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万見
- PDB-1ga5: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ga5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO ITS COGNATE RESPONSE ELEMENT
要素
  • 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*(5IT)P*G)-3'
  • ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ORPHAN RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR / DNA-BINDING / REVERB / REV-ERB / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of circadian sleep/wake cycle / positive regulation of bile acid biosynthetic process / : / circadian temperature homeostasis / regulation of type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / response to leptin ...regulation of circadian sleep/wake cycle / positive regulation of bile acid biosynthetic process / : / circadian temperature homeostasis / regulation of type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / response to leptin / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / glycogen biosynthetic process / regulation of fat cell differentiation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / nuclear steroid receptor activity / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / regulation of lipid metabolic process / cellular response to interleukin-1 / proteasomal protein catabolic process / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / hormone-mediated signaling pathway / cholesterol homeostasis / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / dendritic spine / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / heme binding / dendrite / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 1 group D member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sierk, M.L. / Zhao, Q. / Rastinejad, F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: DNA Deformability as a Recognition Feature in the RevErb Response Element
著者: Sierk, M.L. / Zhao, Q. / Rastinejad, F.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998
タイトル: Structural Elements of an Orphan Nuclear Receptor-DNA Complex
著者: Zhao, Q. / Khorasanizadeh, S. / Miyoshi, Y. / Lazar, M. / Rastinejad, F.
履歴
登録2000年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*(5IT)P*G)-3'
G: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*(5IT)P*G)-3'
A: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
B: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
E: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
F: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,89116
ポリマ－68,3688
非ポリマー5238
水5,026279
1
C: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*(5IT)P*G)-3'
A: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
B: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4458
ポリマ－34,1844
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*(5IT)P*G)-3'
E: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
F: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4458
ポリマ－34,1844
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.920, 52.020, 78.880
Angle α, β, γ (deg.)85.84, 76.61, 74.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'


分子量: 6142.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized optimal DR2 target
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*(5IT)P*G)-3'


分子量: 6236.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesized optimal DR2 target complementary strand with 5-iodo-thymidine
#3: タンパク質
ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1 / REV-ERB(ALPHA)


分子量: 10902.009 Da / 分子数: 4 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN PLUS C-TERMINAL EXTENSION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1D1 OR THRAL OR EAR1 OR HREV / プラスミド: PGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20393
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG8000, 5mM MgCl2, 400 mM NaCl, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG800011
2MgCl211
3NaCl11
4Tris11
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 詳細: Zhao, Q., (1998) Mol. Cell, 1, 849.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.6 mMDNA1drop
21.2 mMprotein1drop
320-25 %PEG80001reservoir
45 mM1reservoirMgCl2
5400 mM1reservoirNaCl
6Tris1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9054 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年12月15日 / 詳細: segmented mirror
放射モノクロメーター: single crystal germanium triangular monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9054 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→19.6 Å / Num. all: 25370 / Num. obs: 25370 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 0.49
反射
*PLUS
% possible obs: 87.3 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.8 % / Num. unique obs: 2476 / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A6Y, residues 132-198 from chain A & B, plus DNA

1a6y


解像度: 2.4→19.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 818521.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: NCS restraints used until final round of refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1940 9.9 %RANDOM
Rwork0.253 ---
all0.2357 19630 --
obs0.2357 19630 75 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.65 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.65 Å27.4 Å2-2.34 Å2
2---17.89 Å2-4.41 Å2
3----12.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2363 1628 8 279 4278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.712.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4156 165 9 %
Rwork0.3895 2640 -
obs--63 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP_1.0.PARAMDNA-RNA_1.0.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ZINC.PARAMZINC.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.253
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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