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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eim | ||||||
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タイトル | Human STK10 bound to GW683134A | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase 10Serine/threonine-specific protein kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / LOK | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation ...lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | Sorrell, F.J. / Berger, B.-T. / Salah, E. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S. / Elkins, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human STK10 bound to GW683134 著者: Sorrell, F.J. / Elkins, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eim.cif.gz | 359.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eim.ent.gz | 297.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eim.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/6eim | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34124.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK10, LOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG1000, 10% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.43→46.39 Å / Num. obs: 110558 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 449512 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2j7t 解像度: 1.43→41.806 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.25
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.82 Å2 / Biso mean: 25.867 Å2 / Biso min: 9.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.43→41.806 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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