein Ib alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,55115
ポリマ－62,2792
非ポリマー1,27213
水9,296516
1
D: Platelet glycoprotein Ib alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5104
ポリマ－31,1401
非ポリマー3703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Platelet glycoprotein Ib alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,04111
ポリマ－31,1401
非ポリマー90110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.537, 72.870, 164.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 DA

#1: タンパク質 Platelet glycoprotein Ib alpha chain / Glycoprotein Ibalpha


分子量: 31139.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gp1ba
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O35930

-
非ポリマー , 6種, 529分子

#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000 0.1M Imidazole; MES monohydrate (acid) 0.02M 1,6-Hexanediol; 0.02M 1-Butanol; 0.02M 1,2-Propanediol; 0.02M 2- Propanol; 0.02M 1,4-Butanediol; 0.02M 1,3-Propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.22 Å / Num. obs: 48095 / % possible obs: 98.67 % / 冗長度: 3.66 % / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P72

3p72


解像度: 2→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.459 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23175 1417 2.9 %RANDOM
Rwork0.18402 ---
obs0.18541 48095 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4175 0 83 516 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.9995966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08539573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.76525.359181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35815729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2111513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5782.8022139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5642.82138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5894.192674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5914.1912675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8913.2592243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8893.2592243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9754.7123289
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.08236.085065
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.08836.0615063
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 104 -
Rwork0.265 3532 -
obs--98.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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